Skip to main content

Table 3 The empirical Bayesian estimates of the top 66 marker (main) effects and marker pair (epistatic) effects.

From: Genomic value prediction for quantitative traits under the epistatic model

Marker 1 Marker 2 Variance Effect StdErr LOD p- value H
M3 M39 0.5519 0.7409 0.0476 52.60 0.0000 0.0648
M1 M26 0.4070 0.6365 0.0479 38.29 0.0000 0.0469
M7 M35 0.2960 -0.5417 0.0460 30.06 0.0000 0.0324
M1 M56 0.2342 -0.4832 0.0453 24.66 0.0000 0.0286
M1 M11 0.2163 0.4633 0.0446 23.42 0.0000 0.0263
M37 M59 0.1847 0.4280 0.0414 23.23 0.0000 0.0230
M7 M50 0.2234 -0.4710 0.0456 23.11 0.0000 0.0262
M1 M8 0.1722 -0.4127 0.0412 21.78 0.0000 0.0214
M4 M55 0.2026 -0.4468 0.0454 20.99 0.0000 0.0231
M8 M65 0.1768 0.4174 0.0436 19.87 0.0000 0.0223
M4 M22 0.1574 0.3950 0.0413 19.85 0.0000 0.0194
M11 M24 0.1484 0.3826 0.0414 18.51 0.0000 0.0189
M12 M42 0.1273 -0.3549 0.0385 18.39 0.0000 0.0157
M20 M24 0.1551 -0.3913 0.0426 18.32 0.0000 0.0194
M18 M80 0.1854 -0.4284 0.0475 17.67 0.0000 0.0215
M13 M34 0.1437 0.3772 0.0422 17.34 0.0000 0.0185
M13 M68 0.1175 0.3407 0.0387 16.82 0.0000 0.0156
M3 M70 0.1521 0.3866 0.0451 15.94 0.0000 0.0183
M5 M22 0.1252 0.3515 0.0418 15.37 0.0000 0.0153
M4 M79 0.1377 0.3681 0.0445 14.82 0.0000 0.0167
M4 M36 0.1016 0.3166 0.0395 13.91 0.0000 0.0120
M1 M16 0.1602 0.3975 0.0499 13.74 0.0000 0.0192
M8 M33 0.0941 -0.3046 0.0409 12.04 0.0000 0.0121
M2 M9 0.0920 0.3002 0.0434 10.37 0.0000 0.0105
M12 M24 0.0799 0.2789 0.0413 9.91 0.0000 0.0101
M27 M36 0.0748 0.2701 0.0420 8.97 0.0000 0.0094
M1 M45 0.0741 0.2695 0.0420 8.93 0.0000 0.0090
M33 M50 0.0682 0.2575 0.0435 7.61 0.0000 0.0087
M9 M19 0.0696 -0.2599 0.0443 7.46 0.0000 0.0089
M12 M71 0.0563 0.2338 0.0404 7.28 0.0000 0.0066
M8 M56 0.0630 0.2465 0.0434 7.01 0.0000 0.0077
M11 M26 0.0696 0.2596 0.0483 6.27 0.0000 0.0077
M7 M27 0.0702 -0.2605 0.0499 5.92 0.0000 0.0081
M1 M52 0.0558 -0.2322 0.0451 5.76 0.0000 0.0061
M28 M63 0.0500 0.2187 0.0437 5.43 0.0000 0.0061
M34 M38 0.0506 0.2203 0.0449 5.22 0.0000 0.0059
M53 M79 0.0520 -0.2232 0.0461 5.08 0.0000 0.0059
M39 M45 0.0495 0.2178 0.0451 5.05 0.0000 0.0055
M9 M80 0.0380 -0.1907 0.0407 4.76 0.0000 0.0043
M1 M17 0.0446 -0.2069 0.0442 4.75 0.0000 0.0051
M25 M80 0.0367 -0.1869 0.0411 4.48 0.0000 0.0042
M15 M21 0.0408 -0.1971 0.0449 4.18 0.0000 0.0051
M1 M22 0.0417 -0.1987 0.0471 3.86 0.0000 0.0050
M2 M10 0.0288 0.1643 0.0394 3.78 0.0000 0.0032
M5 M27 0.0330 -0.1769 0.0436 3.57 0.0001 0.0040
M14 M26 0.0347 -0.1810 0.0447 3.55 0.0001 0.0040
M5 M38 0.0232 -0.1454 0.0442 2.35 0.0010 0.0025
M11 M18 0.0217 -0.1408 0.0446 2.16 0.0016 0.0025
M2 M37 0.0240 -0.1480 0.0469 2.16 0.0016 0.0024
M13 M58 0.0193 0.1321 0.0428 2.07 0.0020 0.0023
M25 M53 0.0176 -0.1259 0.0421 1.94 0.0028 0.0019
M44 M80 0.0193 0.1305 0.0474 1.65 0.0059 0.0018
M22 M27 0.0132 -0.1074 0.0404 1.53 0.0079 0.0015
M10 M22 0.0136 0.1086 0.0411 1.51 0.0083 0.0016
M22 M24 0.0098 0.0921 0.0363 1.39 0.0112 0.0011
M1 M77 0.0135 -0.1061 0.0453 1.19 0.0193 0.0013
M71 M76 0.0105 -0.0930 0.0425 1.04 0.0288 0.0010
M29 M48 0.0071 0.0738 0.0415 0.68 0.0759 0.0007
M6 M67 0.0049 -0.0604 0.0364 0.60 0.0976 0.0005
M20 M45 0.0057 0.0639 0.0401 0.55 0.1114 0.0005
M1 M6 0.0037 -0.0509 0.0344 0.48 0.1385 0.0003
M22 M66 0.0035 0.0475 0.0359 0.38 0.1858 0.0003
M19 M47 0.0029 0.0419 0.0337 0.33 0.2141 0.0002
M50 M76 0.0027 0.0396 0.0338 0.30 0.2410 0.0002
M62 M68 0.0021 -0.0338 0.0316 0.25 0.2847 0.0002
M22 M23 0.0027 0.0375 0.0359 0.24 0.2964 0.0002
  1. The last column (H) gives the proportion of phenotypic variance contributed by each effect. The effects are sorted based on their LOD scores.