Testing for homogeneity of gametic disequilibrium across strata

BMC Genomic Data

Table 2 Empirical type I error rates for X^2* and T² for unequal allele probabilities across K = 3 strata under H₀

n	D	p₁₊	p₊₁	X ^2*	T ²
50, 50, 50	-0.045	0.5, 0.4, 0.3	0.5, 0.4, 0.3	0.048	0.044
	0.0			0.049	0.051
	0.105			0.071	0.149
	-0.015	0.5, 0.4, 0.3	0.5, 0.3, 0.1	0.046	0.037
	0.0			0.046	0.051
	0.035			0.066	0.105
	-0.005	0.5, 0.3, 0.1	0.5, 0.3, 0.1	0.063	0.036
	0.0			0.053	0.052
	0.045			0.100	0.474
	-0.015	0.5, 0.4, 0.3	0.3, 0.2, 0.1	0.040	0.032
	0.0			0.042	0.049
	0.035			0.074	0.101
	-0.005	0.5, 0.3, 0.1	0.3, 0.2, 0.1	0.056	0.033
	0.0			0.048	0.054
	0.045			0.108	0.452
	-0.005	0.3, 0.2, 0.1	0.3, 0.2, 0.1	0.048	0.031
	0.0			0.041	0.053
	0.045			0.123	0.452
100, 100, 100	-0.045	0.5, 0.4, 0.3	0.5, 0.4, 0.3	0.051	0.048
	0.0			0.050	0.050
	0.105			0.055	0.162
	-0.015	0.5, 0.4, 0.3	0.5, 0.3, 0.1	0.047	0.043
	0.0			0.046	0.050
	0.035			0.054	0.150
	-0.005	0.5, 0.3, 0.1	0.5, 0.3, 0.1	0.064	0.037
	0.0			0.052	0.051
	0.045			0.059	0.658
	-0.015	0.5, 0.4, 0.3	0.3, 0.2, 0.1	0.044	0.035
	0.0			0.047	0.051
	0.035			0.051	0.124
	-0.005	0.5, 0.3, 0.1	0.3, 0.2, 0.1	0.055	0.033
	0.0			0.052	0.053
	0.045			0.063	0.623
	-0.005	0.3, 0.2, 0.1	0.3, 0.2, 0.1	0.055	0.033
	0.0			0.043	0.051
	0.045			0.061	0.593
200, 200, 200	-0.045	0.5, 0.4, 0.3	0.5, 0.4, 0.3	0.050	0.052
	0.0			0.050	0.052
	0.105			0.053	0.211
	-0.015	0.5, 0.4, 0.3	0.5, 0.3, 0.1	0.049	0.049
	0.0			0.048	0.049
	0.035			0.049	0.220
	-0.005	0.5, 0.3, 0.1	0.5, 0.3, 0.1	0.058	0.037
	0.0			0.051	0.050
	0.045			0.048	0.860
	-0.015	0.5, 0.4, 0.3	0.3, 0.2, 0.1	0.048	0.043
	0.0			0.049	0.048
	0.035			0.050	0.190
	-0.005	0.5, 0.3, 0.1	0.3, 0.2, 0.1	0.056	0.035
	0.0			0.051	0.051
	0.045			0.053	0.829
	-0.005	0.3, 0.2, 0.1	0.3, 0.2, 0.1	0.051	0.034
	0.0			0.050	0.050
	0.045			0.049	0.791

The empirical type I error rate which is significant for the two-sided t-test at the nominal level of 0.05 is marked with underline.

ISSN: 2730-6844