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Table 3 Significant VIP variants in the Wa people compared with the other 26 populations after Bonferroni’s multiple adjustment

From: Genetic analysis of pharmacogenomic VIP variants in the Wa population from Yunnan Province of China

SNP ID Genes p < 0.05/(52×26) EAS AFR AMR EUR SAS
CDX CHB CHS JPT KHV ACB ASW ESN GWD LWK MSL YRI CLM MXL PEL PUR CEU FIN GBR IBS TSI BEB GIH ITU PJL STU
rs11572325 CYP2J2       1.02E-06* 5.45E-06* 1.90E-06* 4.42E-06* 2.08E-05* 8.09E-05 2.75E-06*     7.76E-06*   6.62E-05         
rs10889160 CYP2J2     0.000294   5.88E-19* 1.08E-10* 1.52E-21* 8.72E-15* 1.62E-16* 9.67E-19* 4.46E-21*     0.000148   9.14E-06*         
rs1760217 DPYD       0.00083    1.07E-05*    5.51E-05 0.000265    3.19E-06*   2.18E-05* 5.35E-05 0.000223 0.00048    9.86E-09* 1.1E-05* 3.54E-08*
rs1801159 DPYD          6.33E-08*   3.62E-07*     2.14E-06*    0.000829     1.76E-05* 8.42E-06* 4.32E-10* 3.16E-06* 2.57E-08*
rs1801265 DPYD       1.55E-14* 9.57E-19* 7.19E-19* 7.68E-22* 2.18E-22* 1.8E-14* 5.2E-20* 1.97E-05* 3.98E-05   8.12E-07*   2.03E-09*   0.000166 0.000112   5.32E-12* 3.1E-10* 5.62E-09*  
rs5275 PTGS2       5.37E-24* 3.85E-17* 2.15E-28* 4.85E-23* 3.89E-24* 6.6E-27* 1.08E-28* 2.24E-08* 7.96E-06* 4.18E-08* 7.32E-05 9.47E-08*   0.000783 2.2E-05* 0.00027 3.18E-08* 8.54E-08* 1.31E-06* 2.86E-13* 7.33E-09*
rs20417 PTGS2       5.38E-29* 1.81E-26* 1.16E-37* 3.26E-27* 2.82E-24* 3.93E-36* 5.95E-33* 2.31E-19* 3.44E-19* 6.57E-17* 1.57E-18* 5.14E-15* 2.82E-09* 2.64E-12* 2.26E-13* 2.04E-16* 1.85E-15* 1.81E-15* 1.45E-14* 1.54E-19* 8.50E-18*
rs12139527 CACNA1S       9.11E-34* 1.29E-29* 1.83E-41* 2.75E-43* 5.74E-36* 7.83E-41* 3.31E-41*     4.94E-08           
rs3850625 CACNA1S              9.08E-10*   4.71E-09*   2.62E-07* 4.14E-16* 2.62E-12* 1.13E-07* 4.73E-09* 5.03E-13* 4.51E-25* 2.99E-17* 4.65E-16* 1.61E-13*
rs2306238 RYR2       2.93E-06*   7.38E-09* 1.07E-07* 5.88E-07* 5.76E-08* 3.11E-07*    0.00071            
rs2231142 ABCG2      0.000366 2.96E-09*   8.53E-11* 3.58E-10* 8.53E-11* 1.12E-07* 1.3E-11*         0.000186 2.64E-05*   0.000176    
rs2231137 ABCG2   2.53E-07* 1.1E-05* 4.49E-17*   3.93E-29* 6.69E-25* 2.4E-29* 2.26E-33* 1.72E-21* 2.4E-22* 4.17E-30* 4.32E-18* 2.82E-10*   1.26E-18* 1.43E-31* 2.87E-24* 2.14E-30* 1.47E-30* 7.16E-27* 1.36E-10* 7.44E-19* 9.18E-24* 1.79E-22* 1.55E-14*
rs698 ADH1C              6.41E-05 1.92E-07*   2.17E-14* 1.65E-21* 1.19E-20* 1.04E-15* 1.26E-08* 1.53E-09* 0.000641 2.3E-07* 4.56E-06* 8.44E-11* 6.86E-12*
rs776746 CYP3A5 1.44E-20* 1.5E-18* 1.25E-18* 1.82E-21* 5.24E-21* 1.18E-37* 1.94E-33* 3.9E-43* 2.02E-40* 2.85E-40* 8.23E-39* 4.59E-45* 2.21E-13* 9.13E-17* 1.43E-09* 1.67E-14* 4.33E-06* 2.47E-06* 6.55E-07* 8.03E-08* 3.2E-07* 3.69E-22* 3.61E-20* 5.26E-21* 1.44E-19* 1.24E-20*
rs2242480 CYP3A4       2.62E-23* 1.64E-15* 3.89E-36* 1.69E-28* 1.47E-36* 6.57E-33* 1.5E-30*    1.35E-07*   6.01E-14* 3.6E-12* 5.94E-12* 2.02E-09* 1.22E-11*      
