Genome-wide association and genomic prediction of breeding values for fatty acid composition in subcutaneous adipose and longissimus lumborum muscle of beef cattle

Chen, Liuhong; Ekine-Dzivenu, Chinyere; Vinsky, Michael; Basarab, John; Aalhus, Jennifer; Dugan, Mike E. R.; Fitzsimmons, Carolyn; Stothard, Paul; Li, Changxi

doi:10.1186/s12863-015-0290-0

Table 2 Realised accuracy (±SE) of breeding value prediction for fatty acid traits in the subcutaneous adipose and longissimus lumborum musle

From: Genome-wide association and genomic prediction of breeding values for fatty acid composition in subcutaneous adipose and longissimus lumborum muscle of beef cattle

	Subcutaneous adipose			Longissimus lumborum
Trait^a	PBLUP	GBLUP	BayesCπ	PBLUP	GBLUP	BayesCπ
10:0	0.32 ± 0.05	0.37 ± 0.05	0.45 ± 0.05	0.27 ± 0.05	0.37 ± 0.07	0.53 ± 0.06
12:0	0.26 ± 0.04	0.42 ± 0.03	0.58 ± 0.02	0.23 ± 0.03	0.31 ± 0.06	0.53 ± 0.04
13:0	0.06 ± 0.06	0.35 ± 0.04	0.34 ± 0.04	−0.05 ± 0.06	0.31 ± 0.07	0.32 ± 0.07
14:0	0.34 ± 0.04	0.39 ± 0.05	0.61 ± 0.04	0.27 ± 0.04	0.45 ± 0.06	0.73 ± 0.04
15:0	0.38 ± 0.06	0.55 ± 0.06	0.62 ± 0.06	0.26 ± 0.06	0.57 ± 0.08	0.69 ± 0.08
16:0	0.34 ± 0.05	0.28 ± 0.05	0.31 ± 0.05	0.23 ± 0.03	0.36 ± 0.05	0.50 ± 0.05
17:0	0.30 ± 0.05	0.33 ± 0.05	0.34 ± 0.05	0.29 ± 0.05	0.40 ± 0.04	0.46 ± 0.04
18:0	0.15 ± 0.05	0.29 ± 0.06	0.29 ± 0.07	0.24 ± 0.05	0.35 ± 0.05	0.38 ± 0.04
19:0	0.33 ± 0.10	0.40 ± 0.09	0.40 ± 0.10	0.18 ± 0.11	0.18 ± 0.13	0.18 ± 0.13
20:0	0.05 ± 0.06	0.22 ± 0.08	0.21 ± 0.08	0.25 ± 0.05	0.24 ± 0.05	0.24 ± 0.05
22:0	0.24 ± 0.07	0.36 ± 0.05	0.38 ± 0.05	0.17 ± 0.06	0.44 ± 0.07	0.43 ± 0.08
24:0	-	-	-	0.23 ± 0.06	0.27 ± 0.06	0.28 ± 0.06
SFA	0.29 ± 0.06	0.28 ± 0.07	0.29 ± 0.07	0.14 ± 0.04	0.37 ± 0.06	0.43 ± 0.06
iso14:0	0.16 ± 0.10	0.25 ± 0.10	0.24 ± 0.09	0.30 ± 0.05	0.18 ± 0.08	0.18 ± 0.08
iso15:0	0.20 ± 0.05	0.24 ± 0.07	0.25 ± 0.07	0.17 ± 0.03	0.20 ± 0.07	0.18 ± 0.07
ai15:0	0.21 ± 0.03	0.30 ± 0.04	0.31 ± 0.04	0.18 ± 0.04	0.37 ± 0.05	0.39 ± 0.05
iso16:0	0.20 ± 0.07	0.27 ± 0.06	0.28 ± 0.05	0.15 ± 0.04	0.28 ± 0.06	0.29 ± 0.05
iso17:0	0.18 ± 0.06	0.27 ± 0.05	0.27 ± 0.05	0.25 ± 0.07	0.29 ± 0.06	0.29 ± 0.06
ai17:0	0.14 ± 0.08	0.33 ± 0.08	0.31 ± 0.08	0.15 ± 0.04	0.34 ± 0.04	0.34 ± 0.05
iso18:0	0.12 ± 0.05	0.22 ± 0.05	0.22 ± 0.05	0.21 ± 0.05	0.33 ± 0.06	0.37 ± 0.06
BFA	0.20 ± 0.06	0.31 ± 0.05	0.31 ± 0.05	0.17 ± 0.05	0.32 ± 0.04	0.32 ± 0.04
