Table 9 Means (SD) of LSE for three allele-coding models regarding the two-locus genotypic values

True

41.68

-5.81

4.03

-20.03

0.29

-10

D₁ = D₂ = 0, σ² = 0

41.68(0.04)

-5.81(0.06)

4.03(0.06)

-20.03(0.14)

0.29(0.09)

-10.00(0.08)

0.37(0.01)

D₁ = D₂ = 0, σ² = 286

41.69(1.07)

-5.83(1.61)

4.03(1.44)

-20.00(3.79)

0.27(2.85)

-9.99(2.43)

286.58(12.82)

True

41.55

-5.74

4.21

-20.04

0.09

-10.06

D₁ = 0, D₂ = 0.03, σ² = 0

41.55(0.04)

-5.74(0.06)

4.21(0.06)

-20.04(0.14)

0.09(0.09)

-10.06(0.08)

0.36(0.01)

D₁ = 0, D₂ = 0.03, σ² = 286

41.54(1.07)

-5.74(1.61)

4.23(1.45)

-20.09(3.81)

0.07(2.83)

-10.09(2.43)

286.27(12.94)

Two-locus model - no epistases

μ

α ₁₁

α ₁₂

δ ₁₁₁

δ ₁₂₂

δ ₁₁₂

α ₂₁

True

41.88

-5.81

4.03

-20.03

0.29

-10

0.64

D₁ = D₂ = 0, σ² = 0

41.88(0.02)

-5.81(0.01)

4.03(0.01)

-20.03(0.01)

0.29(0.05)

-10.00(0.02)

0.64(0.02)

D₁ = D₂ = 0, σ² = 286

41.91(2.88)

-5.82(1.61)

4.03(1.44)

-19.99(3.79)

0.27(2.85)

-9.99(2.43)

0.63(2.90)

δ ₂₁₁

σ ²

-1.92

-1.92(0.03)

0.024(0.002)

-1.92(3.41)

285.64(12.79)

True

41.85

-5.80

4.06

-20.04

0.14

-10.04

0.65

D₁ = 0, D₂ = 0.03, σ² = 0

41.85(0.02)

-5.80(0.01)

4.06(0.01)

-20.04(0.01)

0.14(0.05)

-10.04(0.02)

0.65(0.02)

D₁ = 0, D₂ = 0.03, σ² = 286

41.87(2.94)

-5.80(1.61)

4.07(1.45)

-20.09(3.81)

0.12(2.83)

-10.07(2.43)

0.62(2.88)

δ ₂₁₁

σ ²

-1.92

-1.92(0.03)

0.02(0.00)

-1.88(3.38)

285.36(12.94)

Two-locus model with epistases

μ

α ₁₁

α ₁₂

δ ₁₁₁

δ ₁₂₂

δ ₁₁₂

α ₂₁

True

42

-6

4

-20

0

-10

0.6

D₁ = D₂ = 0, σ² = 0

42.00(0.00)

-6.00(0.00)

4.00(0.00)

-20.00(0.00)

0.00(0.00)

-10.00(0.00)

0.60(0.00)

D₁ = D₂ = 0, σ² = 286

41.92(5.73)

-5.99(8.65)

4.04(7.67)

-19.79(19.86)

-0.04(15.62)

-9.82(13.54)

0.66(6.04)

D₁ = 0, D₂ = 0.03, σ² = 0

42.00(0.00)

-6.00(0.00)

4.00(0.00)

-20.00(0.00)

0.00(0.00)

-10.00(0.00)

0.60(0.00)

D₁ = 0, D₂ = 0.03, σ² = 286

42.24(8.60)

-6.11(11.83)

3.66(10.05)

-20.04(22.95)

0.51(14.85)

-9.77(14.64)

0.38(8.86)

δ ₂₁₁

(α₁₁α₂₁)

(α₁₂α₂₁)

(δ₁₁₁α₂₁)

(δ₁₂₂α₂₁)

(δ₁₁₂α₂₁)

(α₁₁δ₂₁₁)

-2

0.2

0.1

-0.1

-0.5

-0.4

-0.2

-2.00(0.00)

0.20(0.00)

0.10(0.00)

-0.10(0.00)

-0.50(0.00)

-0.40(0.00)

-0.20(0.00)

-2.05(6.99)

0.23(9.12)

0.07(8.08)

-0.35(20.98)

-0.47(16.35)

-0.65(14.30)

-0.29(10.58)

-2.00(0.00)

0.20(0.00)

0.10(0.00)

-0.10(0.00)

-0.50(0.00)

-0.40(0.00)

-0.20(0.00)

-1.80(9.71)

0.24(12.24)

0.39(10.44)

-0.03(24.03)

-0.94(15.63)

-0.52(15.27)

-0.15(13.52)

(α₁₂δ₂₁₁)

(δ₁₁₁δ₂₁₁)

(δ₁₂₂δ₂₁₁)

(δ₁₁₂δ₂₁₁)

σ ²

-0.2

0.2

1.7

1

-0.20(0.00)

0.20(0.00)

1.70(0.00)

1.00(0.00)

0.00(0.00)

-0.18(9.39)

0.55(24.51)

1.70(18.94)

1.35(16.46)

282.45(12.83)

-0.20(0.00)

0.20(0.00)

1.70(0.00)

1.00(0.00)

0.00(0.00)

-0.44(11.64)

0.07(27.44)

2.11(18.14)

0.98(17.29)

282.81(12.74)