Skip to main content

Table 1 Computational deletion analysis of SSR motifs in pre-miRNAs of A.thaliana identifies potential role for SSRs in shaping SRE elements

From: A deeper view into the significance of simple sequence repeats in pre-miRNAs provides clues for its possible roles in determining the function of microRNAs

Sl.no. miRNA_Acc SSR motif ESE* ESS* ISE* ISS* ESE ESS ISE ISS
1 ath-miR156a ag    no ISE     ag-ISE  
2 ath-miR156b ct     no-ISS     ct
3 ath-miR156d ct     no-ISS     ct
4 ath-miR156e ag    no-ISE     ag-ISE-ca  
ct     no-ISS     ct
5 ath-miR156f ag    no-ISE     ag-ISE-ca  
ct     no-ISS     ct
6 ath-miR156g ag    no ISE     ag-ISE-ca  
ct     no-ISS     ct
ct     no-ISS     ct
7 ath-miR156h ct     no-ISS     ct
8 ath-miR156j ag no ESE     ESE-ag    
ct     no-ISS     ct
9 ath-miR157a ct     no-ISS     ct
10 ath-miR157b ag no ESE     ag-ESE    
ct    ISE (gtgagac) no -ISS     ct
11 ath-miR157c at no-ESE     ESE-at    
ct     no-ISS     ct
12 ath-miR157d ct     no ISS     ct
13 ath-miR159b ct     no ISS     ct
14 ath-miR159c ttc   no-ESS     ttc   
15 ath-miR163 ct     no-ISS     ct
16 ath-miR164b ta no-ESE     ta-ESE    
17 ath-miR165b at no-ESE     at-ESE    
18 ath-miR167c ct    no-ISE     ISE-ct  
19 ath-miR167d ca no-ESE     ca-ESE    
at    no-ISE     at-ISE  
20 ath-miR169b ct     no-ISS     ct
   tct     no-ISS     tct
21 ath-miR169j ag no-ESE     ag    
22 ath-miR169l ag no-ESE     ag    
23 ath-miR169m tc     no-ISS     tc
24 ath-miR169n ag no-ESE     ag    
25 ath-miR170 ct     no-ISS     ct
26 ath-miR171a ca no-ESE     ca    
tc     no-ISS     tc
ct     no-ISS     ct
27 ath-miR173 ag no-ESE     ag    
28 ath-miR390b ctt   no-ESS    ctt    
29 ath-miR391 ga no-ESE     ga-ESE    
tc     no-ISS     tc
ta no-ESE     ta-ESE    
30 ath-miR394a at    no-ISE     AT-ISE  
ta    no-ISE     at-ISE-ta  
31 ath-miR394b ct     no-ISS     ct
32 ath-miR398b ac no-ESE     ac    
33 ath-miR398c ac no-ESE     ac    
34 ath-miR399b at no-ESE     ESE-at    
35 ath-miR399f ct     no-ISS     ct
36 ath-miR408 ga no-ESE     ga-ESE    
tc     no-ISS     tc
37 ath-miR773b ct     no-ISS     ct
38 ath-miR777 ta    no-ISE     ta  
39 ath-miR781b ct     no-ISS     ct
40 ath-miR822 aat    no-ISE     aat  
41 ath-miR824 ct     no-ISS     ct
42 ath-miR827 ct    ISE
(ttcttttg)
no-ISS   tatt   ct
43 ath-miR838 tct   ESS
(tatttatta)
    tct   
44 ath-miR847 tct   no ESS     tct   
45 ath-miR855 ta    ISE
(ttctttta)
    ISE-ta  
46 ath-miR857 tg   ESS
(tagacat)
    tg   
47 ath-miR858a tc     no ISS     tc
48 ath-miR858b at no ESE     at    
49 ath-miR859 tc     no ISS     tc
50 ath-miR862 tg no ESE     tg-ESE    
51 ath-miR863 tatt   no ESS     tatt   
52 ath-miR1886.1 ga    no ISE     ga  
53 ath-miR2111b gaa ESE
(ggataca)
    gaa    
tga ESE
(ggataca)
    tga-ESE    
54 ath-miR2936 ga ESE
(aagaagct)
    ga-ESE    
tc     no ISS     tc
tc     no ISS     tc
gcg ESE
(aagaagct)
    gcg    
55 ath-miR2937 gt no ESE     gt-ESE    
56 ath-miR3434 tc     no ISS     tc
57 ath-miR4240 at    no ISE     ISE-at  
58 ath-miR5025 at no ESE     at    
59 ath-miR5027 tg    no ISE     tg  
60 ath-miR5029 ga no ESE     ga-ESE    
tc     no ISS     tc
atg no ESE     atg-ESE    
61 ath-miR5634 tc     no ISS     tc
62 ath-miR5638a ct     no ISS     ct
ac     no ISS     ac-ISS
63 ath-miR5638b ga   no ESS     ga-ESS   
ct     no ISS     ct
   ac     no ISS     ac-ISS
   ct     no ISS     ct
64 ath-miR5640 ga no ESE     ga-ESE    
   ct     no ISS     ct
65 ath-miR5641 tct   no ESS     tct   
66 ath-miR5647 ct     no ISS     ct
   ct     no ISS     ct
   ct     no ISS     ct
67 ath-miR5648 ta ESE
(gaagaaa)
    ESE-ta    
68 ath-MIR5651 at no ESE     at-ESE    
   at no ESE     ESE-at    
69 ath-miR5652 ga no ESE     ga-ESE    
70 ath-miR5653 gttga   no ESS     ESS-gttga   
71 ath-miR5655 ag ESE
(gatgaca)
    ag    
   ga ESE
(gatgaca)
    ga    
   ag ESE
(gatgaca)
    ag    
   tc ESE
(gatgaca)
    tc    
   tgg    ISE     ISE-tgg  
   gga ESE
(gatgaca)
    gga    
   cca ESE
(gatgaca)
    cca    
72 ath-miR5656 tc     no ISS     tc
73 ath-miR5658 ctt    no ISE     ctt  
   agg     no ISS     ISS-agg
74 ath-miR5665 tat     no ISS     ISS-tat
75 ath-miR5997 agg no ESE     agg    
76 ath-miR8166 ga no ESE     ga    
77 ath-MIR8176 tc     no ISS     tc
78 ath-miR8177 ga no ESE     ga    
79 ath-miR8182 ct     no ISS     ct
  1. Note: The SSR bearing pre-miRNA and the SSR deleted pre-miRNA (*) shows difference in the detection of SREs like ESE, ESS, ISE and ISS