From: Genetic analysis of pharmacogenomic VIP variants in the Wa population from Yunnan Province of China
SNP ID | Genes | p < 0.05/(52×26) | EAS | AFR | AMR | EUR | SAS | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CDX | CHB | CHS | JPT | KHV | ACB | ASW | ESN | GWD | LWK | MSL | YRI | CLM | MXL | PEL | PUR | CEU | FIN | GBR | IBS | TSI | BEB | GIH | ITU | PJL | STU | ||
rs11572325 | CYP2J2 | Â | Â | Â | Â | Â | 1.02E-06* | 5.45E-06* | 1.90E-06* | 4.42E-06* | 2.08E-05* | 8.09E-05 | 2.75E-06* | Â | Â | Â | 7.76E-06* | Â | 6.62E-05 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
rs10889160 | CYP2J2 | Â | Â | Â | 0.000294 | Â | 5.88E-19* | 1.08E-10* | 1.52E-21* | 8.72E-15* | 1.62E-16* | 9.67E-19* | 4.46E-21* | Â | Â | Â | 0.000148 | Â | 9.14E-06* | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
rs1760217 | DPYD | Â | Â | Â | Â | Â | 0.00083 | Â | Â | 1.07E-05* | Â | Â | 5.51E-05 | 0.000265 | Â | Â | 3.19E-06* | Â | 2.18E-05* | 5.35E-05 | 0.000223 | 0.00048 | Â | Â | 9.86E-09* | 1.1E-05* | 3.54E-08* |
rs1801159 | DPYD | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 6.33E-08* | Â | 3.62E-07* | Â | Â | Â | 2.14E-06* | Â | Â | 0.000829 | Â | Â | Â | 1.76E-05* | 8.42E-06* | 4.32E-10* | 3.16E-06* | 2.57E-08* |
rs1801265 | DPYD | Â | Â | Â | Â | Â | 1.55E-14* | 9.57E-19* | 7.19E-19* | 7.68E-22* | 2.18E-22* | 1.8E-14* | 5.2E-20* | 1.97E-05* | 3.98E-05 | Â | 8.12E-07* | Â | 2.03E-09* | Â | 0.000166 | 0.000112 | Â | 5.32E-12* | 3.1E-10* | 5.62E-09* | Â |
rs5275 | PTGS2 | Â | Â | Â | Â | Â | 5.37E-24* | 3.85E-17* | 2.15E-28* | 4.85E-23* | 3.89E-24* | 6.6E-27* | 1.08E-28* | 2.24E-08* | 7.96E-06* | 4.18E-08* | 7.32E-05 | 9.47E-08* | Â | 0.000783 | 2.2E-05* | 0.00027 | 3.18E-08* | 8.54E-08* | 1.31E-06* | 2.86E-13* | 7.33E-09* |
rs20417 | PTGS2 | Â | Â | Â | Â | Â | 5.38E-29* | 1.81E-26* | 1.16E-37* | 3.26E-27* | 2.82E-24* | 3.93E-36* | 5.95E-33* | 2.31E-19* | 3.44E-19* | 6.57E-17* | 1.57E-18* | 5.14E-15* | 2.82E-09* | 2.64E-12* | 2.26E-13* | 2.04E-16* | 1.85E-15* | 1.81E-15* | 1.45E-14* | 1.54E-19* | 8.50E-18* |
rs12139527 | CACNA1S | Â | Â | Â | Â | Â | 9.11E-34* | 1.29E-29* | 1.83E-41* | 2.75E-43* | 5.74E-36* | 7.83E-41* | 3.31E-41* | Â | Â | Â | 4.94E-08 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
rs3850625 | CACNA1S | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 9.08E-10* | Â | 4.71E-09* | Â | 2.62E-07* | 4.14E-16* | 2.62E-12* | 1.13E-07* | 4.73E-09* | 5.03E-13* | 4.51E-25* | 2.99E-17* | 4.65E-16* | 1.61E-13* |
rs2306238 | RYR2 | Â | Â | Â | Â | Â | 2.93E-06* | Â | 7.38E-09* | 1.07E-07* | 5.88E-07* | 5.76E-08* | 3.11E-07* | Â | Â | 0.00071 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
rs2231142 | ABCG2 | Â | Â | Â | Â | 0.000366 | 2.96E-09* | Â | 8.53E-11* | 3.58E-10* | 8.53E-11* | 1.12E-07* | 1.3E-11* | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 0.000186 | 2.64E-05* | Â | 0.000176 | Â | Â | Â |
rs2231137 | ABCG2 | Â | 2.53E-07* | 1.1E-05* | 4.49E-17* | Â | 3.93E-29* | 6.69E-25* | 2.4E-29* | 2.26E-33* | 1.72E-21* | 2.4E-22* | 4.17E-30* | 4.32E-18* | 2.82E-10* | Â | 1.26E-18* | 1.43E-31* | 2.87E-24* | 2.14E-30* | 1.47E-30* | 7.16E-27* | 1.36E-10* | 7.44E-19* | 9.18E-24* | 1.79E-22* | 1.55E-14* |
