Testing for homogeneity of gametic disequilibrium across strata

Yin, Xiaolin; Ma, Wenqing; Tang, Manlai; Guo, Jianhua

doi:10.1186/1471-2156-8-85

BMC Genomic Data

Table 4 Empirical type I error rates for X^2* and T² for unequal allele probabilities across K = 5 strata under H₀

From: Testing for homogeneity of gametic disequilibrium across strata

n	D	p₁₊	p₊₁	X ^2*	T ²
50, 50, 50, 50, 50	-0.045	0.5, 0.4, 0.3, 0.4, 0.5	0.5, 0.4, 0.3, 0.4, 0.5	0.048	0.049
	0.0			0.048	0.049
	0.105			0.085	0.163
	-0.025	0.5, 0.4, 0.3, 0.4, 0.5	0.5, 0.4, 0.3, 0.2, 0.1	0.047	0.041
	0.0			0.057	0.054
	0.025			0.077	0.060
	-0.005	0.5, 0.4, 0.3, 0.2, 0.1	0.5, 0.4, 0.3, 0.2, 0.1	0.048	0.035
	0.0			0.042	0.057
	0.045			0.133	0.489
	-0.015	0.5, 0.4, 0.3, 0.4, 0.5	0.3, 0.2, 0.1, 0.2, 0.3	0.045	0.037
	0.0			0.045	0.053
	0.035			0.082	0.100
	-0.015	0.5, 0.4, 0.3, 0.2, 0.1	0.3, 0.2, 0.1, 0.2, 0.3	0.032	0.023
	0.0			0.034	0.048
	0.035			0.104	0.136
	-0.005	0.3, 0.2, 0.1, 0.2, 0.3	0.3, 0.2, 0.1, 0.2, 0.3	0.045	0.034
	0.0			0.035	0.057
	0.045			0.160	0.475
100, 100, 100, 100, 100	-0.045	0.5, 0.4, 0.3, 0.4, 0.5	0.5, 0.4, 0.3, 0.4, 0.5	0.050	0.051
	0.0			0.051	0.051
	0.105			0.060	0.190
	-0.025	0.5, 0.4, 0.3, 0.4, 0.5	0.5, 0.4, 0.3, 0.2, 0.1	0.050	0.050
	0.0			0.051	0.051
	0.025			0.062	0.067
	-0.005	0.5, 0.4, 0.3, 0.2, 0.1	0.5, 0.4, 0.3, 0.2, 0.1	0.050	0.037
	0.0			0.041	0.049
	0.045			0.058	0.653
	-0.015	0.5, 0.4, 0.3, 0.4, 0.5	0.3, 0.2, 0.1, 0.2, 0.3	0.046	0.040
	0.0			0.047	0.051
	0.035			0.054	0.118
	-0.015	0.5, 0.4, 0.3, 0.2, 0.1	0.3, 0.2, 0.1, 0.2, 0.3	0.037	0.027
	0.0			0.037	0.050
	0.035			0.060	0.168
	-0.005	0.3, 0.2, 0.1, 0.2, 0.3	0.3, 0.2, 0.1, 0.2, 0.3	0.047	0.035
	0.0			0.038	0.053
	0.045			0.060	0.610
200, 200, 200, 200, 200	-0.045	0.5, 0.4, 0.3, 0.4, 0.5	0.5, 0.4, 0.3, 0.4, 0.5	0.049	0.050
	0.0			0.048	0.049
	0.105			0.053	0.230
	-0.025	0.5, 0.4, 0.3, 0.4, 0.5	0.5, 0.4, 0.3, 0.2, 0.1	0.049	0.062
	0.0			0.051	0.050
	0.025			0.053	0.081
	-0.005	0.5, 0.4, 0.3, 0.2, 0.1	0.5, 0.4, 0.3, 0.2, 0.1	0.051	0.039
	0.0			0.043	0.048
	0.045			0.052	0.865
	-0.015	0.5, 0.4, 0.3, 0.4, 0.5	0.3, 0.2, 0.1, 0.2, 0.3	0.048	0.044
	0.0			0.049	0.049
	0.035			0.048	0.169
	-0.015	0.5, 0.4, 0.3, 0.2, 0.1	0.3, 0.2, 0.1, 0.2, 0.3	0.042	0.029
	0.0			0.045	0.053
	0.035			0.045	0.229
	-0.005	0.3, 0.2, 0.1, 0.2, 0.3	0.3, 0.2, 0.1, 0.2, 0.3	0.047	0.035
	0.0			0.040	0.053
	0.045			0.051	0.815

The empirical type I error rate which is significant for the two-sided t-test at the nominal level of 0.05 is marked with underline.

Back to article page

ISSN: 2730-6844

Contact us

General enquiries: journalsubmissions@springernature.com