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Table 1 Computational deletion analysis of SSR motifs in pre-miRNAs of A.thaliana identifies potential role for SSRs in shaping SRE elements

From: A deeper view into the significance of simple sequence repeats in pre-miRNAs provides clues for its possible roles in determining the function of microRNAs

Sl.no.

miRNA_Acc

SSR motif

ESE*

ESS*

ISE*

ISS*

ESE

ESS

ISE

ISS

1

ath-miR156a

ag

  

no ISE

   

ag-ISE

 

2

ath-miR156b

ct

   

no-ISS

   

ct

3

ath-miR156d

ct

   

no-ISS

   

ct

4

ath-miR156e

ag

  

no-ISE

   

ag-ISE-ca

 

ct

   

no-ISS

   

ct

5

ath-miR156f

ag

  

no-ISE

   

ag-ISE-ca

 

ct

   

no-ISS

   

ct

6

ath-miR156g

ag

  

no ISE

   

ag-ISE-ca

 

ct

   

no-ISS

   

ct

ct

   

no-ISS

   

ct

7

ath-miR156h

ct

   

no-ISS

   

ct

8

ath-miR156j

ag

no ESE

   

ESE-ag

   

ct

   

no-ISS

   

ct

9

ath-miR157a

ct

   

no-ISS

   

ct

10

ath-miR157b

ag

no ESE

   

ag-ESE

   

ct

  

ISE (gtgagac)

no -ISS

   

ct

11

ath-miR157c

at

no-ESE

   

ESE-at

   

ct

   

no-ISS

   

ct

12

ath-miR157d

ct

   

no ISS

   

ct

13

ath-miR159b

ct

   

no ISS

   

ct

14

ath-miR159c

ttc

 

no-ESS

   

ttc

  

15

ath-miR163

ct

   

no-ISS

   

ct

16

ath-miR164b

ta

no-ESE

   

ta-ESE

   

17

ath-miR165b

at

no-ESE

   

at-ESE

   

18

ath-miR167c

ct

  

no-ISE

   

ISE-ct

 

19

ath-miR167d

ca

no-ESE

   

ca-ESE

   

at

  

no-ISE

   

at-ISE

 

20

ath-miR169b

ct

   

no-ISS

   

ct

  

tct

   

no-ISS

   

tct

21

ath-miR169j

ag

no-ESE

   

ag

   

22

ath-miR169l

ag

no-ESE

   

ag

   

23

ath-miR169m

tc

   

no-ISS

   

tc

24

ath-miR169n

ag

no-ESE

   

ag

   

25

ath-miR170

ct

   

no-ISS

   

ct

26

ath-miR171a

ca

no-ESE

   

ca

   

tc

   

no-ISS

   

tc

ct

   

no-ISS

   

ct

27

ath-miR173

ag

no-ESE

   

ag

   

28

ath-miR390b

ctt

 

no-ESS

  

ctt

   

29

ath-miR391

ga

no-ESE

   

ga-ESE

   

tc

   

no-ISS

   

tc

ta

no-ESE

   

ta-ESE

   

30

ath-miR394a

at

  

no-ISE

   

AT-ISE

 

ta

  

no-ISE

   

at-ISE-ta

 

31

ath-miR394b

ct

   

no-ISS

   

ct

32

ath-miR398b

ac

no-ESE

   

ac

   

33

ath-miR398c

ac

no-ESE

   

ac

   

34

ath-miR399b

at

no-ESE

   

ESE-at

   

35

ath-miR399f

ct

   

no-ISS

   

ct

36

ath-miR408

ga

no-ESE

   

ga-ESE

   

tc

   

no-ISS

   

tc

37

ath-miR773b

ct

   

no-ISS

   

ct

38

ath-miR777

ta

  

no-ISE

   

ta

 

39

ath-miR781b

ct

   

no-ISS

   

ct

40

ath-miR822

aat

  

no-ISE

   

aat

 

41

ath-miR824

ct

   

no-ISS

   

ct

42

ath-miR827

ct

  

