From: Molecular characterization of MHC class IIB genes of sympatric Neotropical cichlids
Samples | AM05 | AM06 | AH65 | AL11 | AL64 | AQ72 | 27D3 | 25D8 | 27G4 | 25A2 | 25D1 | 25B2 | 27E7 | Total Sequences | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Template Allele | gDNA | gDNA | gDNA | gDNA | gDNA | gDNA | gDNA | cDNA | gDNA | cDNA | cDNA | gDNA | cDNA | gDNA | cDNA | gDNA | cDNA | gDNA | cDNA | |
Amci-DXB*000101 | 12 | 13 | 69 | 3 | Â | 21 | 46 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 164 |
Amci-DXB*000102 | 71 | 10 | 49 | Â | 13 | 77 | 4 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 224 |
Amci-DXB*000103 | 1 | Â | Â | Â | Â | 1 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 2 |
Amci-DXB*000104 | 1 | Â | Â | 1 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 2 |
Amci-DXB*000105 | 1 | Â | 1 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 2 |
Amci-DXB*000106 | Â | 1 | Â | Â | Â | 2 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 3 |
Amci-DXB*000107 | Â | Â | 1 | Â | Â | 1 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 2 |
Amci-DXB*000108 | Â | Â | 1 | Â | Â | 1 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 2 |
Amci-DXB*0002 | 1 | Â | Â | Â | 1 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 2 |
Amci-DXB*0003 | 1 | Â | 1 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 1 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 3 |
Amci-DXB*0004 | Â | Â | 1 | 1 | Â | 1 | 13 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 16 |
Amci-DXB*0005 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 2 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 2 |
Amci-DXB*0006 | Â | Â | 2 | Â | Â | 1 | 2 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 5 |
Amci-DXB*0007 | 1 | Â | Â | Â | 1 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 2 |
Amci-DXB*0008 | 2 | 1 | Â | Â | 1 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 4 |
Amci-DXB*0009 | Â | Â | 1 | Â | Â | 1 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 2 |
Amci-DXB*0010 | Â | Â | Â | 1 | Â | 1 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 2 |
Amci-DXB*0011 | Â | 1 | 1 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 2 |
Amci-DXB*0012 | Â | Â | 1 | Â | Â | 1 | 1 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 3 |
Amci-DXB*0013 | Â | Â | 1 | 1 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 2 |
Amci-DXB*0101 | Â | Â | 2 | 2 | Â | 3 | 1 | Â | 2 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 10 |
Amci-DXB*0102 | 5 | Â | 2 | 2 | 1 | 9 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 19 |
Amci-DXB*0201 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 39 | Â | Â | Â | Â | 1 | Â | Â | Â | 4 | Â | Â | Â | 44 |
Amci-DXB*0202 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 17 | Â | Â | Â | Â | 14 | Â | Â | Â | 26 | 1 | Â | Â | 58 |
Amci-DXB*0203 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 6 | Â | Â | 6 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 12 |
Amci-DXB*03 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 26 | Â | Â | Â | 1 | Â | Â | Â | 27 |
Amci-DXB*040101 | 9 | 1 | 4 | Â | 2 | 13 | 7 | Â | 4 | Â | Â | 9 | Â | Â | Â | 10 | Â | 2 | Â | 61 |
Amci-DXB*040102 | 5 | 1 | 5 | 3 | 1 | Â | Â | Â | Â | Â | 17 | Â | Â | Â | 3 | Â | 8 | Â | Â | 43 |
Amci-DXB*040103 | 1 | Â | Â | Â | Â | 1 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 2 |
Amci-DXB*0402 | 1 | Â | Â | Â | Â | 1 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 2 |
Amci-DXB*040301 | Â | Â | Â | 3 | 2 | 1 | Â | 1 | Â | 25 | Â | Â | Â | Â | 3 | Â | 7 | Â | Â | 42 |
Amci-DXB*040302 | Â | Â | 1 | Â | Â | 1 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 2 |
Amci-DXB*040303 | 2 | Â | Â | Â | Â | 16 | 13 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 31 |
Amci-DXB*040304 | Â | Â | Â | 3 | 8 | Â | 18 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 29 |
Amci-DXB*040305 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 4 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 4 |
Amci-DXB*0404 | 2 | Â | Â | Â | Â | 1 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 3 |
Amci-DXB*0405 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 3 | 26 | Â | Â | Â | 1 | Â | Â | 16 | Â | 20 | Â | Â | 66 |
Amci-DXB*0406 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 1 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 1 | Â | Â | Â | Â | 2 |
Amci-DXB*05 | Â | Â | 1 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 1 |
Amci-DXB*060101 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 1 | Â | Â | Â | Â | 43 | 1 | 31 | 2 | 42 | Â | 16 | 136 |
Amci-DXB*060102 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 1 | Â | 1 | Â | Â | Â | Â | 2 |
Amci-DXB*0602 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 1 | Â | 6 | Â | Â | Â | Â | 7 |
Amci-DXB*0603 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 5 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 3 | 8 |
Amci-DXB*0604 | Â | 1 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 1 | Â | Â | Â | 16 | 18 |
Amci-DXB*07 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 2 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 2 |
Amci-DXB*08 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 1 | 40 | Â | Â | Â | Â | 41 |
Amci-DXB*09 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 50 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 9 | 59 |
Amci-DXB*1001 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 1 | Â | Â | Â | 25 | 26 |
Amci-DXB*1002 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 1 | Â | Â | Â | Â | 1 |
Amci-DXB*110101 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 31 | 42 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 73 |
Amci-DXB*110102 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 2 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 2 |
Amci-DXB*1102 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 8 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 8 |
Amci-DXB*12 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 1 | Â | Â | Â | Â | 19 | Â | Â | Â | Â | 20 |
Amci-DXB*13 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 1 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 1 |
Amci-DXB*14 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 38 | 38 |
Amci-DXB*15 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 16 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 16 |
Amci-DXB*16 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 4 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 34 | Â | Â | Â | Â | 38 |
Amci-DXB*17 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 4 | 18 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 22 |
Amci-DXB*18 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 17 | 44 | Â | Â | 23 | 50 | Â | Â | 134 |
Amci-DXB*19 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 9 | Â | Â | 9 |
Amci-DXB*20 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 2 | 2 |
Amci-DXB*21 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 2 | Â | Â | Â | Â | 2 |
Amci-DXB*2201 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 2 | 23 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 25 |
Amci-DXB*2202 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 2 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 2 |
Amci-DXB*23 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 2 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 2 |
Amci-DXB*2401 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 13 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 13 |
Amci-DXB*25 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 1 | Â | Â | Â | 3 | Â | Â | Â | 4 |
Amci-DXB*26 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 6 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 6 |
Amci-DXB*27 | 2 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | 2 |
Total sequences | 118 | 29 | 144 | 20 | 30 | 154 | 207 | 139 | 12 | 103 | 18 | 80 | 91 | 2 | 159 | 69 | 137 | 2 | 109 | 1623 |
Total Alleles | 17 | 8 | 18 | 10 | 9 | 20 | 25 | 9 | 2 | 14 | 14 | 11 | 8 | 69 |