TY - JOUR AU - Barker, M. S. AU - Husband, B. C. AU - Pires, J. C. PY - 2016 DA - 2016// TI - Spreading Winge and flying high: the evolutionary importance of polyploidy after a century of study JO - Am J Bot VL - 103 UR - https://doi.org/10.3732/ajb.1600272 DO - 10.3732/ajb.1600272 ID - Barker2016 ER - TY - JOUR AU - dPY, V. AU - Mizrachi, E. AU - Marchal, K. PY - 2017 DA - 2017// TI - The evolutionary significance of polyploidy JO - Nat Rev Gene VL - 18 UR - https://doi.org/10.1038/nrg.2017.26 DO - 10.1038/nrg.2017.26 ID - dPY2017 ER - TY - JOUR AU - Otto, S. P. PY - 2007 DA - 2007// TI - The evolutionary consequences of polyploidy JO - Cell VL - 131 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2007.10.022 DO - 10.1016/j.cell.2007.10.022 ID - Otto2007 ER - TY - STD TI - McClintock B: The significance of responses of the genome to challenge. 1983. ID - ref4 ER - TY - JOUR AU - Cox, M. P. AU - Dong, T. AU - Shen, G. AU - Dalvi, Y. AU - Scott, D. B. AU - Ganley, A. R. PY - 2014 DA - 2014// TI - An interspecific fungal hybrid reveals cross-kingdom rules for allopolyploid gene expression patterns JO - PLoS Genet VL - 10 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1004180 DO - 10.1371/journal.pgen.1004180 ID - Cox2014 ER - TY - JOUR AU - Gerstein, A. C. AU - Chun, H. -. J. E. AU - Grant, A. AU - Otto, S. P. PY - 2006 DA - 2006// TI - Genomic convergence toward diploidy in Saccharomyces cerevisiae JO - PLoS Genet VL - 2 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pgen.0020145 DO - 10.1371/journal.pgen.0020145 ID - Gerstein2006 ER - TY - JOUR AU - Liu, S. AU - Luo, J. AU - Chai, J. AU - Ren, L. AU - Zhou, Y. AU - Huang, F. AU - Liu, X. AU - Chen, Y. AU - Zhang, C. AU - Tao, M. PY - 2016 DA - 2016// TI - Genomic incompatibilities in the diploid and tetraploid offspring of the goldfish× common carp cross JO - Proc Natl Acad Sci VL - 113 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1512955113 DO - 10.1073/pnas.1512955113 ID - Liu2016 ER - TY - JOUR AU - Moshe, F. AU - Levy, A. A. PY - 2012 DA - 2012// TI - Genome evolution due to allopolyploidization in wheat JO - Genetics VL - 192 UR - https://doi.org/10.1534/genetics.112.146316 DO - 10.1534/genetics.112.146316 ID - Moshe2012 ER - TY - JOUR AU - Abbott, R. AU - Albach, D. AU - Ansell, S. AU - Arntzen, J. W. AU - Baird, S. J. AU - Bierne, N. AU - Boughman, J. AU - Brelsford, A. AU - Buerkle, C. A. AU - Buggs, R. PY - 2013 DA - 2013// TI - Hybridization and speciation JO - J Evol Biol VL - 26 UR - https://doi.org/10.1111/j.1420-9101.2012.02599.x DO - 10.1111/j.1420-9101.2012.02599.x ID - Abbott2013 ER - TY - JOUR AU - Liu, S. AU - Liu, Y. AU - Zhou, G. AU - Zhang, X. AU - Luo, C. AU - Feng, H. AU - He, X. AU - Zhu, G. AU - Yang, H. PY - 2001 DA - 2001// TI - The formation of tetraploid stocks of red crucian carp× common carp hybrids as an effect of interspecific hybridization JO - Aquaculture VL - 192 UR - https://doi.org/10.1016/S0044-8486(00)00451-8 DO - 10.1016/S0044-8486(00)00451-8 ID - Liu2001 ER - TY - JOUR AU - Liu, S. PY - 2010 DA - 2010// TI - Distant hybridization leads to different ploidy fishes JO - Sci China Life Sci VL - 53 UR - https://doi.org/10.1007/s11427-010-0057-9 DO - 10.1007/s11427-010-0057-9 ID - Liu2010 ER - TY - JOUR AU - Song, C. AU - Wang, J. AU - Liu, S. AU - Qin, Q. AU - Xiao, J. AU - Duan, W. AU - Luo, K. AU - Liu, J. AU - Liu, Y. PY - 2009 DA - 2009// TI - Biological characteristics of an improved triploid crucian carp JO - Sci China VL - 52 ID - Song2009 ER - TY - JOUR AU - Wang, J. AU - Ye, L. H. AU - Liu, Q. Z. AU - Peng, L. Y. AU - Liu, W. AU - Yi, X. G. AU - Wang, Y. D. AU - Xiao, J. AU - Xu, K. AU - Hu, F. Z. AU - Ren, L. AU - Tao, M. AU - Zhang, C. AU - Liu, Y. AU - Hong, Y. H. AU - Liu, S. J. PY - 2015 DA - 2015// TI - Rapid genomic DNA changes in allotetraploid fish hybrids JO - Heredity VL - 114 UR - https://doi.org/10.1038/hdy.2015.3 DO - 10.1038/hdy.2015.3 ID - Wang2015 ER - TY - JOUR AU - Santini, S. AU - Bernardi, G. PY - 2005 DA - 2005// TI - Organization and base composition of tilapia Hox genes: implications for the evolution of Hox clusters in fish JO - Gene VL - 346 UR - https://doi.org/10.1016/j.gene.2004.10.027 DO - 10.1016/j.gene.2004.10.027 ID - Santini2005 ER - TY - JOUR AU - Koh, E. G. L. AU - Lam, K. AU - Christoffels, A. AU - Erdmann, M. V. AU - Brenner, S. AU - Venkatesh, B. PY - 2003 DA - 2003// TI - Hox gene clusters in the Indonesian coelacanth, Latimeria menadoensis JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 100 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0237317100 DO - 10.1073/pnas.0237317100 ID - Koh2003 ER - TY - JOUR AU - Mallo, M. AU - Alonso, C. R. PY - 2013 DA - 2013// TI - The regulation of Hox gene expression during animal development JO - Development VL - 140 UR - https://doi.org/10.1242/dev.068346 DO - 10.1242/dev.068346 ID - Mallo2013 ER - TY - JOUR AU - Lemons, D. AU - McGinnis, W. PY - 2006 DA - 2006// TI - Genomic evolution of Hox gene clusters JO - Science VL - 313 UR - https://doi.org/10.1126/science.1132040 DO - 10.1126/science.1132040 ID - Lemons2006 ER - TY - JOUR AU - Pruett, N. D. AU - Visconti, R. P. AU - Jacobs, D. F. AU - Scholz, D. AU - McQuinn, T. AU - Sundberg, J. P. AU - Awgulewitsch, A. PY - 2008 DA - 2008// TI - Evidence for Hox-specified positional identities in adult vasculature JO - BMC Dev Biol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/1471-213X-8-93 DO - 10.1186/1471-213X-8-93 ID - Pruett2008 ER - TY - STD TI - Thisse B, Thisse C: Fast release clones: a high throughput expression analysis. ZFIN direct data submission 2004. ID - ref19 ER - TY - JOUR AU - Chung, N. AU - Jee, B. K. AU - Chae, S. W. AU - Jeon, Y. -. W. AU - Lee, K. H. AU - Rha, H. K. PY - 2009 DA - 2009// TI - HOX gene analysis of endothelial cell differentiation in human bone marrow-derived mesenchymal stem cells JO - Mol Biol Rep VL - 36 UR - https://doi.org/10.1007/s11033-007-9171-6 DO - 10.1007/s11033-007-9171-6 ID - Chung2009 ER - TY - JOUR AU - Mcginnis, W. AU - Krumlauf, R. PY - 1992 DA - 1992// TI - Homeobox genes and axial patterning JO - Cell VL - 68 UR - https://doi.org/10.1016/0092-8674(92)90471-N DO - 10.1016/0092-8674(92)90471-N ID - Mcginnis1992 ER - TY - JOUR AU - Holland, P. W. H. AU - Garcia-Fernàndez, J. PY - 1996 DA - 1996// TI - HoxGenes and chordate evolution JO - Dev Biol VL - 173 UR - https://doi.org/10.1006/dbio.1996.0034 DO - 10.1006/dbio.1996.0034 ID - Holland1996 ER - TY - JOUR AU - Ohno, K. AU - Ji, T. PY - 2018 DA - 2018// TI - Masuda a: rules and tools to predict the splicing effects of exonic and intronic mutations JO - Wiley Interdiscip Rev RNA VL - 9 UR - https://doi.org/10.1002/wrna.1451 DO - 10.1002/wrna.1451 ID - Ohno2018 ER - TY - JOUR AU - Harada, N. AU - Yamada, K. AU - Saito, K. AU - Kibe, N. AU - Dohmae, S. AU - Takagi, Y. PY - 1990 DA - 1990// TI - Structural characterization of the human estrogen synthetase (aromatase) gene JO - Biochem Biophys Res Commun VL - 166 UR - https://doi.org/10.1016/0006-291X(90)91954-Q DO - 10.1016/0006-291X(90)91954-Q ID - Harada1990 ER - TY - JOUR AU - Postlethwait, J. H. AU - Yan, Y. -. L. AU - Gates, M. A. AU - Horne, S. AU - Amores, A. AU - Brownlie, A. AU - Donovan, A. AU - Egan, E. S. AU - Force, A. AU - Gong, Z. PY - 1998 DA - 1998// TI - Vertebrate genome evolution and the zebrafish gene map JO - Nat Genet VL - 18 UR - https://doi.org/10.1038/ng0498-345 DO - 10.1038/ng0498-345 ID - Postlethwait1998 ER - TY - JOUR AU - Luo, J. AU - Stadler, P. F. AU - He, S. AU - Meyer, A. AU - Luo, J. AU - Stadler, P. F. AU - He, S. AU - Meyer, A. PY - 2010 DA - 2010// TI - PCR survey of Hox genes in the goldfish Carassius auratus auratus JO - J Exp Zool B Mol Dev Evol VL - 308B UR - https://doi.org/10.1002/jez.b.21144 DO - 10.1002/jez.b.21144 ID - Luo2010 ER - TY - JOUR AU - Jaillon, O. AU - Aury, J. -. M. AU - Brunet, F. AU - Petit, J. -. L. AU - Stange-Thomann, N. AU - Mauceli, E. AU - Bouneau, L. AU - Fischer, C. AU - Ozouf-Costaz, C. AU - Bernot, A. PY - 2004 DA - 2004// TI - Genome duplication in the teleost fish Tetraodon nigroviridis reveals the early vertebrate proto-karyotype JO - Nature VL - 431 UR - https://doi.org/10.1038/nature03025 DO - 10.1038/nature03025 ID - Jaillon2004 ER - TY - JOUR AU - Aparicio, S. PY - 2002 DA - 2002// TI - Whole-genome shotgun assembly and analysis of the genome of Fugu rubripes JO - Science VL - 297 UR - https://doi.org/10.1126/science.1072104 DO - 10.1126/science.1072104 ID - Aparicio2002 ER - TY - JOUR AU - Naruse, K. AU - Fukamachi, S. AU - Mitani, H. AU - Kondo, M. AU - Matsuoka, T. AU - Shu, K. AU - Hanamura, N. AU - Morita, Y. AU - Hasegawa, K. AU - Nishigaki, R. PY - 2000 DA - 2000// TI - A detailed linkage map of Medaka, Oryzias latipes: comparative genomics and genome evolution JO - Genetics VL - 154 ID - Naruse2000 ER - TY - JOUR AU - Hoegg, S. AU - Meyer, A. PY - 2005 DA - 2005// TI - Hox clusters as models for vertebrate genome evolution JO - Trends Genet VL - 21 UR - https://doi.org/10.1016/j.tig.2005.06.004 DO - 10.1016/j.tig.2005.06.004 ID - Hoegg2005 ER - TY - JOUR AU - Moghadam, H. K. AU - Ferguson, M. M. AU - Danzmann, R. G. PY - 2005 DA - 2005// TI - Evidence for Hox gene duplication in rainbow trout (Oncorhynchus mykiss): a Tetraploid model species JO - J Mol Evol VL - 61 UR - https://doi.org/10.1007/s00239-004-0230-5 DO - 10.1007/s00239-004-0230-5 ID - Moghadam2005 ER - TY - JOUR AU - Lynch, M. AU - Conery, J. S. PY - 2000 DA - 2000// TI - The evolutionary fate and consequences of duplicate genes JO - Science VL - 290 UR - https://doi.org/10.1126/science.290.5494.1151 DO - 10.1126/science.290.5494.1151 ID - Lynch2000 ER - TY - JOUR AU - Zou, S. -. M. AU - Jiang, X. -. Y. AU - He, Z. -. Z. AU - Yuan, J. AU - Yuan, X. -. N. AU - Li, S. -. F. PY - 2007 DA - 2007// TI - Hox gene clusters in blunt snout bream, Megalobrama amblycephala and comparison with those of zebrafish, fugu and medaka genomes JO - Gene VL - 400 UR - https://doi.org/10.1016/j.gene.2007.05.021 DO - 10.1016/j.gene.2007.05.021 ID - Zou2007 ER - TY - JOUR AU - Xue, L. AU - Qian, K. AU - Qian, H. AU - Li, L. AU - Yang, Q. AU - Li, M. PY - 2006 DA - 2006// TI - Molecular cloning and characterization of the Myostatin gene in Croceine croaker, Pseudosciaena crocea JO - Mol Biol Rep VL - 33 UR - https://doi.org/10.1007/s11033-006-0015-6 DO - 10.1007/s11033-006-0015-6 ID - Xue2006 ER - TY - JOUR AU - Amores, A. AU - Suzuki, T. AU - Yan, Y. L. AU - Pomeroy, J. AU - Singer, A. AU - Amemiya, C. AU - Postlethwait, J. H. PY - 2004 DA - 2004// TI - Developmental roles of Pufferfish Hox clusters and genome evolution in ray-fin fish JO - Genome Res VL - 14 UR - https://doi.org/10.1101/gr.1717804 DO - 10.1101/gr.1717804 ID - Amores2004 ER - TY - JOUR AU - Pritchard, J. K. AU - Stephens, M. AU - Donnelly, P. PY - 2000 DA - 2000// TI - Inference of population structure using multilocus genotype data JO - Genetics VL - 155 ID - Pritchard2000 ER - TY - JOUR AU - Earl, D. A. PY - 2012 DA - 2012// TI - STRUCTURE HARVESTER: a website and program for visualizing STRUCTURE output and implementing the Evanno method JO - Conserv Genet Resour VL - 4 UR - https://doi.org/10.1007/s12686-011-9548-7 DO - 10.1007/s12686-011-9548-7 ID - Earl2012 ER - TY - JOUR AU - Jakobsson, M. AU - Rosenberg, N. A. PY - 2007 DA - 2007// TI - CLUMPP: a cluster matching and permutation program for dealing with label switching and multimodality in analysis of population structure JO - Bioinformatics VL - 23 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btm233 DO - 10.1093/bioinformatics/btm233 ID - Jakobsson2007 ER - TY - JOUR AU - Rosenberg, N. A. PY - 2004 DA - 2004// TI - DISTRUCT: a program for the graphical display of population structure JO - Mol Ecol Notes VL - 4 UR - https://doi.org/10.1046/j.1471-8286.2003.00566.x DO - 10.1046/j.1471-8286.2003.00566.x ID - Rosenberg2004 ER - TY - JOUR AU - Thompson, J. D. AU - Gibson, T. J. AU - Higgins, D. G. PY - 2002 DA - 2002// TI - Multiple Sequence Alignment Using ClustalW and ClustalX JO - Curr Protoc Bioinform VL - Chapter 2 ID - Thompson2002 ER - TY - STD TI - Cummings MP: MEGA (molecular evolutionary genetics analysis); 2004. ID - ref41 ER - TY - JOUR AU - Gao, F. AU - Lin, W. AU - Shen, J. AU - Liao, F. PY - 2016 DA - 2016// TI - Genetic diversity and molecular evolution of arabis mosaic virus based on the CP gene sequence JO - Arch Virol VL - 161 UR - https://doi.org/10.1007/s00705-015-2729-z DO - 10.1007/s00705-015-2729-z ID - Gao2016 ER - TY - JOUR AU - Yang, Z. AU - Rannala, B. PY - 2012 DA - 2012// TI - Molecular phylogenetics: principles and practice JO - Nat Rev Genet VL - 13 UR - https://doi.org/10.1038/nrg3186 DO - 10.1038/nrg3186 ID - Yang2012 ER -