TY - JOUR AU - Huang, X. AU - Wei, X. AU - Sang, T. AU - Zhao, Q. AU - Feng, Q. AU - Zhao, Y. AU - Li, C. AU - Zhu, C. AU - Lu, T. AU - Zhang, Z. AU - Li, M. AU - Fan, D. AU - Guo, Y. AU - Wang, A. AU - Wang, L. AU - Deng, L. AU - Li, W. AU - Lu, Y. AU - Weng, Q. AU - Liu, K. AU - Huang, T. AU - Zhou, T. AU - Jing, Y. AU - Li, W. AU - Lin, Z. AU - Buckler, E. S. AU - Qian, Q. AU - Zhang, Q. F. AU - Li, J. AU - Han, B. PY - 2010 DA - 2010// TI - Genome-wide association studies of 14 agronomic traits in rice landraces JO - Nat Genet VL - 42 UR - https://doi.org/10.1038/ng.695 DO - 10.1038/ng.695 ID - Huang2010 ER - TY - JOUR AU - Huang, X. AU - Zhao, Y. AU - Wei, X. AU - Li, C. AU - Wang, A. AU - Zhao, Q. AU - Li, W. AU - Guo, Y. AU - Deng, L. AU - Zhu, C. AU - Fan, D. AU - Lu, Y. AU - Weng, Q. AU - Liu, K. AU - Zhou, T. AU - Jing, Y. AU - Si, L. AU - Dong, G. AU - Huang, T. AU - Lu, T. AU - Feng, Q. AU - Qian, Q. AU - Li, J. AU - Han, B. PY - 2011 DA - 2011// TI - Genome-wide association study of flowering time and grain yield traits in a worldwide collection of rice germplasm JO - Nat Genet VL - 44 UR - https://doi.org/10.1038/ng.1018 DO - 10.1038/ng.1018 ID - Huang2011 ER - TY - JOUR AU - Iwata, H. AU - Uga, Y. AU - Yoshioka, Y. AU - Ebana, K. AU - Hayashi, T. PY - 2007 DA - 2007// TI - Bayesian association mapping of multiple quantitative trait loci and its application to the analysis of genetic variation among Oryza sativa L. germplasms JO - Theor Appl Genet VL - 114 UR - https://doi.org/10.1007/s00122-007-0529-x DO - 10.1007/s00122-007-0529-x ID - Iwata2007 ER - TY - JOUR AU - Iwata, H. AU - Ebana, K. AU - Fukuoka, S. AU - Jannink, J. L. AU - Hayashi, T. PY - 2009 DA - 2009// TI - Bayesian multilocus association mapping on ordinal and censored traits and its application to the analysis of genetic variation among Oryza sativa L. germplasms JO - Theor Appl Genet VL - 118 UR - https://doi.org/10.1007/s00122-008-0945-6 DO - 10.1007/s00122-008-0945-6 ID - Iwata2009 ER - TY - JOUR AU - Zhao, K. AU - Tung, C. W. AU - Eizenga, G. C. AU - Wright, M. H. AU - Ali, M. L. AU - Price, A. H. AU - Norton, G. J. AU - Islam, M. R. AU - Reynolds, A. AU - Mezey, J. AU - McClung, A. M. AU - Bustamante, C. D. AU - McCouch, S. R. PY - 2012 DA - 2012// TI - Genome-wide association mapping reveals a rich genetic architecture of complex traits in Oryza sativa JO - Nat Commun VL - 2 UR - https://doi.org/10.1038/ncomms1467 DO - 10.1038/ncomms1467 ID - Zhao2012 ER - TY - JOUR AU - Hamblin, M. T. AU - Buckler, E. S. AU - Jannink, J. L. PY - 2011 DA - 2011// TI - Population genetics of genomics-based crop improvement methods JO - Trends Genet VL - 27 UR - https://doi.org/10.1016/j.tig.2010.12.003 DO - 10.1016/j.tig.2010.12.003 ID - Hamblin2011 ER - TY - JOUR AU - Lander, E. S. AU - Schork, N. J. PY - 1994 DA - 1994// TI - Genetic dissection of complex traits JO - Science VL - 265 UR - https://doi.org/10.1126/science.8091226 DO - 10.1126/science.8091226 ID - Lander1994 ER - TY - JOUR AU - Yu, J. AU - Holland, J. B. AU - McMullen, M. D. AU - Buckler, E. S. PY - 2008 DA - 2008// TI - Genetic design and statistical power of nested association mapping in maize JO - Genetics VL - 178 UR - https://doi.org/10.1534/genetics.107.074245 DO - 10.1534/genetics.107.074245 ID - Yu2008 ER - TY - JOUR AU - Broman, K. W. PY - 2005 DA - 2005// TI - The genomes of recombinant inbred lines JO - Genetics VL - 169 UR - https://doi.org/10.1534/genetics.104.035212 DO - 10.1534/genetics.104.035212 ID - Broman2005 ER - TY - JOUR AU - Broman, K. W. PY - 2012 DA - 2012// TI - Genotype probabilities at intermediate generations in the construction of recombinant inbred lines JO - Genetics VL - 190 UR - https://doi.org/10.1534/genetics.111.132647 DO - 10.1534/genetics.111.132647 ID - Broman2012 ER - TY - JOUR AU - Huang, B. E. AU - George, A. W. PY - 2011 DA - 2011// TI - R/mpMap: a computational platform for the genetic analysis of multiparent recombinant inbred lines JO - Bioinformatics VL - 27 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btq719 DO - 10.1093/bioinformatics/btq719 ID - Huang2011 ER - TY - JOUR AU - Macdonald, S. J. AU - Long, A. D. PY - 2007 DA - 2007// TI - Joint estimates of quantitative trait locus effect and frequency using synthetic recombinant populations of Drosophila melanogaster JO - Genetics VL - 176 UR - https://doi.org/10.1534/genetics.106.069641 DO - 10.1534/genetics.106.069641 ID - Macdonald2007 ER - TY - JOUR AU - Mott, R. AU - Talbot, C. J. AU - Turri, M. G. AU - Collins, A. C. AU - Flint, J. PY - 2000 DA - 2000// TI - A method for fine mapping quantitative trait loci in outbred animal stocks JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 97 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.230304397 DO - 10.1073/pnas.230304397 ID - Mott2000 ER - TY - JOUR AU - Teuscher, F. AU - Broman, K. W. PY - 2007 DA - 2007// TI - Haplotype probabilities for multiple-strain recombinant inbred lines JO - Genetics VL - 175 UR - https://doi.org/10.1534/genetics.106.064063 DO - 10.1534/genetics.106.064063 ID - Teuscher2007 ER - TY - JOUR AU - Valdar, W. AU - Solberg, L. C. AU - Gauguier, D. AU - Burnett, S. AU - Klenerman, P. AU - Cookson, W. O. AU - Taylor, M. S. AU - Rawlins, J. N. AU - Mott, R. AU - Flint, J. PY - 2006 DA - 2006// TI - Genome-wide genetic association of complex traits in heterogeneous stock mice JO - Nat Genet VL - 38 UR - https://doi.org/10.1038/ng1840 DO - 10.1038/ng1840 ID - Valdar2006 ER - TY - JOUR PY - 2004 DA - 2004// TI - The Collaborative Cross, a community resource for the genetic analysis of complex traits JO - Nat Genet VL - 36 UR - https://doi.org/10.1038/ng1104-1133 DO - 10.1038/ng1104-1133 ID - ref16 ER - TY - JOUR AU - Welsh, C. E. AU - Miller, D. R. AU - Manly, K. F. AU - Wang, J. AU - McMillan, L. AU - Morahan, G. AU - Mott, R. AU - Iraqi, F. A. AU - Threadgill, D. W. AU - de Villena, F. P. PY - 2012 DA - 2012// TI - Status and access to the