Skip to main content

Table 1 Observed number of alleles, average total heterozygosity (HT), average subpopulation heterozygosity (HS), number of populations out of HWE, average p values, RST, FST, RST/FSTratio, GSTand pairwise FSTvalues for 31 loci.

From: Genetic variation analysis of the Bali street dog using microsatellites

           BSD Pairwise FST by Locus
  Chr. Num. Observed Alleles HT HS Num. Loci with p value <0.05 Average p value RST FST RST/FST × Dingo × Chow
CPH16 CFA20 11 0.829 0.610 7 0.407 0.098 0.233 0.420 0.005 0.132
C08.618 CFA08 9 0.744 0.553 4 0.481 0.148 0.229 0.646 0.071 0.185
FH2001 CFA23 13 0.791 0.593 4 0.433 0.167 0.225 0.741 0.083 0.100
C20.446 CFA20 10 0.729 0.553 3 0.541 0.173 0.215 0.804 0.123 0.105
C01.424 CFA01 9 0.716 0.476 7 0.475 0.258 0.320 0.807 0.125 0.110
CPH02 CFA32 9 0.693 0.520 4 0.499 0.194 0.223 0.871 0.148 0.066
FH2004 CFA11 18 0.809 0.611 3 0.522 0.187 0.214 0.873 0.057 0.060
AHT137 CFA11 14 0.861 0.672 2 0.427 0.176 0.197 0.893 0.064 0.188
C03.877 CFA03 12 0.730 0.509 1 0.524 0.268 0.275 0.977 0.244 0.114
C06.636 CFA06 12 0.652 0.483 6 0.435 0.233 0.237 0.982 0.069 0.024
AHT121 CFA13 18 0.865 0.632 1 0.511 0.255 0.251 1.016 0.098 0.063
VIASD10 CFA07 9 0.759 0.555 2 0.525 0.249 0.233 1.066 0.268 0.030
C31.646 CFA31 14 0.814 0.566 7 0.410 0.301 0.281 1.075 0.088 0.036
RVC1 CFA15 9 0.774 0.569 4 0.458 0.270 0.242 1.119 0.355 0.216
LEI002 CFA27 11 0.737 0.551 4 0.534 0.259 0.229 1.127 0.107 0.149
LEI004 CFA37 13 0.667 0.509 4 0.510 0.246 0.219 1.128 0.133 0.051
C28.176 CFA28 10 0.735 0.546 6 0.400 0.270 0.234 1.152 0.249 0.013
C22.279 CFA22 11 0.836 0.529 2 0.441 0.262 0.214 1.226 0.201 0.109
PEZ02 Unlinked 12 0.762 0.600 1 0.567 0.232 0.187 1.242 0.134 0.027
FH2054 CFA12 10 0.848 0.654 4 0.524 0.251 0.199 1.261 0.055 0.069
C23.123 CFA23 8 0.766 0.636 4 0.402 0.351 0.278 1.263 0.110 0.002
CPH08 CFA19 11 0.765 0.582 4 0.465 0.284 0.222 1.276 0.082 0.056
C14.866 CFA14 10 0.840 0.604 3 0.473 0.330 0.255 1.293 0.180 0.112
PEZ08 CFA17 17 0.859 0.684 5 0.465 0.235 0.179 1.312 0.121 0.079
AHT130 CFA18 11 0.829 0.614 0 0.539 0.313 0.235 1.331 0.116 0.105
AHT111 CFA02 11 0.785 0.582 4 0.371 0.348 0.246 1.414 0.214 0.006
C10.404 CFA10 13 0.865 0.558 3 0.526 0.486 0.328 1.479 0.177 0.160
C09.250 CFA09 10 0.830 0.582 1 0.491 0.412 0.272 1.513 0.016 0.042
FH2140 CFA05 20 0.795 0.621 2 0.560 0.297 0.192 1.546 0.119 0.072
AHT139 CFA15 6 0.664 0.508 4 0.452 0.330 0.206 1.604 0.085 0.078
CPH03 CFA06 15 0.815 0.612 2 0.526 0.394 0.229 1.724 0.017 0.180
All   366 0.779 0.577 108 0.481 0.230 0.236 1.135 0.126 0.088