rs1805123 KCNH2              0.000824    1.21E-05* 1.31E-06*   1.77E-07* 3.87E-08* 2.29E-09* 2.02E-09* 1.52E-06* 2.17E-08* 0.00023 2.36E-05*
rs4646244 NAT2                        0.00034    3.97E-05
rs4271002 NAT2       0.000159   3.3E-10* 3.72E-10 2.07E-05 0.000331 4.77E-06* 0.000636     1.74E-06*        0.000333   
rs1041983 NAT2                1.66E-05*   0.000919 0.000817         
rs1801280 NAT2       4.89E-14* 4.38E-14* 2.97E-14* 6.83E-19* 9.29E-22* 4.03E-11* 2.25E-11* 2.47E-21* 8.41E-19* 6.89E-15* 4.17E-22* 2.27E-25* 1.72E-27* 3.07E-27* 1.97E-30* 1.73E-26* 4.01E-19* 1.06E-18* 8.1E-20* 6.31E-25* 3.64E-15*
rs1799929 NAT2       4.69E-11* 5.21E-11* 1.75E-08* 1.49E-15* 8.89E-19* 9.21E-08* 2.85E-06* 4.54E-20* 4.43E-18* 3.32E-14* 2.5E-19* 3.12E-25* 5.32E-26* 9.84E-26* 2.87E-30* 1.73E-26* 6.28E-18* 3.27E-16* 5.98E-18* 9.49E-22* 3.69E-14*
rs1799930 NAT2                0.00019         0.000563    1.56E-05*
rs1208 NAT2       1.18E-20* 2.46E-17* 3.46E-22* 1.32E-27* 1.45E-27* 4.05E-19* 2.65E-22* 6.25E-22* 4.12E-23* 6.89E-15* 5E-22* 6.43E-24* 1.92E-25* 8.03E-26* 1.73E-30* 4.24E-27* 9.85E-22* 1.06E-18* 9.54E-20* 1.22E-25* 2.87E-17*
rs1799931 NAT2     0.000153   2.09E-08* 3.35E-05* 6.27E-11* 8.62E-12* 1.51E-11* 8.44E-07* 4.04E-09* 7.83E-06*    2.98E-05* 3.4E-12* 1.03E-08* 1.72E-09* 1.6E-09* 3.59E-11*   2.94E-07* 9.44E-07* 1.38E-06* 1.99E-05*
rs1495741 NAT2   3.08E-07*   5.51E-08*                 5.75E-05    0.000771   6.3E-06* 7.45E-05
rs2115819 ALOX5   0.000363     1.65E-37* 8.62E-25* 4.45E-37* 5.67E-41* 9.79E-33* 1.05E-31* 5.94E-40* 3.77E-16* 9.55E-11* 9.96E-07* 1.12E-14* 5.62E-24* 3.92E-19* 3.07E-18* 6.98E-20* 8.9E-21* 9.03E-16* 6.62E-23* 1.72E-20* 9.48E-16* 2.24E-14*
rs4244285 CYP2C19       8.78E-08* 2.52E-06* 6.75E-05 3.23E-10* 0.00012 6.92E-06* 1.11E-07* 9.77E-11* 2.52E-07* 4.15E-14* 8.47E-10* 2.17E-09* 0.000117 5.20E-08* 7.41E-09* 4.51E-13*      
rs1057910 CYP2C9                        5.21E-07* 0.000111 0.000272  
rs11572103 CYP2C8       1.57E-16* 5.93E-10* 7.08E-15* 8.71E-19* 3.56E-09* 5E-12* 1.60E-14*               
rs7909236 CYP2C8              6.35E-18* 1.175E-16* 1.77E-22* 1.7E-08* 1.45E-16* 3.59E-15* 1.16E-11* 3.98E-10* 2.96E-09* 1.61E-09* 3.5E-14* 3.03E-12* 1.49E-09* 3.17E-06*
rs17110453 CYP2C8       60E-20* 2.07E-14* 1.87E-20* 2.78E-24* 5.66E-22* 1.4E-19* 1.07E-22* 8.29E-11* 2.41E-07* 5.14E-14* 5.74E-10* 1.31E-11* 0.000358 6.93E-10* 0.000121 4.47E-11*      
rs3813867 CYP2E1   3.59E-06 0.000102 0.000102 2.78E-06*                      
rs2031920 CYP2E1   8.07E-05    0.0003 5.35E-05   3.99E-05 1.02E-05* 3.99E-05 0.000158 1.66E-05*            0.000331 0.000364 0.000634 0.000111
rs6413432 CYP2E1 4.21E-19* 1.31E-16* 1.45E-15* 3.14E-16* 1.66E-19*     0.000271    0.000531 6.57E-10* 4.59E-08* 9.02E-09* 2.97E-09* 1.63E-06* 1.26E-05    9.51E-05 8.46E-12* 1.83E-17* 7.76E-12* 9.13E-08* 2.51E-12*
