From: Associations between variants of the HALgene and milk production traits in Chinese Holstein cows
Submission number | Location of SNP | Position on Btau_4.6.1 | Allele substitution | Genotype | Genotype frequencies | MAF 2 | P -value 3 |
---|---|---|---|---|---|---|---|
974768522 | Promoter | 64547553 | C > T | CC | 0.426 | 0.339 | 0.253 |
 |  |  |  | CT | 0.468 |  |  |
 |  |  |  | TT | 0.106 |  |  |
974768523 | Exon1 | 64547394 | T > C | TT | 0.527 | 0.281 | 0.257 |
 |  |  |  | TC | 0.385 |  |  |
 |  |  |  | CC | 0.086 |  |  |
974768524 | Intron2 | 64546261 | T > C | TT | 0.588 | 0.251 | 0.0004 |
 |  |  |  | TC | 0.323 |  |  |
 |  |  |  | CC | 0.089 |  |  |
974768525 | Exon5 | 64545391 | C > T | CC | 0.647 | 0.196 | 0.898 |
 |  |  |  | CT | 0.314 |  |  |
 |  |  |  | TT | 0.039 |  |  |
974768527 | Exon8 | 64543949 | G > A | GG | 0.523 | 0.282 | 0.307 |
 |  |  |  | GA | 0.389 |  |  |
 |  |  |  | AA | 0.088 |  |  |
974768529 | Intron11 | 64537682 | A > G | AA | 0.078 | 0.267 | 0.370 |
 |  |  |  | AG | 0.378 |  |  |
 |  |  |  | GG | 0.544 |  |  |
974768531 | Intron17 | 64529509 | T > C | TT | 0.433 | 0.327 | 0.018 |
 |  |  |  | TC | 0.481 |  |  |
 |  |  |  | CC | 0.086 |  |  |
974768533 | 3′UTR | 64525640 | C > A | CC | 0.091 | 0.307 | 0.680 |
 |  |  |  | CA | 0.433 |  |  |
 |  |  |  | AA | 0.476 |  |  |
974768534 | 3′UTR | 64524579 | C > T | CC | 0.486 | 0.304 | 0.850 |
 |  |  |  | CT | 0.420 |  |  |
 |  |  |  | TT | 0.094 |  |  |