Skip to main content

Table 7 Physical mapping of candidate genes

From: Development of SNP markers for genes of the phenylpropanoid pathway and their association to kernel and malting traits in barley

Gene fragment

Best blastN hits

Chromosome

Score

E value

PAL_1

morex_contig_46437

2HL

1061

0.0

 

morex_contig_40780

2HL

841

0.0

 

morex_contig_8668

2HL

810

0.0

 

morex_contig_103333

2HS

673

0.0

 

morex_contig_52512

6HL

664

0.0

 

morex_contig_135397

6HL

598

8e-169

 

morex_contig_49473

6HL

554

9e-156

 

morex_contig_1944918

2HS

533

3e-149

 

morex_contig_244188

1H

452

8e-125

 

morex_contig_138406

3HS

370

2e-100

 

morex_contig_2558942

1H

172

1e-40

PAL_2

morex_contig_46437

2HL

1050

0.0

 

morex_contig_8668

2HL

848

0.0

 

morex_contig_103333

2HS

722

0.0

 

morex_contig_52512

6HL

717

0.0

 

morex_contig_135397

6HL

645

0.0

 

morex_contig_49473

6HL

587

2e-165

 

morex_contig_2558942

1H

513

3e-143

 

morex_contig_138406

3HS

497

2e-138

 

morex_contig_281235

2HL

468

1e-129

 

morex_contig_40780

2HL

410

2e-112

 

morex_contig_1586542

2HS

370

2e-100

 

morex_contig_1944918

2HS

288

2e-75

 

morex_contig_244188

1H

170

4e-40

C4H_1

morex_contig_135422

3HL

877

0.0

C4H_4

morex_contig_135422

3HL

1178

0.0

 

morex_contig_57093

7HL

416

6e-114

 

morex_contig_54181

3HS

361

1e-97

 

morex_contig_1569145

1H

333

6e-89

CHS_1

morex_contig_127876

1H

455

3e-126

 

morex_contig_45546

1H

300

1e-79

 

morex_contig_140601

2HS

181

8e-44

 

morex_contig_65180

2HL

172

4e-41

 

morex_contig_48619

2HS

165

6e-39

 

morex_contig_359532

1H

154

1e-35

CHS_2

morex_contig_127876

1H

457

7e-127

 

morex_contig_45546

1H

277

1e-72

 

morex_contig_359532

1H

242

3e-62

 

morex_contig_65180

2HL

141

7e-32

 

morex_contig_48619

2HS

141

7e-32

 

morex_contig_140601

2HS

136

3e-30

CHS_GM290

morex_contig_127876

1H

1150

0.0

 

morex_contig_45546

1H

798

0.0

 

morex_contig_65180

2HL

605

6e-171

 

morex_contig_140601

2HS

578

8e-163

 

morex_contig_48619

2HS

533

3e-149

 

morex_contig_38618

1H

178

3e-42

 

morex_contig_359532

1H

138

2e-30

 

morex_contig_37159

6HL

120

7e-25

CHS_GM293

morex_contig_45546

1H

839

0.0

 

morex_contig_127876

1H

605

4e-171

 

morex_contig_65180

2HL

488

9e-136

 

morex_contig_140601

2HS

452

6e-125

 

morex_contig_48619

2HS

412

5e-113

 

morex_contig_359532

1H

217

2e-54

 

morex_contig_96161

-

156

7e-36

 

morex_contig_37159

6HL

150

3e-34

 

morex_contig_38618

1H

143

4e-32

CHS_GM287

bowman_contig_128263

6HL

571

6e-161

 

morex_contig_96161

-

571

6e-161

 

morex_contig_42645

4HS

188

7e-46

F3H_1

morex_contig_48553

2HL

495

1e-137

 

morex_contig_52807

1H

421

2e-115

 

morex_contig_48831

2HL

408

1e-111

 

morex_contig_367028

4HL

365

1e-98

 

morex_contig_47538

7HS

361

1e-97

 

morex_contig_1562556

7HL

318

2e-84

F3H_GM022

morex_contig_48553

2HL

931

0.0

DFR_1

morex_contig_50663

3HL

874

0.0

 

morex_contig_90563

6HL

352

5e-95

 

morex_contig_77596

6HL

320

3e-85

DFR_4

morex_contig_50663

3HL

1442

0.0

 

morex_contig_90563

6HL

875

0.0

 

morex_contig_77596

6HL

830

0.0

  1. Blast N was used to anchor the genomic PCR fragments onto the sequence of barley.