Prevalence of common disease-associated variants in Asian Indians

Pemberton, Trevor J; Mehta, Niyati U; Witonsky, David; Di Rienzo, Anna; Allayee, Hooman; Conti, David V; Patel, Pragna I

doi:10.1186/1471-2156-9-13

BMC Genomic Data

Table 3 Allele frequencies of the polymorphisms associated with prostate cancer.

From: Prevalence of common disease-associated variants in Asian Indians

		Prostate Cancer
Polymorphism:		DG8S737																		rs1447295
Nucleotide Change:		MS																		C>A
	n	-10	-9	-8	-7	-6	-5	-4	-3	-2	-1	0	+1	+2	+3	+4	+5	+6	+7	A
Mother Tongue
Assamese	26	0.000	0.040	0.000	0.000	0.000	0.020	0.120	0.020	0.060	0.180	0.220	0.100	0.060	0.080	0.080	0.020	0.000	0.000	0.120
Bengali	27	0.017	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.034	0.121	0.155	0.190	0.103	0.155	0.052	0.121	0.052	0.000	0.000	0.000	0.121
Gujarati	181	0.000	0.042	0.000	0.000	0.042	0.000	0.021	0.042	0.229	0.188	0.188	0.042	0.042	0.125	0.042	0.000	0.000	0.000	0.125
Hindi	29	0.023	0.023	0.000	0.012	0.012	0.012	0.128	0.035	0.151	0.209	0.116	0.093	0.035	0.070	0.023	0.035	0.023	0.000	0.186
Kannada	24	0.000	0.071	0.000	0.000	0.018	0.000	0.089	0.036	0.161	0.268	0.125	0.036	0.000	0.143	0.054	0.000	0.000	0.000	0.125
Kashmiri	24	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.060	0.060	0.120	0.220	0.120	0.200	0.040	0.120	0.060	0.000	0.000	0.000	0.040
Konkani	43	0.000	0.019	0.000	0.000	0.019	0.019	0.077	0.115	0.135	0.173	0.192	0.058	0.135	0.019	0.019	0.019	0.000	0.000	0.192
Malayalam	25	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.093	0.037	0.167	0.204	0.111	0.185	0.019	0.148	0.000	0.019	0.000	0.019	0.074
Marathi	26	0.000	0.000	0.000	0.000	0.037	0.000	0.074	0.037	0.093	0.278	0.111	0.130	0.056	0.093	0.056	0.037	0.000	0.000	0.111
Marwari	25	0.000	0.008	0.003	0.000	0.008	0.022	0.110	0.028	0.116	0.293	0.122	0.077	0.058	0.105	0.041	0.006	0.003	0.000	0.141
Oriya	27	0.000	0.000	0.019	0.019	0.058	0.038	0.058	0.135	0.077	0.173	0.173	0.096	0.038	0.077	0.019	0.019	0.000	0.000	0.308
Parsi	25	0.000	0.000	0.020	0.000	0.040	0.000	0.020	0.020	0.380	0.220	0.100	0.140	0.020	0.020	0.020	0.000	0.000	0.000	0.040
Punjabi	28	0.000	0.000	0.000	0.000	0.017	0.000	0.052	0.069	0.121	0.345	0.121	0.086	0.086	0.069	0.034	0.000	0.000	0.000	0.034
Tamil	29	0.000	0.000	0.000	0.000	0.018	0.018	0.161	0.018	0.125	0.143	0.143	0.143	0.054	0.107	0.054	0.018	0.000	0.000	0.161
Telugu	28	0.000	0.021	0.000	0.000	0.000	0.000	0.042	0.104	0.188	0.375	0.083	0.021	0.042	0.042	0.021	0.042	0.000	0.021	0.104
F_ST		0.007																		0.020
p-value		1																		1
Gender
Female	237	0.002	0.021	0.004	0.002	0.019	0.011	0.078	0.044	0.146	0.251	0.129	0.099	0.057	0.078	0.049	0.011	0.000	0.000	0.120
Male	339	0.003	0.009	0.001	0.001	0.013	0.013	0.091	0.052	0.140	0.242	0.133	0.094	0.049	0.105	0.032	0.013	0.004	0.003	0.136
F_ST		0																		0
p-value		1																		1
Population
Cohort	576	0.003	0.014	0.003	0.002	0.016	0.012	0.085	0.050	0.142	0.245	0.130	0.098	0.052	0.094	0.039	0.012	0.003	0.002	0.129
Standard Error		0.002	0.006	0.002	0.001	0.005	0.003	0.011	0.010	0.020	0.017	0.010	0.014	0.008	0.010	0.005	0.004	0.002	0.002	0.018
HWE Constant		0.003																		0.002
p-value		0.433																		0.580
Welch modified t-test:
Africa
Europe																				0.091
Asia																				0.486
Americas

Alleles of DG8S737 were assigned based upon the change in the number of repeats away from that of the reference sequence in the NCBI database (23 AC dinucleotide repeats). Allele -1 is equivalent to the prostate cancer risk-associated -8 allele reported by Amundadottir et al. that had 22 repeats [58]. P-values significant at <0.05 are shown in bold.

Back to article page

ISSN: 2730-6844

Contact us

General enquiries: journalsubmissions@springernature.com