ISE

(ttcttttg)

no-ISS

 

tatt

 

ct

43

ath-miR838

tct

 

ESS

(tatttatta)

   

tct

  

44

ath-miR847

tct

 

no ESS

   

tct

  

45

ath-miR855

ta

  

ISE

(ttctttta)

   

ISE-ta

 

46

ath-miR857

tg

 

ESS

(tagacat)

   

tg

  

47

ath-miR858a

tc

   

no ISS

   

tc

48

ath-miR858b

at

no ESE

   

at

   

49

ath-miR859

tc

   

no ISS

   

tc

50

ath-miR862

tg

no ESE

   

tg-ESE

   

51

ath-miR863

tatt

 

no ESS

   

tatt

  

52

ath-miR1886.1

ga

  

no ISE

   

ga

 

53

ath-miR2111b

gaa

ESE

(ggataca)

   

gaa

   

tga

ESE

(ggataca)

   

tga-ESE

   

54

ath-miR2936

ga

ESE

(aagaagct)

   

ga-ESE

   

tc

   

no ISS

   

tc

tc

   

no ISS

   

tc

gcg

ESE

(aagaagct)

   

gcg

   

55

ath-miR2937

gt

no ESE

   

gt-ESE

   

56

ath-miR3434

tc

   

no ISS

   

tc

57

ath-miR4240

at

  

no ISE

   

ISE-at

 

58

ath-miR5025

at

no ESE

   

at

   

59

ath-miR5027

tg

  

no ISE

   

tg

 

60

ath-miR5029

ga

no ESE

   

ga-ESE

   

tc

   

no ISS

   

tc

atg

no ESE

   

atg-ESE

   

61

ath-miR5634

tc

   

no ISS

   

tc

62

ath-miR5638a

ct

   

no ISS

   

ct

ac

   

no ISS

   

ac-ISS

63

ath-miR5638b

ga

 

no ESS

   

ga-ESS

  

ct

   

no ISS

   

ct

  

ac

   

no ISS

   

ac-ISS

  

ct

   

no ISS

   

ct

64

ath-miR5640

ga

no ESE

   

ga-ESE

   
  

ct

   

no ISS

   

ct

65

ath-miR5641

tct

 

no ESS

   

tct

  

66

ath-miR5647

ct

   

no ISS

   

ct

  

ct

   

no ISS

   

ct

  

ct

   

no ISS

   

ct

67

ath-miR5648

ta

ESE

(gaagaaa)

   

ESE-ta

   

68

ath-MIR5651

at

no ESE

   

at-ESE

   
  

at

no ESE

   

ESE-at

   

69

ath-miR5652

ga

no ESE

   

ga-ESE

   

70

ath-miR5653

gttga

 

no ESS

   

ESS-gttga

  

71

ath-miR5655

ag

ESE

(gatgaca)

   

ag

   
  

ga

ESE

(gatgaca)

   

ga

   
  

ag

ESE

(gatgaca)

   

ag

   
  

tc

ESE

(gatgaca)

   

tc

   
  

tgg

  

ISE

   

ISE-tgg

 
  

gga

ESE

(gatgaca)

   

gga

   
  

cca

ESE

(gatgaca)

   

cca

   

72

ath-miR5656

tc

   

no ISS

   

tc

73

ath-miR5658

ctt

  

no ISE

   

ctt

 
  

agg

   

no ISS

   

ISS-agg

74

ath-miR5665

tat

   

no ISS

   

ISS-tat

75

ath-miR5997

agg

no ESE

   

agg

   

76

ath-miR8166

ga

no ESE

   

ga

   

77

ath-MIR8176

tc

   

no ISS

   

tc

78

ath-miR8177

ga

no ESE

   

ga

   

79

ath-miR8182

ct

   

no ISS

   

ct

  1. Note: The SSR bearing pre-miRNA and the SSR deleted pre-miRNA (*) shows difference in the detection of SREs like ESE, ESS, ISE and ISS