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Table 1 PCR amplification bands (non-recombinant bands) in COC, BSB, IDC-F1, IDMC-F1, IDMC-F2, IDC-F2-C, and IDC-F2-M

From: Rapid genomic DNA variation in newly hybridized carp lineages derived from Cyprinus carpio (♀) × Megalobrama amblycephala (♂)

Genes Species Locus Size (bp) Exon 1 (bp) Intron (bp) Exon 2 (bp)
HoxA4a COC HoxA4ai 1177 89–500 501–970 971–1177
HoxA4aii 1182 89–500 501–975 976–1182
BSB HoxA4a-BSB 1188 89–500 501–981 982–1188
IDC-F1 HoxA4ai 1177 89–500 501–970 971–1177
HoxA4aii 1182 89–500 501–975 976–1182
HoxA4aiii 1184 89–500 501–977 978–1184
HoxA4a-1 1181 89–500 501–974 975–1181
HoxA4a-BSB 1188 89–500 501–981 982–1188
IDMC-F1 HoxA4ai 1177 89–500 501–970 971–1177
HoxA4aii 1182 89–500 501–975 976–1182
IDMC-F2 HoxA4ai 1177 89–500 501–970 971–1177
HoxA4aii 1182 89–500 501–975 976–1182
IDC-F2-C HoxA4ai 1177 89–500 501–970 971–1177
HoxA4aii 1182 89–500 501–975 976–1182
IDC-F2-M HoxA4ai 1177 89–500 501–970 971–1177
HoxA4aii 1182 89–500 501–975 976–1182
HoxA9a COC HoxA9ai 817 1–381 382–620 621–817
HoxA9aii 891 1–381 382–694 695–891
BSB HoxA9b 879 1–381 382–682 683–879
IDC-F1 HoxA9ai 817 1–381 382–620 621–817
HoxA9aii 867 1–381 382–670 671–867
IDMC-F1 HoxA9ai 817 1–381 382–620 621–817
IDMC-F2 HoxA9ai 817 1–381 382–620 621–817
IDC-F2-C HoxA9ai 817 1–381 382–620 621–817
HoxA9aii 891 1–381 382–694 695–891
IDC-F2-M HoxA9ai 817 1–381 382–620 621–817
HoxA2b COC HoxA2bi 1490 1–314 315–905 906–1490
HoxA2bii 1475 1–314 315–890 891–1475
BSB HoxA2b 1479 1–311 312–894 895–1479
IDC-F1 HoxA2bi 1490 1–314 315–905 906–1490
HoxA2bii 1475 1–314 315–890 891–1475
HoxA2biii 1486 1–314 315–901 902–1486
HoxA2b-1 1448 1–314 315–863 864–1448
IDMC-F1 HoxA2bi 1490 1–314 315–905 906–1490
HoxA2bii 1475 1–314 315–890 891–1475
IDC-F2-C HoxA2bi 1490 1–314 315–905 906–1490
HoxA2bii 1475 1–314 315–890 891–1475
IDC-F2-M HoxA2bi 1490 1–314 315–905 906–1490
HoxA2bii 1475 1–314 315–890 891–1475
IDMC-F2 HoxA2bi 1490 1–314 315–905 906–1490
HoxA2bii 1475 1–314 315–890 891–1475
HoxA11b COC HoxA11bi 1440 3–590 591–1342 1343–1440
BSB HoxA11b-BSB 1703 3–602 603–1605 1606–1703
IDC-F1 HoxA11bi 1440 3–590 591–1342 1343–1440
HoxA11bii 1401 3–590 591–1303 1304–1401
IDMC-F1 HoxA11bi 1439 3–590 591–1342 1343–1439
IDMC-F2 HoxA11bi 1439 3–590 591–1342 1343–1439
IDC-F2-C HoxA11bi 1440 3–590 591–1342 1343–1440
IDC-F2-M HoxA11bi 1440 3–590 591–1342 1343–1440
HoxB1a COC HoxB1aiψ 1510
HoxB1aii 1526 1–462 463–1250 1251–1526
BSB HoxB1a 1522 1–459 460–1246 1247–1522
IDC-F1 HoxB1aiψ 1510
HoxB1aiii 1484 1–450 451–1208 1209–1484
IDMC-F1 HoxB1aiψ 1510
HoxB1aii 1525 1–462 463–1249 1250–1525
IDMC-F2 HoxB1aiψ 1510
IDC-F2-C HoxB1aiψ 1510
IDC-F2-M HoxB1aiψ 1510
HoxB4aψ COC HoxB4aiψ 1631
BSB HoxB4aψ 1617
IDC-F1 HoxB4aiψ 1630
HoxB4aiiψ 1613
IDMC-F1 HoxB4aiψ 1630
IDMC-F2 HoxB4aiψ 1630
IDC-F2-C HoxB4aiψ 1630
IDC-F2-M HoxB4aiψ 1630
HoxB1b COC HoxB1bi 731 1–477 478–565 566–731
BSB HoxB1b-BSB 751 1–477 478–585 586–751
IDC-F1 HoxB1bi 731 1–477 478–565 566–731
HoxB1bii 733 1–477 478–567 568–733
HoxB1b-BSB 751 1–477 478–585 586–751
