Testing for homogeneity of gametic disequilibrium across strata

BMC Genomic Data

Table 1 Empirical type I error rates for X^2* and T² for equal allele probabilities across K = 3 strata under H₀

n	D	p₁₊	p₊₁	X ^2*	T ²
50, 50, 50	-0.125	0.5, 0.5, 0.5	0.5, 0.5, 0.5	0.047	0.110
	0.0			0.055	0.052
	0.125			0.076	0.116
	-0.075	0.5, 0.5, 0.5	0.3, 0.3, 0.3	0.051	0.061
	0.0			0.053	0.049
	0.075			0.075	0.063
	-0.045	0.3, 0.3, 0.3	0.3, 0.3, 0.3	0.042	0.021
	0.0			0.044	0.053
	0.105			0.100	0.167
	-0.025	0.5, 0.5, 0.5	0.1, 0.1, 0.1	0.061	0.036
	0.0			0.067	0.041
	0.025			0.089	0.029
	-0.015	0.3, 0.3, 0.3	0.1, 0.1, 0.1	0.024	0.017
	0.0			0.025	0.047
	0.035			0.104	0.117
	-0.005	0.1, 0.1, 0.1	0.1, 0.1, 0.1	0.031	0.024
	0.0			0.024	0.087
	0.045			0.413	0.515
100, 100, 100	-0.125	0.5, 0.5, 0.5	0.5, 0.5, 0.5	0.049	0.106
	0.0			0.052	0.051
	0.125			0.065	0.112
	-0.075	0.5, 0.5, 0.5	0.3, 0.3, 0.3	0.051	0.059
	0.0			0.049	0.051
	0.075			0.055	0.063
	-0.045	0.3, 0.3, 0.3	0.3, 0.3, 0.3	0.046	0.024
	0.0			0.048	0.051
	0.105			0.048	0.156
	-0.025	0.5, 0.5, 0.5	0.1, 0.1, 0.1	0.053	0.029
	0.0			0.048	0.047
	0.025			0.089	0.030
	-0.015	0.3, 0.3, 0.3	0.1, 0.1, 0.1	0.026	0.013
	0.0			0.029	0.048
	0.035			0.075	0.109
	-0.005	0.1, 0.1, 0.1	0.1, 0.1, 0.1	0.012	0.014
	0.0			0.013	0.057
	0.045			0.278	0.474
200, 200, 200	-0.125	0.5, 0.5, 0.5	0.5, 0.5, 0.5	0.050	0.050
	0.0			0.052	0.048
	0.125			0.058	0.112
	-0.075	0.5, 0.5, 0.5	0.3, 0.3, 0.3	0.050	0.057
	0.0			0.050	0.049
	0.075			0.054	0.058
	-0.045	0.3, 0.3, 0.3	0.3, 0.3, 0.3	0.049	0.025
	0.0			0.049	0.049
	0.105			0.052	0.156
	-0.025	0.5, 0.5, 0.5	0.1, 0.1, 0.1	0.053	0.030
	0.0			0.050	0.051
	0.025			0.052	0.032
	-0.015	0.3, 0.3, 0.3	0.1, 0.1, 0.1	0.044	0.014
	0.0			0.044	0.051
	0.035			0.045	0.105
	-0.005	0.1, 0.1, 0.1	0.1, 0.1, 0.1	0.020	0.010
	0.0			0.020	0.049
	0.045			0.098	0.463

The empirical type I error rate which is significant for the two-sided t-test at the nominal level of 0.05 is marked with underline.

ISSN: 2730-6844