rs698 | ADH1C | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 6.41E-05 | 1.92E-07* | Â | 2.17E-14* | 1.65E-21* | 1.19E-20* | 1.04E-15* | 1.26E-08* | 1.53E-09* | 0.000641 | 2.3E-07* | 4.56E-06* | 8.44E-11* | 6.86E-12* |
rs776746 | CYP3A5 | 1.44E-20* | 1.5E-18* | 1.25E-18* | 1.82E-21* | 5.24E-21* | 1.18E-37* | 1.94E-33* | 3.9E-43* | 2.02E-40* | 2.85E-40* | 8.23E-39* | 4.59E-45* | 2.21E-13* | 9.13E-17* | 1.43E-09* | 1.67E-14* | 4.33E-06* | 2.47E-06* | 6.55E-07* | 8.03E-08* | 3.2E-07* | 3.69E-22* | 3.61E-20* | 5.26E-21* | 1.44E-19* | 1.24E-20* |
rs2242480 | CYP3A4 | Â | Â | Â | Â | Â | 2.62E-23* | 1.64E-15* | 3.89E-36* | 1.69E-28* | 1.47E-36* | 6.57E-33* | 1.5E-30* | Â | Â | 1.35E-07* | Â | 6.01E-14* | 3.6E-12* | 5.94E-12* | 2.02E-09* | 1.22E-11* | Â | Â | Â | Â | Â |
rs1805123 | KCNH2 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 0.000824 | Â | Â | 1.21E-05* | 1.31E-06* | Â | 1.77E-07* | 3.87E-08* | 2.29E-09* | 2.02E-09* | 1.52E-06* | 2.17E-08* | 0.00023 | 2.36E-05* |
rs4646244 | NAT2 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 0.00034 | Â | Â | 3.97E-05 |
rs4271002 | NAT2 | Â | Â | Â | Â | Â | 0.000159 | Â | 3.3E-10* | 3.72E-10 | 2.07E-05 | 0.000331 | 4.77E-06* | 0.000636 | Â | Â | Â | 1.74E-06* | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 0.000333 | Â | Â |
rs1041983 | NAT2 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 1.66E-05* | Â | 0.000919 | 0.000817 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
rs1801280 | NAT2 | Â | Â | Â | Â | Â | 4.89E-14* | 4.38E-14* | 2.97E-14* | 6.83E-19* | 9.29E-22* | 4.03E-11* | 2.25E-11* | 2.47E-21* | 8.41E-19* | 6.89E-15* | 4.17E-22* | 2.27E-25* | 1.72E-27* | 3.07E-27* | 1.97E-30* | 1.73E-26* | 4.01E-19* | 1.06E-18* | 8.1E-20* | 6.31E-25* | 3.64E-15* |
rs1799929 | NAT2 | Â | Â | Â | Â | Â | 4.69E-11* | 5.21E-11* | 1.75E-08* | 1.49E-15* | 8.89E-19* | 9.21E-08* | 2.85E-06* | 4.54E-20* | 4.43E-18* | 3.32E-14* | 2.5E-19* | 3.12E-25* | 5.32E-26* | 9.84E-26* | 2.87E-30* | 1.73E-26* | 6.28E-18* | 3.27E-16* | 5.98E-18* | 9.49E-22* | 3.69E-14* |
rs1799930 | NAT2 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 0.00019 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 0.000563 | Â | Â | 1.56E-05* |
rs1208 | NAT2 | Â | Â | Â | Â | Â | 1.18E-20* | 2.46E-17* | 3.46E-22* | 1.32E-27* | 1.45E-27* | 4.05E-19* | 2.65E-22* | 6.25E-22* | 4.12E-23* | 6.89E-15* | 5E-22* | 6.43E-24* | 1.92E-25* | 8.03E-26* | 1.73E-30* | 4.24E-27* | 9.85E-22* | 1.06E-18* | 9.54E-20* | 1.22E-25* | 2.87E-17* |
rs1799931 | NAT2 | Â | Â | Â | 0.000153 | Â | 2.09E-08* | 3.35E-05* | 6.27E-11* | 8.62E-12* | 1.51E-11* | 8.44E-07* | 4.04E-09* | 7.83E-06* | Â | Â | 2.98E-05* | 3.4E-12* | 1.03E-08* | 1.72E-09* | 1.6E-09* | 3.59E-11* | Â | 2.94E-07* | 9.44E-07* | 1.38E-06* | 1.99E-05* |
rs1495741 | NAT2 | Â | 3.08E-07* | Â | 5.51E-08* | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 5.75E-05 | Â | Â | 0.000771 | Â | 6.3E-06* | 7.45E-05 |
