Table 1 Computational deletion analysis of SSR motifs in pre-miRNAs of A.thaliana identifies potential role for SSRs in shaping SRE elements
| Sl.no. | miRNA_Acc | SSR motif | ESE* | ESS* | ISE* | ISS* | ESE | ESS | ISE | ISS |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | ath-miR156a | ag | no ISE | ag-ISE | ||||||
| 2 | ath-miR156b | ct | no-ISS | ct | ||||||
| 3 | ath-miR156d | ct | no-ISS | ct | ||||||
| 4 | ath-miR156e | ag | no-ISE | ag-ISE-ca | ||||||
| ct | no-ISS | ct | ||||||||
| 5 | ath-miR156f | ag | no-ISE | ag-ISE-ca | ||||||
| ct | no-ISS | ct | ||||||||
| 6 | ath-miR156g | ag | no ISE | ag-ISE-ca | ||||||
| ct | no-ISS | ct | ||||||||
| ct | no-ISS | ct | ||||||||
| 7 | ath-miR156h | ct | no-ISS | ct | ||||||
| 8 | ath-miR156j | ag | no ESE | ESE-ag | ||||||
| ct | no-ISS | ct | ||||||||
| 9 | ath-miR157a | ct | no-ISS | ct | ||||||
| 10 | ath-miR157b | ag | no ESE | ag-ESE | ||||||
| ct | ISE (gtgagac) | no -ISS | ct | |||||||
| 11 | ath-miR157c | at | no-ESE | ESE-at | ||||||
| ct | no-ISS | ct | ||||||||
| 12 | ath-miR157d | ct | no ISS | ct | ||||||
| 13 | ath-miR159b | ct | no ISS | ct | ||||||
| 14 | ath-miR159c | ttc | no-ESS | ttc | ||||||
| 15 | ath-miR163 | ct | no-ISS | ct | ||||||
| 16 | ath-miR164b | ta | no-ESE | ta-ESE | ||||||
| 17 | ath-miR165b | at | no-ESE | at-ESE | ||||||
| 18 | ath-miR167c | ct | no-ISE | ISE-ct | ||||||
| 19 | ath-miR167d | ca | no-ESE | ca-ESE | ||||||
| at | no-ISE | at-ISE | ||||||||
| 20 | ath-miR169b | ct | no-ISS | ct | ||||||
| tct | no-ISS | tct | ||||||||
| 21 | ath-miR169j | ag | no-ESE | ag | ||||||
| 22 | ath-miR169l | ag | no-ESE | ag | ||||||
| 23 | ath-miR169m | tc | no-ISS | tc | ||||||
| 24 | ath-miR169n | ag | no-ESE | ag | ||||||
| 25 | ath-miR170 | ct | no-ISS | ct | ||||||
| 26 | ath-miR171a | ca | no-ESE | ca | ||||||
| tc | no-ISS | tc | ||||||||
| ct | no-ISS | ct | ||||||||
| 27 | ath-miR173 | ag | no-ESE | ag | ||||||
| 28 | ath-miR390b | ctt | no-ESS | ctt | ||||||
| 29 | ath-miR391 | ga | no-ESE | ga-ESE | ||||||
| tc | no-ISS | tc | ||||||||
| ta | no-ESE | ta-ESE | ||||||||
| 30 | ath-miR394a | at | no-ISE | AT-ISE | ||||||
| ta | no-ISE | at-ISE-ta | ||||||||
| 31 | ath-miR394b | ct | no-ISS | ct | ||||||
| 32 | ath-miR398b | ac | no-ESE | ac | ||||||
| 33 | ath-miR398c | ac | no-ESE | ac | ||||||
| 34 | ath-miR399b | at | no-ESE | ESE-at | ||||||
| 35 | ath-miR399f | ct | no-ISS | ct | ||||||
| 36 | ath-miR408 | ga | no-ESE | ga-ESE | ||||||
| tc | no-ISS | tc | ||||||||
| 37 | ath-miR773b | ct | no-ISS | ct | ||||||
| 38 | ath-miR777 | ta | no-ISE | ta | ||||||
| 39 | ath-miR781b | ct | no-ISS | ct | ||||||
| 40 | ath-miR822 | aat | no-ISE | aat | ||||||