Collaborative Cross population JO - Mamm Genome VL - 23 UR - https://doi.org/10.1007/s00335-012-9410-6 DO - 10.1007/s00335-012-9410-6 ID - Welsh2012 ER - TY - JOUR AU - Cavanagh, C. AU - Morell, M. AU - Mackay, I. AU - Powell, W. PY - 2008 DA - 2008// TI - From mutations to MAGIC: resources for gene discovery, validation and delivery in crop plants JO - Curr Opin Plant Biol VL - 11 UR - https://doi.org/10.1016/j.pbi.2008.01.002 DO - 10.1016/j.pbi.2008.01.002 ID - Cavanagh2008 ER - TY - JOUR AU - Kover, P. X. AU - Valdar, W. AU - Trakalo, J. AU - Scarcelli, N. AU - Ehrenreich, I. M. AU - Purugganan, M. D. AU - Durrant, C. AU - Mott, R. PY - 2009 DA - 2009// TI - A multiparent advanced generation inter-cross to fine-map quantitative traits in Arabidopsis thaliana JO - PLoS Genet VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1000551 DO - 10.1371/journal.pgen.1000551 ID - Kover2009 ER - TY - JOUR AU - Huang, B. E. AU - George, A. W. AU - Forrest, K. L. AU - Kilian, A. AU - Hayden, M. J. AU - Morell, M. K. AU - Cavanagh, C. R. PY - 2012 DA - 2012// TI - A multiparent advanced generation inter-cross population for genetic analysis in wheat JO - Plant Biotechnol J VL - 10 UR - https://doi.org/10.1111/j.1467-7652.2012.00702.x DO - 10.1111/j.1467-7652.2012.00702.x ID - Huang2012 ER - TY - JOUR AU - Bandillo, N. AU - Raghavan, C. AU - Muyco, P. A. AU - Sevilla, M. A. AU - Lobina, I. T. AU - Dilla-Ermita, C. J. AU - Tung, C. W. AU - McCouch, S. AU - Thomson, M. AU - Mauleon, R. AU - Singh, R. K. AU - Gregorio, G. AU - Leung, H. PY - 2013 DA - 2013// TI - Multi-parent advanced generation inter-cross (MAGIC) populations in rice: progress and potential for genetics research and breeding JO - Rice (N Y) VL - 6 ID - Bandillo2013 ER - TY - JOUR AU - Asano, K. AU - Yamasaki, M. AU - Takuno, S. AU - Miura, K. AU - Katagiri, S. AU - Ito, T. AU - Doi, K. AU - Wu, J. AU - Ebana, K. AU - Matsumoto, T. AU - Innan, H. AU - Kitano, H. AU - Ashikari, M. AU - Matsuoka, M. PY - 2011 DA - 2011// TI - Artificial selection for a green revolution gene during japonica rice domestication JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 108 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1019490108 DO - 10.1073/pnas.1019490108 ID - Asano2011 ER - TY - JOUR AU - Ashikari, M. AU - Sakakibara, H. AU - Lin, S. AU - Yamamoto, T. AU - Takashi, T. AU - Nishimura, A. AU - Angeles, E. R. AU - Qian, Q. AU - Kitano, H. AU - Matsuoka, M. PY - 2005 DA - 2005// TI - Cytokinin oxidase regulates rice grain production JO - Science VL - 309 UR - https://doi.org/10.1126/science.1113373 DO - 10.1126/science.1113373 ID - Ashikari2005 ER - TY - JOUR AU - Miyamoto, N. AU - Goto, Y. AU - Matsui, M. AU - Ukai, Y. AU - Morita, M. AU - Nemoto, K. PY - 2004 DA - 2004// TI - Quantitative trait loci for phyllochron and tillering in rice JO - Theor Appl Genet VL - 109 UR - https://doi.org/10.1007/s00122-004-1690-0 DO - 10.1007/s00122-004-1690-0 ID - Miyamoto2004 ER - TY - JOUR AU - Monna, L. AU - Lin, X. AU - Kojima, S. AU - Sasaki, T. AU - Yano, M. PY - 2002 DA - 2002// TI - Genetic dissection of a genomic region for a quantitative trait locus, Hd3, into two loci, Hd3a and Hd3b, controlling heading date in rice JO - Theor Appl Genet VL - 104 UR - https://doi.org/10.1007/s00122-001-0813-0 DO - 10.1007/s00122-001-0813-0 ID - Monna2002 ER - TY - JOUR AU - Shen, B. AU - Yu, W. D. AU - Du, J. H. AU - Fan, Y. Y. AU - Wu, J. R. AU - Zhuang, J. Y. PY - 2011 DA - 2011// TI - Validation and dissection of quantitative trait loci for leaf traits in interval RM4923-RM402 on the short arm of rice chromosome 6 JO - J Genet VL - 90 UR - https://doi.org/10.1007/s12041-011-0019-4 DO - 10.1007/s12041-011-0019-4 ID - Shen2011 ER - TY - JOUR AU - Thomson, M. J. AU - Edwards, J. D. AU - Septiningsih, E. M. AU - Harrington, S. E. AU - McCouch, S. R. PY - 2006 DA - 2006// TI - Substitution mapping of dth1.1, a flowering-time quantitative trait locus (QTL) associated with transgressive variation in rice, reveals multiple sub-QTL JO - Genetics VL - 172 UR - https://doi.org/10.1534/genetics.105.050500 DO - 10.1534/genetics.105.050500 ID - Thomson2006 ER - TY - JOUR AU - Yonemaru, J. I. AU - Yamamoto, T. AU - Fukuoka, S. AU - Uga, Y. AU - Hori, K. AU - Yano, M. PY - 2010 DA - 2010// TI - Q-TARO: QTL Annotation Rice Online Database JO - Rice (N Y) VL - 3 ID - Yonemaru2010 ER - TY - JOUR AU - Yamamoto, E. AU - Yonemaru, J. AU - Yamamoto, T. AU - Yano, M. PY - 2012 DA - 2012// TI - OGRO: the Overview of functionally characterized Genes in Rice online database JO - Rice (N Y) VL - 5 ID - Yamamoto2012 ER - TY - JOUR AU - Jiang, C. AU - Zeng, Z. B. PY - 1995 DA - 1995// TI - Multiple trait analysis of genetic mapping for quantitative trait loci JO - Genetics VL - 140 ID - Jiang1995 ER - TY - JOUR AU - Kao, C. H. AU - Zeng, Z. B. AU - Teasdale, R. D. PY - 1999 DA - 1999// TI - Multiple interval mapping for quantitative trait loci JO - Genetics VL - 152 ID - Kao1999 ER - TY - JOUR AU - Li, H. AU - Bradbury, P. AU - Ersoz, E. AU - Buckler, E. S. AU - Wang, J. PY - 2011 DA - 2011// TI - Joint QTL linkage mapping for multiple-cross mating design sharing one common parent JO - PLoS One VL - 6 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0017573 DO - 10.1371/journal.pone.0017573 ID - Li2011 ER - TY - JOUR AU - Ronin, Y. I. AU - Korol, A. B. AU - Nevo, E. PY - 1999 DA - 1999// TI - Single- and multiple-trait mapping analysis of linked quantitative trait loci. Some asymptotic analytical approximations JO - Genetics VL - 151 ID - Ronin1999 ER - TY - JOUR AU - Mayer, M. PY - 2005 DA - 2005// TI - A comparison of regression interval mapping and multiple interval mapping for linked QTL JO - Heredity VL - 94 UR - https://doi.org/10.1038/sj.hdy.6800667 DO - 10.1038/sj.hdy.6800667 ID - Mayer2005 ER - TY - JOUR AU - Kao, C. H. AU - Zeng, M. H. PY - 2010 DA - 2010// TI - An investigation of the power for separating closely linked QTL in experimental