IDMC-F1 HoxB1bi 731 1–477 478–565 566–731
IDMC-F2 HoxB1bi 731 1–477 478–565 566–731
IDC-F2-C HoxB1bi 731 1–477 478–565 566–731
IDC-F2-M HoxB1bi 731 1–477 478–565 566–731
HoxB5b COC HoxB5bi 1191 1–561 562–985 986–1191
HoxB5bii 1190 1–564 565–984 985–1190
BSB HoxB5b-BSB 1227 1–564 565–1021 1022–1227
IDC-F1 HoxB5bi 1191 1–561 562–985 986–1191
HoxB5bii 1190 1–564 565–984 985–1190
HoxB5biii 1196 1–561 562–990 991–1196
HoxB5b-BSB 1226 1–564 565–1020 1021–1226
IDMC-F1 HoxB5bi 1191 1–561 562–985 986–1191
HoxB5bii 1190 1–564 565–984 985–1190
IDMC-F2 HoxB5bi 1191 1–561 562–985 986–1191
IDC-F2-C HoxB5bi 1190 1–561 562–984 985–1190
HoxB5bii 1190 1–564 565–984 985–1190
IDC-F2-M HoxB5bi 1190 1–561 562–984 985–1190
HoxB5bii 1190 1–564 565–984 985–1190
HoxC4a COC HoxC4ai 1169 1–410 411–928 929–1169
HoxC4aii 1176 1–410 411–935 936–1176
BSB HoxC4a 1125 1–410 411–933 934–1125
IDC-F1 HoxC4ai 1169 1–410 411–928 929–1169
HoxC4aii 1176 1–410 411–935 936–1176
HoxC4aiii 1173 1–410 411–932 933–1173
HoxC4a-1 1179 1–410 411–938 939–1179
IDMC-F1 HoxC4ai 1169 1–410 411–928 929–1169
HoxC4aii 1176 1–410 411–935 936–1176
IDMC-F2 HoxC4ai 1168 1–410 411–928 929–1168
HoxC4aii 1174 1–410 411–934 935–1174
IDC-F2-C HoxC4ai 1169 1–410 411–928 929–1169
HoxC4aii 1176 1–410 411–935 936–1176
IDC-F2-M HoxC4ai 1169 1–410 411–928 929–1169
HoxC4aii 1175 1–410 411–934 935–1175
HoxC6b COC HoxC6bi 942 2–392 393–763 764–942
BSB HoxC6b-BSB 922 2–392 393–737 738–922
IDC-F1 HoxC6bi 949 2–392 393–763 764–949
HoxC6bii 964 2–392 393–778 779–964
HoxC6b-BSB 923 2–392 393–737 738–923
IDMC-F1 HoxC6bi 949 2–392 393–763 764–949
IDMC-F2 HoxC6bi 949 2–392 393–763 764–949
IDC-F2-C HoxC6bi 949 2–392 393–763 764–949
IDC-F2-M HoxC6bi 949 2–392 393–763 764–949
HoxD4a COC HoxD4ai 942 1–315 316–717 718–942
HoxD4aii 944 1–315 316–719 720–944
BSB HoxD4a-BSB 911 1–306 307–686 687–911
IDC-F1 HoxD4ai 942 1–315 316–717 718–942
HoxD4aii 944 1–315 316–719 720–944
HoxD4aiii 952 1–315 316–727 728–952
HoxD4a-1 937 1–315 316–712 713–937
HoxD4a-2 960 1–315 316–735 736–960
HoxD4a-BSB 911 1–306 307–686 687–911
IDMC-F1 HoxD4ai 942 1–315 316–717 718–942
HoxD4aii 944 1–315 316–719 720–944
IDMC-F2 HoxD4ai 942 1–315 316–717 718–942
HoxD4aii 944 1–315 316–719 720–944
IDC-F2-C HoxD4ai 942 1–315 316–717 718–942
HoxD4aii 944 1–315 316–719 720–944
IDC-F2-M HoxD4ai 942 1–315 316–717 718–942
HoxD4aii 944 1–315 316–719 720–944
HoxD10a COC HoxD10ai 1551 1–589 590–1321 1322–1551
HoxD10aii 1546 1–592 593–1316 1317–1546
BSB HoxD10a-BSB 1574 1–592 593–1344 1345–1574
IDC-F1 HoxD10ai 1554 1–589 590–1324 1325–1554
HoxD10aii 1546 1–592 593–1316 1317–1546
HoxD10aiii 1495 1–592 593–1265 1266–1495
HoxD10a-1 1480 1–592 593–1250 1251–1480
HoxD10a-BSB 1574 1–592 593–1344 1345–1574
IDMC-F1 HoxD10ai 1554 1–589 590–1324 1325–1554
HoxD10aii 1546 1–592 593–1316 1317–1546
IDMC-F2 HoxD10ai 1554 1–589 590–1324 1325–1554
HoxD10aii 1546 1–592 593–1316 1317–1546
IDC-F2-C HoxD10ai 1554 1–589 590–1324 1325–1554
HoxD10aii 1546 1–592 593–1316 1317–1546
IDC-F2-M HoxD10ai 1554 1–589 590–1324 1325–1554
HoxD10aii 1544 1–592 593–1314 1315–1544
  1. Ψdenotes a pseudogene