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Table 3 Significant VIP variants in the Wa people compared with the other 26 populations after Bonferroni’s multiple adjustment

From: Genetic analysis of pharmacogenomic VIP variants in the Wa population from Yunnan Province of China

SNP ID Genes p < 0.05/(52×26) EAS AFR AMR EUR SAS
rs11572325 CYP2J2       1.02E-06* 5.45E-06* 1.90E-06* 4.42E-06* 2.08E-05* 8.09E-05 2.75E-06*     7.76E-06*   6.62E-05         
rs10889160 CYP2J2     0.000294   5.88E-19* 1.08E-10* 1.52E-21* 8.72E-15* 1.62E-16* 9.67E-19* 4.46E-21*     0.000148   9.14E-06*         
rs1760217 DPYD       0.00083    1.07E-05*    5.51E-05 0.000265    3.19E-06*   2.18E-05* 5.35E-05 0.000223 0.00048    9.86E-09* 1.1E-05* 3.54E-08*
rs1801159 DPYD          6.33E-08*   3.62E-07*     2.14E-06*    0.000829     1.76E-05* 8.42E-06* 4.32E-10* 3.16E-06* 2.57E-08*
rs1801265 DPYD       1.55E-14* 9.57E-19* 7.19E-19* 7.68E-22* 2.18E-22* 1.8E-14* 5.2E-20* 1.97E-05* 3.98E-05   8.12E-07*   2.03E-09*   0.000166 0.000112   5.32E-12* 3.1E-10* 5.62E-09*  
rs5275 PTGS2       5.37E-24* 3.85E-17* 2.15E-28* 4.85E-23* 3.89E-24* 6.6E-27* 1.08E-28* 2.24E-08* 7.96E-06* 4.18E-08* 7.32E-05 9.47E-08*   0.000783 2.2E-05* 0.00027 3.18E-08* 8.54E-08* 1.31E-06* 2.86E-13* 7.33E-09*
rs20417 PTGS2       5.38E-29* 1.81E-26* 1.16E-37* 3.26E-27* 2.82E-24* 3.93E-36* 5.95E-33* 2.31E-19* 3.44E-19* 6.57E-17* 1.57E-18* 5.14E-15* 2.82E-09* 2.64E-12* 2.26E-13* 2.04E-16* 1.85E-15* 1.81E-15* 1.45E-14* 1.54E-19* 8.50E-18*
rs12139527 CACNA1S       9.11E-34* 1.29E-29* 1.83E-41* 2.75E-43* 5.74E-36* 7.83E-41* 3.31E-41*     4.94E-08           
rs3850625 CACNA1S              9.08E-10*   4.71E-09*   2.62E-07* 4.14E-16* 2.62E-12* 1.13E-07* 4.73E-09* 5.03E-13* 4.51E-25* 2.99E-17* 4.65E-16* 1.61E-13*
rs2306238 RYR2       2.93E-06*   7.38E-09* 1.07E-07* 5.88E-07* 5.76E-08* 3.11E-07*    0.00071            
rs2231142 ABCG2      0.000366 2.96E-09*   8.53E-11* 3.58E-10* 8.53E-11* 1.12E-07* 1.3E-11*         0.000186 2.64E-05*   0.000176    
rs2231137 ABCG2   2.53E-07* 1.1E-05* 4.49E-17*   3.93E-29* 6.69E-25* 2.4E-29* 2.26E-33* 1.72E-21* 2.4E-22* 4.17E-30* 4.32E-18* 2.82E-10*   1.26E-18* 1.43E-31* 2.87E-24* 2.14E-30* 1.47E-30* 7.16E-27* 1.36E-10* 7.44E-19* 9.18E-24* 1.79E-22* 1.55E-14*
rs698 ADH1C              6.41E-05 1.92E-07*   2.17E-14* 1.65E-21* 1.19E-20* 1.04E-15* 1.26E-08* 1.53E-09* 0.000641 2.3E-07* 4.56E-06* 8.44E-11* 6.86E-12*
rs776746 CYP3A5 1.44E-20* 1.5E-18* 1.25E-18* 1.82E-21* 5.24E-21* 1.18E-37* 1.94E-33* 3.9E-43* 2.02E-40* 2.85E-40* 8.23E-39* 4.59E-45* 2.21E-13* 9.13E-17* 1.43E-09* 1.67E-14* 4.33E-06* 2.47E-06* 6.55E-07* 8.03E-08* 3.2E-07* 3.69E-22* 3.61E-20* 5.26E-21* 1.44E-19* 1.24E-20*
rs2242480 CYP3A4       2.62E-23* 1.64E-15* 3.89E-36* 1.69E-28* 1.47E-36* 6.57E-33* 1.5E-30*    1.35E-07*   6.01E-14* 3.6E-12* 5.94E-12* 2.02E-09* 1.22E-11*      