rs2115819 | ALOX5 | Â | 0.000363 | Â | Â | Â | 1.65E-37* | 8.62E-25* | 4.45E-37* | 5.67E-41* | 9.79E-33* | 1.05E-31* | 5.94E-40* | 3.77E-16* | 9.55E-11* | 9.96E-07* | 1.12E-14* | 5.62E-24* | 3.92E-19* | 3.07E-18* | 6.98E-20* | 8.9E-21* | 9.03E-16* | 6.62E-23* | 1.72E-20* | 9.48E-16* | 2.24E-14* |
rs4244285 | CYP2C19 | Â | Â | Â | Â | Â | 8.78E-08* | 2.52E-06* | 6.75E-05 | 3.23E-10* | 0.00012 | 6.92E-06* | 1.11E-07* | 9.77E-11* | 2.52E-07* | 4.15E-14* | 8.47E-10* | 2.17E-09* | 0.000117 | 5.20E-08* | 7.41E-09* | 4.51E-13* | Â | Â | Â | Â | Â |
rs1057910 | CYP2C9 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 5.21E-07* | 0.000111 | 0.000272 | Â |
rs11572103 | CYP2C8 | Â | Â | Â | Â | Â | 1.57E-16* | 5.93E-10* | 7.08E-15* | 8.71E-19* | 3.56E-09* | 5E-12* | 1.60E-14* | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
rs7909236 | CYP2C8 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 6.35E-18* | 1.175E-16* | 1.77E-22* | 1.7E-08* | 1.45E-16* | 3.59E-15* | 1.16E-11* | 3.98E-10* | 2.96E-09* | 1.61E-09* | 3.5E-14* | 3.03E-12* | 1.49E-09* | 3.17E-06* |
rs17110453 | CYP2C8 | Â | Â | Â | Â | Â | 60E-20* | 2.07E-14* | 1.87E-20* | 2.78E-24* | 5.66E-22* | 1.4E-19* | 1.07E-22* | 8.29E-11* | 2.41E-07* | 5.14E-14* | 5.74E-10* | 1.31E-11* | 0.000358 | 6.93E-10* | 0.000121 | 4.47E-11* | Â | Â | Â | Â | Â |
rs3813867 | CYP2E1 | Â | 3.59E-06 | 0.000102 | 0.000102 | 2.78E-06* | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
rs2031920 | CYP2E1 | Â | 8.07E-05 | Â | Â | 0.0003 | 5.35E-05 | Â | 3.99E-05 | 1.02E-05* | 3.99E-05 | 0.000158 | 1.66E-05* | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 0.000331 | 0.000364 | 0.000634 | 0.000111 |
rs6413432 | CYP2E1 | 4.21E-19* | 1.31E-16* | 1.45E-15* | 3.14E-16* | 1.66E-19* | Â | Â | Â | 0.000271 | Â | Â | 0.000531 | 6.57E-10* | 4.59E-08* | 9.02E-09* | 2.97E-09* | 1.63E-06* | 1.26E-05 | Â | Â | 9.51E-05 | 8.46E-12* | 1.83E-17* | 7.76E-12* | 9.13E-08* | 2.51E-12* |
rs2070676 | CYP2E1 | Â | Â | Â | Â | Â | 3.81E-30* | 1.06E-17* | 1E-28* | 5.52E-30* | 2.7E-35* | 3.78E-31* | 7.09E-28* | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
rs5219 | KCNJ11 | Â | 0.000522 | Â | Â | Â | 4.08E-16* | 5.26E-07* | 1.86E-24* | 2.18E-25* | 1.16E-23* | 7.22E-22* | 4.56E-26* | 6.22E-05 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 0.000384 | 0.000294 | Â | 3.67E-07* | Â |
rs1801028 | DRD2 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 1.31E-13* | Â | Â | 9.84E-09* |
rs2306283 | SLCO1B1 | Â | Â | Â | 9.67E-06* | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 8.87E-16* | 5.47E-20* | 2.85E-16* | 5.37E-13* | 1.5E-21* | 3.18E-19* | 3.33E-24* | 2.97E-22* | 4.46E-25* | 3.98E-10* | 1.37E-11* | 7.78E-09* | 1.72E-17* | 2.41E-11* |
rs4516035 | VDR | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 0.000251 | Â | Â | Â | Â | Â | 1.88E-18* | 9.22E-15* | 3.1E-09* | 7.2E-25* | 2.88E-25* | 7.28E-39* | 1.17E-28* | 3.93E-26* | 4.94E-31* | 1.74E-10* | 3.7E-11* | 1.81E-10* | 1.72E-15* | 7.16E-13* |