SFA + BFA	0.30 ± 0.06	0.29 ± 0.07	0.31 ± 0.07	0.14 ± 0.04	0.36 ± 0.06	0.42 ± 0.06
9c-14:1	0.19 ± 0.06	0.31 ± 0.04	0.43 ± 0.04	0.27 ± 0.06	0.34 ± 0.04	0.55 ± 0.03
9c-15:1	0.16 ± 0.06	0.23 ± 0.07	0.23 ± 0.08	0.24 ± 0.11	0.36 ± 0.10	0.37 ± 0.10
7c-16:1	0.19 ± 0.05	0.18 ± 0.07	0.20 ± 0.07	0.16 ± 0.07	0.22 ± 0.05	0.24 ± 0.05
9c-16:1	0.13 ± 0.04	0.25 ± 0.06	0.26 ± 0.07	0.29 ± 0.03	0.37 ± 0.03	0.49 ± 0.02
11 t-16:1	0.14 ± 0.08	0.33 ± 0.05	0.33 ± 0.05	0.08 ± 0.08	0.12 ± 0.09	0.13 ± 0.10
12c-16:1	0.22 ± 0.05	0.34 ± 0.03	0.43 ± 0.03	0.25 ± 0.05	0.32 ± 0.04	0.55 ± 0.02
7c-17:1	-	-	-	−0.02 ± 0.15	0.33 ± 0.24	0.32 ± 0.21
9c-17:1	0.34 ± 0.07	0.48 ± 0.06	0.48 ± 0.05	0.37 ± 0.08	0.40 ± 0.08	0.40 ± 0.08
9c-18:1	0.35 ± 0.10	0.30 ± 0.10	0.29 ± 0.10	0.14 ± 0.03	0.27 ± 0.06	0.37 ± 0.05
11c-18:1	0.57 ± 0.18	0.57 ± 0.18	0.55 ± 0.18	0.29 ± 0.02	0.44 ± 0.07	0.45 ± 0.07
12c-18:1	0.00 ± 0.09	0.11 ± 0.10	0.11 ± 0.09	0.11 ± 0.10	0.18 ± 0.10	0.19 ± 0.10
13c-18:1	0.19 ± 0.05	0.36 ± 0.04	0.41 ± 0.04	0.21 ± 0.03	0.36 ± 0.05	0.51 ± 0.04
14c-18:1	0.10 ± 0.09	0.28 ± 0.11	0.28 ± 0.11	0.15 ± 0.09	0.17 ± 0.07	0.17 ± 0.07
15c-18:1	0.20 ± 0.04	0.30 ± 0.04	0.31 ± 0.04	0.19 ± 0.05	0.26 ± 0.05	0.25 ± 0.06
6 t + 8 t-18:1	0.30 ± 0.06	0.35 ± 0.04	0.34 ± 0.04	0.20 ± 0.07	0.29 ± 0.04	0.30 ± 0.04
9 t-18:1	0.30 ± 0.09	0.33 ± 0.06	0.33 ± 0.06	0.26 ± 0.08	0.31 ± 0.04	0.32 ± 0.04
10 t-18:1	0.28 ± 0.03	0.42 ± 0.03	0.43 ± 0.03	0.26 ± 0.03	0.41 ± 0.03	0.42 ± 0.03
11 t-18:1	0.35 ± 0.08	0.43 ± 0.09	0.42 ± 0.09	0.29 ± 0.04	0.38 ± 0.04	0.35 ± 0.05
12 t-18:1	-	-	-	0.05 ± 0.07	0.27 ± 0.10	0.26 ± 0.10
15 t-18:1	-	-	-	−0.26 ± 0.15	−0.05 ± 0.16	−0.01 ± 0.16
16 t-18:1	0.41 ± 0.07	0.65 ± 0.13	0.64 ± 0.13	0.33 ± 0.05	0.47 ± 0.07	0.48 ± 0.07
sumtrans18:1	0.22 ± 0.03	0.35 ± 0.04	0.35 ± 0.03	0.25 ± 0.02	0.36 ± 0.03	0.37 ± 0.03
9c-20:1	0.33 ± 0.06	0.45 ± 0.07	0.45 ± 0.07	−0.03 ± 0.10	0.02 ± 0.09	0.00 ± 0.09
11c-20:1	0.20 ± 0.05	0.27 ± 0.04	0.30 ± 0.04	0.35 ± 0.06	0.37 ± 0.05	0.47 ± 0.04
MUFA	0.29 ± 0.07	0.29 ± 0.08	0.30 ± 0.08	0.11 ± 0.03	0.25 ± 0.07	0.31 ± 0.06
9c,13 t + 8 t,12c-18:2	0.22 ± 0.05	0.34 ± 0.07	0.33 ± 0.07	0.14 ± 0.06	0.36 ± 0.08	0.36 ± 0.08
9c,15c-18:2	0.18 ± 0.07	0.33 ± 0.05	0.35 ± 0.05	0.22 ± 0.04	0.38 ± 0.06	0.45 ± 0.06
8 t,13c-18:2	0.23 ± 0.05	0.38 ± 0.06	0.37 ± 0.06	0.02 ± 0.10	0.30 ± 0.04	0.31 ± 0.04
11 t,15c-18:2	0.25 ± 0.05	0.31 ± 0.06	0.32 ± 0.06	0.25 ± 0.03	0.34 ± 0.04	0.36 ± 0.04