| 41 | ath-miR824 | ct | no-ISS | ct | ||||||
| 42 | ath-miR827 | ct |
ISE (ttcttttg) | no-ISS | tatt | ct | ||||
| 43 | ath-miR838 | tct |
ESS (tatttatta) | tct | ||||||
| 44 | ath-miR847 | tct | no ESS | tct | ||||||
| 45 | ath-miR855 | ta |
ISE (ttctttta) | ISE-ta | ||||||
| 46 | ath-miR857 | tg |
ESS (tagacat) | tg | ||||||
| 47 | ath-miR858a | tc | no ISS | tc | ||||||
| 48 | ath-miR858b | at | no ESE | at | ||||||
| 49 | ath-miR859 | tc | no ISS | tc | ||||||
| 50 | ath-miR862 | tg | no ESE | tg-ESE | ||||||
| 51 | ath-miR863 | tatt | no ESS | tatt | ||||||
| 52 | ath-miR1886.1 | ga | no ISE | ga | ||||||
| 53 | ath-miR2111b | gaa |
ESE (ggataca) | gaa | ||||||
| tga |
ESE (ggataca) | tga-ESE | ||||||||
| 54 | ath-miR2936 | ga |
ESE (aagaagct) | ga-ESE | ||||||
| tc | no ISS | tc | ||||||||
| tc | no ISS | tc | ||||||||
| gcg |
ESE (aagaagct) | gcg | ||||||||
| 55 | ath-miR2937 | gt | no ESE | gt-ESE | ||||||
| 56 | ath-miR3434 | tc | no ISS | tc | ||||||
| 57 | ath-miR4240 | at | no ISE | ISE-at | ||||||
| 58 | ath-miR5025 | at | no ESE | at | ||||||
| 59 | ath-miR5027 | tg | no ISE | tg | ||||||
| 60 | ath-miR5029 | ga | no ESE | ga-ESE | ||||||
| tc | no ISS | tc | ||||||||
| atg | no ESE | atg-ESE | ||||||||
| 61 | ath-miR5634 | tc | no ISS | tc | ||||||
| 62 | ath-miR5638a | ct | no ISS | ct | ||||||
| ac | no ISS | ac-ISS | ||||||||
| 63 | ath-miR5638b | ga | no ESS | ga-ESS | ||||||
| ct | no ISS | ct | ||||||||
| ac | no ISS | ac-ISS | ||||||||
| ct | no ISS | ct | ||||||||
| 64 | ath-miR5640 | ga | no ESE | ga-ESE | ||||||
| ct | no ISS | ct | ||||||||
| 65 | ath-miR5641 | tct | no ESS | tct | ||||||
| 66 | ath-miR5647 | ct | no ISS | ct | ||||||
| ct | no ISS | ct | ||||||||
| ct | no ISS | ct | ||||||||
| 67 | ath-miR5648 | ta |
ESE (gaagaaa) | ESE-ta | ||||||
| 68 | ath-MIR5651 | at | no ESE | at-ESE | ||||||
| at | no ESE | ESE-at | ||||||||
| 69 | ath-miR5652 | ga | no ESE | ga-ESE | ||||||
| 70 | ath-miR5653 | gttga | no ESS | ESS-gttga | ||||||
| 71 | ath-miR5655 | ag |
ESE (gatgaca) | ag | ||||||
| ga |
ESE (gatgaca) | ga | ||||||||
| ag |
ESE (gatgaca) | ag | ||||||||
| tc |
ESE (gatgaca) | tc | ||||||||
| tgg | ISE | ISE-tgg | ||||||||
| gga |
ESE (gatgaca) | gga | ||||||||
| cca |
ESE (gatgaca) | cca | ||||||||
| 72 | ath-miR5656 | tc | no ISS | tc | ||||||
| 73 | ath-miR5658 | ctt | no ISE | ctt | ||||||
| agg | no ISS | ISS-agg | ||||||||
| 74 | ath-miR5665 | tat | no ISS | ISS-tat | ||||||
| 75 | ath-miR5997 | agg | no ESE | agg | ||||||
| 76 | ath-miR8166 | ga | no ESE | ga | ||||||
| 77 | ath-MIR8176 | tc | no ISS | tc | ||||||
| 78 | ath-miR8177 | ga | no ESE | ga | ||||||
| 79 | ath-miR8182 | ct | no ISS | ct |