rs1805123 KCNH2              0.000824    1.21E-05* 1.31E-06*   1.77E-07* 3.87E-08* 2.29E-09* 2.02E-09* 1.52E-06* 2.17E-08* 0.00023 2.36E-05*
rs4646244 NAT2                        0.00034    3.97E-05
rs4271002 NAT2       0.000159   3.3E-10* 3.72E-10 2.07E-05 0.000331 4.77E-06* 0.000636     1.74E-06*        0.000333   
rs1041983 NAT2                1.66E-05*   0.000919 0.000817         
rs1801280 NAT2       4.89E-14* 4.38E-14* 2.97E-14* 6.83E-19* 9.29E-22* 4.03E-11* 2.25E-11* 2.47E-21* 8.41E-19* 6.89E-15* 4.17E-22* 2.27E-25* 1.72E-27* 3.07E-27* 1.97E-30* 1.73E-26* 4.01E-19* 1.06E-18* 8.1E-20* 6.31E-25* 3.64E-15*
rs1799929 NAT2       4.69E-11* 5.21E-11* 1.75E-08* 1.49E-15* 8.89E-19* 9.21E-08* 2.85E-06* 4.54E-20* 4.43E-18* 3.32E-14* 2.5E-19* 3.12E-25* 5.32E-26* 9.84E-26* 2.87E-30* 1.73E-26* 6.28E-18* 3.27E-16* 5.98E-18* 9.49E-22* 3.69E-14*
rs1799930 NAT2                0.00019         0.000563    1.56E-05*
rs1208 NAT2       1.18E-20* 2.46E-17* 3.46E-22* 1.32E-27* 1.45E-27* 4.05E-19* 2.65E-22* 6.25E-22* 4.12E-23* 6.89E-15* 5E-22* 6.43E-24* 1.92E-25* 8.03E-26* 1.73E-30* 4.24E-27* 9.85E-22* 1.06E-18* 9.54E-20* 1.22E-25* 2.87E-17*
rs1799931 NAT2     0.000153   2.09E-08* 3.35E-05* 6.27E-11* 8.62E-12* 1.51E-11* 8.44E-07* 4.04E-09* 7.83E-06*    2.98E-05* 3.4E-12* 1.03E-08* 1.72E-09* 1.6E-09* 3.59E-11*   2.94E-07* 9.44E-07* 1.38E-06* 1.99E-05*
rs1495741 NAT2   3.08E-07*   5.51E-08*                 5.75E-05    0.000771   6.3E-06* 7.45E-05
rs2115819 ALOX5   0.000363     1.65E-37* 8.62E-25* 4.45E-37* 5.67E-41* 9.79E-33* 1.05E-31* 5.94E-40* 3.77E-16* 9.55E-11* 9.96E-07* 1.12E-14* 5.62E-24* 3.92E-19* 3.07E-18* 6.98E-20* 8.9E-21* 9.03E-16* 6.62E-23* 1.72E-20* 9.48E-16* 2.24E-14*
rs4244285 CYP2C19       8.78E-08* 2.52E-06* 6.75E-05 3.23E-10* 0.00012 6.92E-06* 1.11E-07* 9.77E-11* 2.52E-07* 4.15E-14* 8.47E-10* 2.17E-09* 0.000117 5.20E-08* 7.41E-09* 4.51E-13*      
rs1057910 CYP2C9                        5.21E-07* 0.000111 0.000272  
rs11572103 CYP2C8       1.57E-16* 5.93E-10* 7.08E-15* 8.71E-19* 3.56E-09* 5E-12* 1.60E-14*               
rs7909236 CYP2C8              6.35E-18* 1.175E-16* 1.77E-22* 1.7E-08* 1.45E-16* 3.59E-15* 1.16E-11* 3.98E-10* 2.96E-09* 1.61E-09* 3.5E-14* 3.03E-12* 1.49E-09* 3.17E-06*
rs17110453 CYP2C8       60E-20* 2.07E-14* 1.87E-20* 2.78E-24* 5.66E-22* 1.4E-19* 1.07E-22* 8.29E-11* 2.41E-07* 5.14E-14* 5.74E-10* 1.31E-11* 0.000358 6.93E-10* 0.000121 4.47E-11*      
rs3813867 CYP2E1   3.59E-06 0.000102 0.000102 2.78E-06*                      
rs2031920 CYP2E1   8.07E-05    0.0003 5.35E-05   3.99E-05 1.02E-05* 3.99E-05 0.000158 1.66E-05*            0.000331 0.000364 0.000634 0.000111
rs6413432 CYP2E1 4.21E-19* 1.31E-16* 1.45E-15* 3.14E-16* 1.66E-19*     0.000271    0.000531 6.57E-10* 4.59E-08* 9.02E-09* 2.97E-09* 1.63E-06* 1.26E-05    9.51E-05 8.46E-12* 1.83E-17* 7.76E-12* 9.13E-08* 2.51E-12*