9c,11 t + 9 t,11c-18:2	0.05 ± 0.08	0.25 ± 0.07	0.24 ± 0.07	0.26 ± 0.05	0.26 ± 0.07	0.25 ± 0.06
7 t,9c-18:2	0.58 ± 0.14	0.63 ± 0.12	0.64 ± 0.13	0.43 ± 0.22	0.31 ± 0.25	0.28 ± 0.26
12 t,14 t-18:2	0.06 ± 0.28	0.44 ± 0.33	0.41 ± 0.34	0.25 ± 0.19	0.50 ± 0.23	0.48 ± 0.22
11 t,13 t-18:2	0.48 ± 0.16	0.47 ± 0.11	0.46 ± 0.12	0.11 ± 0.10	0.06 ± 0.09	0.06 ± 0.09
10 t,12 t-18:2	-	-	-	0.09 ± 0.08	0.08 ± 0.11	0.08 ± 0.11
9 t,11 t-18:2	-	-	-	0.11 ± 0.10	0.01 ± 0.08	0.02 ± 0.08
8 t,10 t-18:2	0.35 ± 0.14	0.28 ± 0.14	0.28 ± 0.13	0.24 ± 0.13	−0.01 ± 0.10	0.05 ± 0.11
7 t,9 t-18:2	0.41 ± 0.44	0.10 ± 0.47	0.04 ± 0.48	-	-	-
12 t,14c + 12c,14 t −18:2	−0.01 ± 0.26	0.32 ± 0.25	0.34 ± 0.24	0.06 ± 0.09	0.04 ± 0.07	0.04 ± 0.07
11 t,13c + 11c,13 t −18:2	0.54 ± 0.06	0.56 ± 0.08	0.54 ± 0.08	0.16 ± 0.10	0.29 ± 0.06	0.30 ± 0.06
10 t,12c-18:2	0.44 ± 0.09	0.52 ± 0.07	0.52 ± 0.08	0.04 ± 0.12	0.21 ± 0.14	0.22 ± 0.14
8 t,10c-18:2	0.33 ± 0.17	0.32 ± 0.14	0.31 ± 0.14	0.27 ± 0.08	0.15 ± 0.07	0.13 ± 0.07
Total CLA	0.25 ± 0.09	0.37 ± 0.09	0.36 ± 0.10	0.12 ± 0.06	0.06 ± 0.06	0.06 ± 0.06
18:2n-6	0.21 ± 0.02	0.35 ± 0.04	0.36 ± 0.04	0.15 ± 0.05	0.29 ± 0.04	0.32 ± 0.04
18:3n-3	0.27 ± 0.04	0.38 ± 0.04	0.38 ± 0.04	0.28 ± 0.06	0.33 ± 0.04	0.34 ± 0.04
18:3n-6	0.10 ± 0.11	0.09 ± 0.09	0.11 ± 0.09	0.20 ± 0.05	0.36 ± 0.05	0.41 ± 0.04
20:2n-6	0.20 ± 0.07	0.06 ± 0.05	0.06 ± 0.06	0.07 ± 0.11	0.10 ± 0.07	0.11 ± 0.07
20:3n-6	0.10 ± 0.11	0.24 ± 0.11	0.22 ± 0.11	0.14 ± 0.03	0.32 ± 0.04	0.34 ± 0.05
20:3n-9	0.20 ± 0.16	−0.03 ± 0.11	−0.05 ± 0.13	0.12 ± 0.04	0.33 ± 0.07	0.33 ± 0.07
20:4n-6	−0.10 ± 0.04	0.10 ± 0.09	0.09 ± 0.08	0.09 ± 0.03	0.29 ± 0.06	0.31 ± 0.05
20:5n-3	-	-	-	0.32 ± 0.06	0.10 ± 0.11	0.09 ± 0.11
22:4n-6	0.10 ± 0.04	0.19 ± 0.08	0.19 ± 0.08	0.15 ± 0.06	0.38 ± 0.08	0.40 ± 0.08
22:5n-3	0.04 ± 0.10	0.14 ± 0.08	0.14 ± 0.08	0.15 ± 0.04	0.39 ± 0.07	0.39 ± 0.07
22:6n-3	-	-	-	0.00 ± 0.05	0.10 ± 0.08	0.10 ± 0.07
PUFA	0.21 ± 0.02	0.35 ± 0.04	0.36 ± 0.04	0.14 ± 0.04	0.30 ± 0.04	0.33 ± 0.04
n-3	0.27 ± 0.04	0.37 ± 0.05	0.38 ± 0.04	0.22 ± 0.04	0.40 ± 0.05	0.40 ± 0.05
n-6	0.20 ± 0.02	0.35 ± 0.04	0.36 ± 0.04	0.14 ± 0.04	0.29 ± 0.04	0.32 ± 0.04
n-6/n-3	-	-	-	0.11 ± 0.04	0.16 ± 0.04	0.14 ± 0.04
P/S	0.19 ± 0.03	0.33 ± 0.04	0.34 ± 0.04	0.14 ± 0.03	0.38 ± 0.04	0.39 ± 0.03
P/(S + B)	0.19 ± 0.03	0.33 ± 0.04	0.34 ± 0.04	0.14 ± 0.09	0.38 ± 0.04	0.39 ± 0.04
HI	0.31 ± 0.05	0.30 ± 0.05	0.38 ± 0.05	0.22 ± 0.05	0.41 ± 0.06	0.59 ± 0.06