rs2070676 CYP2E1       3.81E-30* 1.06E-17* 1E-28* 5.52E-30* 2.7E-35* 3.78E-31* 7.09E-28*               
rs5219 KCNJ11   0.000522     4.08E-16* 5.26E-07* 1.86E-24* 2.18E-25* 1.16E-23* 7.22E-22* 4.56E-26* 6.22E-05          0.000384 0.000294   3.67E-07*  
rs1801028 DRD2                        1.31E-13*    9.84E-09*
rs2306283 SLCO1B1     9.67E-06*          8.87E-16* 5.47E-20* 2.85E-16* 5.37E-13* 1.5E-21* 3.18E-19* 3.33E-24* 2.97E-22* 4.46E-25* 3.98E-10* 1.37E-11* 7.78E-09* 1.72E-17* 2.41E-11*
rs4516035 VDR        0.000251       1.88E-18* 9.22E-15* 3.1E-09* 7.2E-25* 2.88E-25* 7.28E-39* 1.17E-28* 3.93E-26* 4.94E-31* 1.74E-10* 3.7E-11* 1.81E-10* 1.72E-15* 7.16E-13*
rs762551 CYP1A2         0.000364   1.00E-05*      1.13E-05*         0.000511    2.42E-05*
rs2472304 CYP1A2     1.73E-05*          2.83E-16* 1.62E-07*   2.04E-24* 2.27E-36* 7.1E-29* 1.44E-34* 2.5E-33* 1.03E-26* 0.000626    2.56E-06*  
rs750155 SULT1A1          0.00056       3.18E-23        0.000453     1.96E-07*
rs1800764 ACE     5.34E-05   2.61E-33* 8.82E-23* 1.09E-40* 1.94E-46* 1.05E-35* 2.63E-43* 7.78E-46* 4.25E-05    1.34E-05* 6.39E-06* 4.04E-05 0.000366 0.000415 8.38E-08*   3.48E-05*    
rs4291 ACE 3.00E-30* 1.28E-35* 5.55E-31* 2.57E-26* 4.86E-35* 1.33E-28* 1.67E-29* 2.72E-30* 8.3E-26* 4.86E-35* 6.79E-26* 3.69E-35* 3.1E-29* 1.28E-34* 4.75E-42* 9.11E-29* 2.72E-30* 1.42E-24* 1.18E-31* 6.37E-28* 5.39E-31* 3.96E-29* 8.23E-28* 2.65E-35* 6.22E-30* 1.00E-28*
rs4267385 ACE       1.22E-24* 2.4E-15* 3.40E-26* 4.89E-32* 2.33E-33* 3.63E-30* 4.04E-30* 5.61E-06*    3.09E-09* 2.69E-10* 1.64E-09* 1.40E-11* 1.79E-12* 7.04E-21*     0.000955  
rs2108622 CYP4F2         4.34E-05     0.000162         2.04E-06* 2.69E-05* 1.82E-08* 1.99E-10* 2.68E-08* 1.38E-07* 1.96E-09*
rs3093105 CYP4F2 1.6E-55* 3.54E-51* 3.51E-54* 1.79E-58* 8.09E-59* 1.14E-36* 1.95E-29* 4.42E-32* 2.15E-40* 4.26E-37* 2.84E-35* 3.52E-34* 2.57E-43* 1.25E-41* 7.05E-55* 1.53E-43* 7.84E-44* 8.51E-49* 1.6E-40* 6.4E-34* 1.29E-38* 4.65E-44* 1.27E-45* 1.55E-41* 1.48E-41* 1.25E-45*
rs8192726 CYP2A6              0.000189    0.000248    0.000374 0.000723       
rs1051298 SLC19A1 1.51E-07* 2.66E-09* 0.000482 3.97E-08* 2.45E-06* 7.14E-08* 1.6E-06* 2.36E-06* 3.37E-11* 4.68E-09* 4.73E-07* 4.55E-07* 6.37E-09* 1.09E-15* 8.09E-15 6.04E-09* 6.48E-11* 5.13E-09* 5.5E-14* 4.51E-11* 2.71E-10* 1.94E-06* 7.95E-08* 2.61E-07* 3.27E-07* 2.79E-09*
rs1051296 SLC19A1                           
rs1131596 SLC19A1       6.91E-11*   0.000115 2.6E-16* 1.59E-12* 7.5E-11* 4.12E-10*   2.88E-06* 8.07E-05*     9.78E-06* 0.000809      0.00067  
rs1065852 CYP2D6 4.20E-16* 1.82E-13* 1.88E-17* 6.28E-22* 7.67E-12* 4.99E-42* 2.82E-38* 3.62E-50* 2.33E-48* 4.31E-58* 2.22E-39* 1.39E-48* 2.14E-38* 1.76E-37* 8.68E-51* 8.43E-41* 4.66E-30* 3.71E-42* 1.47E-31* 2.16E-39* 2.84E-35* 1.95E-31* 3.3E-41* 1.17E-38* 6.16E-47* 2.88E-42*
  1. Bold indicates*p < 0.05/(52×26) indicates statistical significance