rs2070676 CYP2E1       3.81E-30* 1.06E-17* 1E-28* 5.52E-30* 2.7E-35* 3.78E-31* 7.09E-28*               
rs5219 KCNJ11   0.000522     4.08E-16* 5.26E-07* 1.86E-24* 2.18E-25* 1.16E-23* 7.22E-22* 4.56E-26* 6.22E-05          0.000384 0.000294   3.67E-07*  
rs1801028 DRD2                        1.31E-13*    9.84E-09*
rs2306283 SLCO1B1     9.67E-06*          8.87E-16* 5.47E-20* 2.85E-16* 5.37E-13* 1.5E-21* 3.18E-19* 3.33E-24* 2.97E-22* 4.46E-25* 3.98E-10* 1.37E-11* 7.78E-09* 1.72E-17* 2.41E-11*
rs4516035 VDR        0.000251       1.88E-18* 9.22E-15* 3.1E-09* 7.2E-25* 2.88E-25* 7.28E-39* 1.17E-28* 3.93E-26* 4.94E-31* 1.74E-10* 3.7E-11* 1.81E-10* 1.72E-15* 7.16E-13*
rs762551 CYP1A2         0.000364   1.00E-05*      1.13E-05*         0.000511    2.42E-05*
rs2472304 CYP1A2     1.73E-05*          2.83E-16* 1.62E-07*   2.04E-24* 2.27E-36* 7.1E-29* 1.44E-34* 2.5E-33* 1.03E-26* 0.000626    2.56E-06*  
rs750155 SULT1A1          0.00056       3.18E-23        0.000453     1.96E-07*
rs1800764 ACE     5.34E-05   2.61E-33* 8.82E-23* 1.09E-40* 1.94E-46* 1.05E-35* 2.63E-43* 7.78E-46* 4.25E-05    1.34E-05* 6.39E-06* 4.04E-05 0.000366 0.000415 8.38E-08*   3.48E-05*    
rs4291 ACE 3.00E-30* 1.28E-35* 5.55E-31* 2.57E-26* 4.86E-35* 1.33E-28* 1.67E-29* 2.72E-30* 8.3E-26* 4.86E-35* 6.79E-26* 3.69E-35* 3.1E-29* 1.28E-34* 4.75E-42* 9.11E-29* 2.72E-30* 1.42E-24* 1.18E-31* 6.37E-28* 5.39E-31* 3.96E-29* 8.23E-28* 2.65E-35* 6.22E-30* 1.00E-28*
rs4267385 ACE       1.22E-24* 2.4E-15* 3.40E-26* 4.89E-32* 2.33E-33* 3.63E-30* 4.04E-30* 5.61E-06*    3.09E-09* 2.69E-10* 1.64E-09* 1.40E-11* 1.79E-12* 7.04E-21*     0.000955  
rs2108622 CYP4F2         4.34E-05     0.000162         2.04E-06* 2.69E-05* 1.82E-08* 1.99E-10* 2.68E-08* 1.38E-07* 1.96E-09*
rs3093105 CYP4F2 1.6E-55* 3.54E-51* 3.51E-54* 1.79E-58* 8.09E-59* 1.14E-36* 1.95E-29* 4.42E-32* 2.15E-40* 4.26E-37* 2.84E-35* 3.52E-34* 2.57E-43* 1.25E-41* 7.05E-55* 1.53E-43* 7.84E-44* 8.51E-49* 1.6E-40* 6.4E-34* 1.29E-38* 4.65E-44* 1.27E-45* 1.55E-41* 1.48E-41* 1.25E-45*
rs8192726 CYP2A6              0.000189    0.000248    0.000374 0.000723       
rs1051298 SLC19A1 1.51E-07* 2.66E-09* 0.000482 3.97E-08* 2.45E-06* 7.14E-08* 1.6E-06* 2.36E-06* 3.37E-11* 4.68E-09* 4.73E-07* 4.55E-07* 6.37E-09* 1.09E-15* 8.09E-15 6.04E-09* 6.48E-11* 5.13E-09* 5.5E-14* 4.51E-11* 2.71E-10* 1.94E-06* 7.95E-08* 2.61E-07* 3.27E-07* 2.79E-09*
rs1051296 SLC19A1                           
rs1131596 SLC19A1       6.91E-11*   0.000115 2.6E-16* 1.59E-12* 7.5E-11* 4.12E-10*   2.88E-06* 8.07E-05*     9.78E-06* 0.000809      0.00067  
rs1065852 CYP2D6 4.20E-16* 1.82E-13* 1.88E-17* 6.28E-22* 7.67E-12* 4.99E-42* 2.82E-38* 3.62E-50* 2.33E-48* 4.31E-58* 2.22E-39* 1.39E-48* 2.14E-38* 1.76E-37* 8.68E-51* 8.43E-41* 4.66E-30* 3.71E-42* 1.47E-31* 2.16E-39* 2.84E-35* 1.95E-31* 3.3E-41* 1.17E-38* 6.16E-47* 2.88E-42*
  1. Bold indicates*p < 0.05/(52×26) indicates statistical significance