populations JO - Genet Res VL - 92 UR - https://doi.org/10.1017/S0016672310000273 DO - 10.1017/S0016672310000273 ID - Kao2010 ER - TY - JOUR AU - Li, H. AU - Hearne, S. AU - Bänziger, M. AU - Li, Z. AU - Wang, J. PY - 2010 DA - 2010// TI - Statistical properties of QTL linkage mapping in biparental genetic populations JO - Heredity (Edinb) VL - 105 UR - https://doi.org/10.1038/hdy.2010.56 DO - 10.1038/hdy.2010.56 ID - Li2010 ER - TY - JOUR AU - Valdar, W. AU - Flint, J. AU - Mott, R. PY - 2006 DA - 2006// TI - Simulating the collaborative cross: power of quantitative trait loci detection and mapping resolution in large sets of recombinant inbred strains of mice JO - Genetics VL - 172 UR - https://doi.org/10.1534/genetics.104.039313 DO - 10.1534/genetics.104.039313 ID - Valdar2006 ER - TY - JOUR AU - Harushima, Y. AU - Yano, M. AU - Shomura, A. AU - Sato, M. AU - Shimano, T. AU - Kuboki, Y. AU - Yamamoto, T. AU - Lin, S. Y. AU - Antonio, B. A. AU - Parco, A. AU - Kajiya, H. AU - Huang, N. AU - Yamamoto, K. AU - Nagamura, Y. AU - Kurata, N. AU - Khush, G. S. AU - Sasaki, T. PY - 1998 DA - 1998// TI - A high-density rice genetic linkage map with 2275 markers using a single F2 population JO - Genetics VL - 148 ID - Harushima1998 ER - TY - JOUR AU - Arends, D. AU - Prins, P. AU - Jansen, R. C. AU - Broman, K. W. PY - 2010 DA - 2010// TI - R/qtl: high-throughput multiple QTL mapping JO - Bioinformatics VL - 26 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btq565 DO - 10.1093/bioinformatics/btq565 ID - Arends2010 ER - TY - JOUR AU - Stephenson, A. PY - 2003 DA - 2003// TI - evd: extreme value distributions JO - R News VL - 2 ID - Stephenson2003 ER - TY - JOUR AU - Darvasi, A. AU - Soller, M. PY - 1995 DA - 1995// TI - Advanced intercross lines, an experimental population for fine genetic mapping JO - Genetics VL - 141 ID - Darvasi1995 ER - TY - JOUR AU - Gong, J. AU - Zheng, H. AU - Wu, Z. AU - Chen, T. AU - Zhao, X. PY - 2009 DA - 2009// TI - Genome shuffling: progress and applications for phenotype improvement JO - Biotechnol Adv VL - 27 UR - https://doi.org/10.1016/j.biotechadv.2009.05.016 DO - 10.1016/j.biotechadv.2009.05.016 ID - Gong2009 ER - TY - JOUR AU - Zhang, Y. X. AU - Perry, K. AU - Vinci, V. A. AU - Powell, K. AU - Stemmer, W. P. AU - del Cardayré, S. B. PY - 2002 DA - 2002// TI - Genome shuffling leads to rapid phenotypic improvement in bacteria JO - Nature VL - 415 UR - https://doi.org/10.1038/415644a DO - 10.1038/415644a ID - Zhang2002 ER - TY - JOUR AU - Zhao, K. AU - Wright, M. AU - Kimball, J. AU - Eizenga, G. AU - McClung, A. AU - Kovach, M. AU - Tyagi, W. AU - Ali, M. L. AU - Tung, C. W. AU - Reynolds, A. AU - Bustamante, C. D. AU - McCouch, S. R. PY - 2010 DA - 2010// TI - Genomic diversity and introgression in O. sativa reveal the impact of domestication and breeding on the rice genome JO - PLoS One VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0010780 DO - 10.1371/journal.pone.0010780 ID - Zhao2010 ER - TY - JOUR AU - Ebana, K. AU - Yonemaru, J. I. AU - Fukuoka, S. AU - Iwata, H. AU - Kanamori, H. AU - Namiki, N. AU - Nagasaki, H. AU - Yano, M. PY - 2010 DA - 2010// TI - Genetic structure revealed by a whole-genome single-nucleotide polymorphism survey of diverse accessions of cultivated Asian rice (Oryza sativa L.) JO - Breed Sci VL - 60 UR - https://doi.org/10.1270/jsbbs.60.390 DO - 10.1270/jsbbs.60.390 ID - Ebana2010 ER - TY - JOUR AU - McCouch, S. R. AU - Zhao, K. AU - Wright, M. AU - Tung, C. W. AU - Ebana, K. AU - Thomson, M. AU - Reynolds, A. AU - Wang, D. AU - DeClerck, G. AU - Ali, M. L. AU - McClung, A. AU - Eizenga, G. AU - Bustamante, C. PY - 2010 DA - 2010// TI - Development of genome-wide SNP assays for rice JO - Breed Sci VL - 60 UR - https://doi.org/10.1270/jsbbs.60.524 DO - 10.1270/jsbbs.60.524 ID - McCouch2010 ER - TY - JOUR AU - McNally, K. L. AU - Childs, K. L. AU - Bohnert, R. AU - Davidson, R. M. AU - Zhao, K. AU - Ulat, V. J. AU - Zeller, G. AU - Clark, R. M. AU - Hoen, D. R. AU - Bureau, T. E. AU - Stokowski, R. AU - Ballinger, D. G. AU - Frazer, K. A. AU - Cox, D. R. AU - Padhukasahasram, B. AU - Bustamante, C. D. AU - Weigel, D. AU - Mackill, D. J. AU - Bruskiewich, R. M. AU - Rätsch, G. AU - Buell, C. R. AU - Leung, H. AU - Leach, J. E. PY - 2009 DA - 2009// TI - Genomewide SNP variation reveals relationships among landraces and modern varieties of rice JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 106 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0900992106 DO - 10.1073/pnas.0900992106 ID - McNally2009 ER - TY - JOUR AU - Nagasaki, H. AU - Ebana, K. AU - Shibaya, T. AU - Yonemaru, J. I. AU - Yano, M. PY - 2010 DA - 2010// TI - Core single-nucleotide polymorphisms—a tool for genetic analysis of the Japanese rice population JO - Breed Sci VL - 60 UR - https://doi.org/10.1270/jsbbs.60.648 DO - 10.1270/jsbbs.60.648 ID - Nagasaki2010 ER - TY - JOUR AU - Yamamoto, T. AU - Nagasaki, H. AU - Yonemaru, J. AU - Ebana, K. AU - Nakajima, M. AU - Shibaya, T. AU - Yano, M. PY - 2010 DA - 2010// TI - Fine definition of the pedigree haplotypes of closely related rice cultivars by means of genome-wide discovery of single-nucleotide polymorphisms JO - BMC Genomics VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-11-267 DO - 10.1186/1471-2164-11-267 ID - Yamamoto2010 ER - TY - JOUR AU - Huang, X. AU - Kurata, N. AU - Wei, X. AU - Wang, Z. X. AU - Wang, A. AU - Zhao, Q. AU - Zhao, Y. AU - Liu, K. AU - Lu, H. AU - Li, W. AU - Guo, Y. AU - Lu, Y. AU - Zhou, C. AU - Fan, D. AU - Weng, Q. AU - Zhu, C. AU - Huang, T. AU - Zhang, L. AU - Wang, Y. AU - Feng, L. AU - Furuumi, H. AU - Kubo, T. AU - Miyabayashi, T. AU - Yuan, X. AU - Xu, Q. AU - Dong, G. AU - Zhan, Q. AU - Li, C. AU - Fujiyama, A. AU - Toyoda, A. PY - 2012 DA - 2012// TI - A map of rice genome variation reveals the origin of cultivated rice JO - Nature VL - 490 UR - https://doi.org/10.1038/nature11532 DO - 10.1038/nature11532 ID - Huang2012 ER -