rs762551 | CYP1A2 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 0.000364 | Â | 1.00E-05* | Â | Â | Â | Â | 1.13E-05* | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 0.000511 | Â | Â | 2.42E-05* |
rs2472304 | CYP1A2 | Â | Â | Â | 1.73E-05* | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 2.83E-16* | 1.62E-07* | Â | 2.04E-24* | 2.27E-36* | 7.1E-29* | 1.44E-34* | 2.5E-33* | 1.03E-26* | 0.000626 | Â | Â | 2.56E-06* | Â |
rs750155 | SULT1A1 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 0.00056 | Â | Â | Â | Â | Â | 3.18E-23 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 0.000453 | Â | Â | Â | 1.96E-07* |
rs1800764 | ACE | Â | Â | Â | 5.34E-05 | Â | 2.61E-33* | 8.82E-23* | 1.09E-40* | 1.94E-46* | 1.05E-35* | 2.63E-43* | 7.78E-46* | 4.25E-05 | Â | Â | 1.34E-05* | 6.39E-06* | 4.04E-05 | 0.000366 | 0.000415 | 8.38E-08* | Â | 3.48E-05* | Â | Â | Â |
rs4291 | ACE | 3.00E-30* | 1.28E-35* | 5.55E-31* | 2.57E-26* | 4.86E-35* | 1.33E-28* | 1.67E-29* | 2.72E-30* | 8.3E-26* | 4.86E-35* | 6.79E-26* | 3.69E-35* | 3.1E-29* | 1.28E-34* | 4.75E-42* | 9.11E-29* | 2.72E-30* | 1.42E-24* | 1.18E-31* | 6.37E-28* | 5.39E-31* | 3.96E-29* | 8.23E-28* | 2.65E-35* | 6.22E-30* | 1.00E-28* |
rs4267385 | ACE | Â | Â | Â | Â | Â | 1.22E-24* | 2.4E-15* | 3.40E-26* | 4.89E-32* | 2.33E-33* | 3.63E-30* | 4.04E-30* | 5.61E-06* | Â | Â | 3.09E-09* | 2.69E-10* | 1.64E-09* | 1.40E-11* | 1.79E-12* | 7.04E-21* | Â | Â | Â | 0.000955 | Â |
rs2108622 | CYP4F2 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 4.34E-05 | Â | Â | Â | 0.000162 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 2.04E-06* | 2.69E-05* | 1.82E-08* | 1.99E-10* | 2.68E-08* | 1.38E-07* | 1.96E-09* |
rs3093105 | CYP4F2 | 1.6E-55* | 3.54E-51* | 3.51E-54* | 1.79E-58* | 8.09E-59* | 1.14E-36* | 1.95E-29* | 4.42E-32* | 2.15E-40* | 4.26E-37* | 2.84E-35* | 3.52E-34* | 2.57E-43* | 1.25E-41* | 7.05E-55* | 1.53E-43* | 7.84E-44* | 8.51E-49* | 1.6E-40* | 6.4E-34* | 1.29E-38* | 4.65E-44* | 1.27E-45* | 1.55E-41* | 1.48E-41* | 1.25E-45* |
rs8192726 | CYP2A6 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 0.000189 | Â | Â | 0.000248 | Â | Â | 0.000374 | 0.000723 | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
rs1051298 | SLC19A1 | 1.51E-07* | 2.66E-09* | 0.000482 | 3.97E-08* | 2.45E-06* | 7.14E-08* | 1.6E-06* | 2.36E-06* | 3.37E-11* | 4.68E-09* | 4.73E-07* | 4.55E-07* | 6.37E-09* | 1.09E-15* | 8.09E-15 | 6.04E-09* | 6.48E-11* | 5.13E-09* | 5.5E-14* | 4.51E-11* | 2.71E-10* | 1.94E-06* | 7.95E-08* | 2.61E-07* | 3.27E-07* | 2.79E-09* |
rs1051296 | SLC19A1 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
rs1131596 | SLC19A1 | Â | Â | Â | Â | Â | 6.91E-11* | Â | 0.000115 | 2.6E-16* | 1.59E-12* | 7.5E-11* | 4.12E-10* | Â | 2.88E-06* | 8.07E-05* | Â | Â | Â | 9.78E-06* | 0.000809 | Â | Â | Â | Â | 0.00067 | Â |
rs1065852 | CYP2D6 | 4.20E-16* | 1.82E-13* | 1.88E-17* | 6.28E-22* | 7.67E-12* | 4.99E-42* | 2.82E-38* | 3.62E-50* | 2.33E-48* | 4.31E-58* | 2.22E-39* | 1.39E-48* | 2.14E-38* | 1.76E-37* | 8.68E-51* | 8.43E-41* | 4.66E-30* | 3.71E-42* | 1.47E-31* | 2.16E-39* | 2.84E-35* | 1.95E-31* | 3.3E-41* | 1.17E-38* | 6.16E-47* | 2.88E-42* |