Skip to main content

Table 1 Pair-wise LD between 20 SNPs of SNP packet 121 in sample replicate 1 from Aipotu population (D' measure above the diagonal and r2 below the diagonal).

From: Examining the effect of linkage disequilibrium on multipoint linkage analysis

 

1

2

3

4

5

6

7

8

9

10

11

12

13

14

15

16

17

18

19

20

1

--

0.653

0.278

0.130

0.211

0.234

0.085

0.214

0.358

0.154

0.004

0.138

0.093

0.254

0.053

0.392

0.546

0.068

0.057

0.163

2

0.280

--

0.309

0.062

0.141

0.206

0.227

0.369

0.493

0.048

0.109

0.021

0.053

0.023

0.049

0.115

0.151

0.127

0.228

0.116

3

0.040

0.075

--

0.272

0.103

0.018

0.218

0.064

0.160

0.349

0.198

0.083

0.134

0.393

0.177

0.047

0.332

0.046

0.450

0.227

4

0.011

0.001

0.025

--

0.223

0.016

0.122

0.772

0.690

0.475

0.397

0.103

0.084

0.375

0.272

0.162

0.371

0.480

0.385

0.051

5

0.005

0.003

0.002

0.003

--

1.000

0.408

0.524

0.325

0.001

0.095

0.000

0.012

0.121

0.062

0.225

0.058

0.026

0.006

0.010

6

0.027

0.029

0.000

0.000

0.210

--

0.081

0.427

0.365

0.224

0.196

0.264

0.212

0.113

0.194

0.121

0.093

0.048

0.408

0.098

7

0.003

0.034

0.048

0.004

0.041

0.006

--

1.000

1.000

0.216

0.052

0.139

0.241

0.005

0.019

0.169

0.140

0.068

0.085

0.117

8

0.009

0.039

0.002

0.074

0.152

0.069

0.442 a

--

1.000

0.023

0.102

0.109

0.007

0.197

0.023

0.059

0.045

0.143

0.007

0.057

9

0.020

0.059

0.008

0.049

0.070

0.042

0.396

0.837

--

0.029

0.088

0.181

0.118

0.219

0.079

0.080

0.106

0.169

0.133

0.084

10

0.015

0.001

0.034

0.021

0.000

0.016

0.013

0.000

0.001

--

0.088

0.523

0.490

0.318

0.037

0.143

0.504

0.014

0.140

0.114

11

0.000

0.006

0.029

0.071

0.003

0.028

0.002

0.003

0.002

0.002

--

0.424

0.284

0.339

0.073

0.049

0.193

0.034

0.345

0.009

12

0.009

0.000

0.006

0.003

0.000

0.065

0.018

0.005

0.011

0.083

0.122

--

0.987

0.017

0.024

0.094

0.108

0.054

0.209

0.025

13

0.003

0.003

0.015

0.002

0.000

0.032

0.048

0.000

0.004

0.054

0.041

0.728

--

0.023

0.105

0.053

0.091

0.083

0.144

0.009

14

0.027

0.000

0.126

0.039

0.003

0.011

0.000

0.017

0.018

0.034

0.070

0.000

0.000

--

0.136

0.053

0.082

0.069

0.182

0.008

15

0.000

0.001

0.007

0.005

0.000

0.009

0.000

0.000

0.000

0.001

0.001

0.000

0.003

0.005

--

0.036

0.717

0.034

0.415

0.245

16

0.045

0.006

0.002

0.005

0.007

0.009

0.019

0.002

0.003

0.004

0.001

0.005

0.002

0.002

0.000

--

0.039

0.170

0.193

0.001

17

0.026

0.003

0.019

0.008

0.000

0.002

0.003

0.001

0.006

0.014

0.010

0.002

0.002

0.001

0.021

0.000

--

0.300

0.860

0.186

18

0.001

0.005

0.001

0.032

0.000

0.001

0.002

0.018

0.021

0.000

0.001

0.001

0.004

0.002

0.001

0.008

0.036

--

0.095

0.091

19

0.000

0.004

0.009

0.002

0.000

0.008

0.000

0.000

0.000

0.003

0.004

0.002

0.001

0.002

0.002

0.001

0.007

0.001

--

0.010

20

0.019

0.012

0.036

0.001

0.000

0.007

0.010

0.002

0.004

0.003

0.000

0.000

0.000

0.000

0.021

0.000

0.004

0.006

0.000

--

  1. aBold text indicates the three markers that are in strong linkage disequilibrium.