^aThe concentrations of fatty acids were expressed as a percentage of fatty acid methyl esters (FAME) quantified. c = cis, t = trans. SFA = 10:0 + 12:0 + 13:0 + 14:0 + 15:0 + 16:0 + 17:0 + 18:0 + 19:0 + 20:0 + 22:0 + 24:0; BFA = iso14:0 + iso15:0 + ai15:0 + iso16:0 + iso17:0 + ai17:0 + iso18:0; SFA + BFA: sum of SFA and BFA; sumtrans18:1 = 6 t/8 t-18:1 + 9 t-18:1 + 10 t-18:1 + 11 t-18:1 + 12 t-18:1 + 15 t-18:1 + 16 t-18:1; MUFA = 9c-14:1 + 9c-15:1 + 7c-16:1 + 9c-16:1 + 11 t-16:1 + 12c-16:1 + 7c-17:1 + 9c-17:1 + 9c-18:1 + 11c-18:1 + 12c-18:1 + 13c-18:1 + 14c-18:1 + 15c-18:1 + 9c-20:1 + 11c-20 + 6 t/8 t-18:1 + 9 t-18:1 + 10 t-18:1 + 11 t-18:1 + 12 t-18:1 + 15 t-18:1 + 16 t-18:1; Total CLA = 9c,11 t + 9 t,11c-18:2 + 6 t,8 t-18:2 + 7 t,9c-18:2 + 12 t,(14 t-18:2 + 11 t,13 t)-18:2 + 10 t,12 t-18:2 + 9 t,11 t-18:2 + 8 t,10 t-18:2 + 7 t,9 t-18:2 + (12 t,14c + 12c,14 t) -18:2 + (11 t,13c + 11c,13 t)-18:2 + 10 t,12c-18:2 + 8 t,10c-18:2; PUFA = 18:2n-6 + 18:3n-6 + 18:3n-3 + 20:2n-6 + 20:3n-9 + 20:3n-6 + 20:4n-6 + 22:4n-6 + 22:5n-3+ 22:6n-3; n-3 = 18:3n-3 + 20:5n-3 + 22:5n-3 + 22:6n-3; n-6 = 18:2n-6 + 18:3n-6 + 20:2n-6 + 20:3n-6 + 20:4n-6 + 22:4n-6; n-6/n-3: ratio between n-6 and n-3; P/S = PUFA/SFA; P/(S + B) = PUFA/(SFA + BFA); HI = (MUFA + PUFA) / (4 × 14:0 + 16:0). ‘-’ = not calculated due to a zero heritability

Back to article page

ISSN: 2730-6844

Contact us

General enquiries: journalsubmissions@springernature.com

BMC Genomic Data

Contact us