Skip to main content

Table 2 Execution time (in minutes) for Horizontal and Vertical partition scheme with processors p={1,2,…,16}

From: Parallel and private generalized suffix tree construction and query on genomic data

Data

Serial

Distributed

Shared

Hybrid

 

1

2

4

8

16

2

4

8

16

2

4

8

16

Horizontal Partitioning

200

0.08

0.23

0.09

0.09

0.10

0.14

0.05

0.04

0.03

0.14

0.07

0.05

0.05

300

0.27

1.04

0.23

0.2

0.23

0.38

0.15

0.11

0.08

0.37

0.16

0.12

0.12

400

0.59

2.03

0.55

0.38

0.38

1.18

0.35

0.21

0.2

1.12

0.31

0.23

0.25

500

1.53

3.14

1.32

1.06

1.01

2.27

0.57

0.36

0.28

2.09

0.52

0.38

0.41

1000

14.55

16.23

8.34

6.31

6.09

17.38

5.56

3.27

2.28

17.14

4.18

3.12

3.08

Vertical Partitioning

200

0.08

0.19

0.08

0.05

0.03

0.16

0.07

0.04

0.02

0.14

0.05

0.03

0.02

300

0.27

0.56

0.28

0.17

0.09

0.48

0.22

0.16

0.08

0.39

0.13

0.10

0.06

400

0.59

1.41

1.05

0.36

0.16

1.44

1.01

0.34

0.19

1.21

0.32

0.21

0.13

500

1.53

3.07

1.49

1.08

0.37

3.18

1.49

1.08

0.36

2.35

0.58

0.40

0.24

1000

14.55

25.24

12.25

9.06

5.20

22.56

13.11

7.2

4.37

18.22

6.31

4.49

3.10