TY - JOUR AU - Pinard-Van Der Laan, M. H. AU - Monvoisin, J. L. AU - Pery, P. AU - Hamet, N. AU - Thomas, M. PY - 1998 DA - 1998// TI - Comparison of outbred lines of chickens for resistance to experimental infection with coccidiosis (Eimeria tenella) JO - Poul Sci VL - 77 UR - https://doi.org/10.1093/ps/77.2.185 DO - 10.1093/ps/77.2.185 ID - Pinard-Van Der Laan1998 ER - TY - JOUR AU - Hillel, J. AU - Groenen, M. A. M. AU - Tixier-Boichard, M. AU - Korol, A. B. AU - David, L. AU - Kirzhner, V. M. AU - Burke, T. AU - Barre-Dirie, A. AU - Crooijmans, R. P. M. A. AU - Elo, K. AU - Feldman, M. W. AU - Freidlin, P. J. AU - Mäki-Tanila, A. AU - Oortwijn, M. AU - Thomson, P. AU - Vignal, A. AU - Wimmers, K. AU - Weigend, S. PY - 2003 DA - 2003// TI - Biodiversity of 52 chicken populations assessed by microsatellite typing of DNA pools JO - Genet Sel Evol VL - 35 UR - https://doi.org/10.1186/1297-9686-35-6-533 DO - 10.1186/1297-9686-35-6-533 ID - Hillel2003 ER - TY - JOUR AU - Muchadeyi, F. C. AU - Eding, H. AU - Wollny, C. B. A. AU - Groeneveld, E. AU - Makusa, S. M. AU - Shamseldin, R. AU - Simianer, H. AU - Weigend, S. PY - 2007 DA - 2007// TI - Absence of population substructuring in Zimbabwe chicken ecotypes inferred using microsatellites analysis JO - Anim Genet VL - 38 UR - https://doi.org/10.1111/j.1365-2052.2007.01606.x DO - 10.1111/j.1365-2052.2007.01606.x ID - Muchadeyi2007 ER - TY - JOUR AU - Berthouly, C. AU - Bed'Hom, B. AU - Tixier-Boichard, M. AU - Chen, C. F. AU - Lee, Y. P. AU - Laloë, D. AU - Legros, H. AU - Verrier, E. AU - Rognon, X. PY - 2008 DA - 2008// TI - Using molecular and multivariate methods to study the genetic diversity of local European and Asian chickens breeds JO - Anim Genet VL - 39 UR - https://doi.org/10.1111/j.1365-2052.2008.01703.x DO - 10.1111/j.1365-2052.2008.01703.x ID - Berthouly2008 ER - TY - JOUR AU - Granevitze, Z. AU - Hillel, J. AU - Chen, G. H. AU - Cuc, N. T. K. AU - Feldman, M. AU - Eding, H. AU - Weigend, S. PY - 2007 DA - 2007// TI - Genetic diversity within chicken populations from different continents and management histories JO - Anim Genet VL - 38 UR - https://doi.org/10.1111/j.1365-2052.2007.01650.x DO - 10.1111/j.1365-2052.2007.01650.x ID - Granevitze2007 ER - TY - JOUR AU - Fumihito, A. AU - Miyake, T. AU - Sumi, S. AU - Takada, M. AU - Ohno, S. AU - Kondo, N. PY - 1994 DA - 1994// TI - One subspecies of the red Junglefowl (Gallus gallus gallus) suffices as the matriarchic ancestor of all domestic breeds JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 91 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.91.26.12505 DO - 10.1073/pnas.91.26.12505 ID - Fumihito1994 ER - TY - JOUR AU - Liu, Y. P. AU - Wu, G. S. AU - Yao, Y. G. AU - Miao, Y. W. AU - Luikart, G. AU - Baig, M. AU - Beja-Pereira, A. AU - Ding, Z. L. AU - Palanichamy, M. G. AU - Zhang, Y. P. PY - 2006 DA - 2006// TI - Multiple maternal origins of chickens: out of the Asian jungles JO - Mol Phylogenet Evol VL - 38 UR - https://doi.org/10.1016/j.ympev.2005.09.014 DO - 10.1016/j.ympev.2005.09.014 ID - Liu2006 ER - TY - JOUR AU - Eriksson, J. AU - Larson, G. AU - Gunnarsson, U. AU - Bed'hom, B. AU - Tixier-Boichard, M. AU - Strömstedt, L. AU - Wright, D. AU - Jungerius, A. AU - Vereijken, A. AU - Randi, E. AU - Jensen, P. AU - Andersson, L. PY - 2008 DA - 2008// TI - Identification of the yellow skin gene reveals a hybrid origin of the domestic chicken JO - PLoS Genet VL - 4 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1000010 DO - 10.1371/journal.pgen.1000010 ID - Eriksson2008 ER - TY - JOUR AU - Oka, T. AU - Ino, Y. AU - Nomura, K. AU - Kawashima, S. AU - Kuwayama, T. AU - Hanasa, H. AU - Amano, T. AU - Takada, M. AU - Takahata, N. AU - Hayashi, Y. AU - Akishinonomiva, F. PY - 2007 DA - 2007// TI - Analysis of mtDNA sequences shows Japanese native chickens have multiple origins JO - Anim Genet VL - 38 UR - https://doi.org/10.1111/j.1365-2052.2007.01604.x DO - 10.1111/j.1365-2052.2007.01604.x ID - Oka2007 ER - TY - JOUR AU - Silva, P. AU - Guan, X. AU - Ho-Shing, O. AU - Jones, J. AU - Xu, J. AU - Hui, D. AU - Notter, D. AU - Smith, E. PY - 2009 DA - 2009// TI - Mitochondrial DNA-based analysis of genetic variation and relatedness among Sri Lankan indigenous chickens and the Ceylon junglefowl (Gallus lafayetti) JO - Anim Genet VL - 40 UR - https://doi.org/10.1111/j.1365-2052.2008.01783.x DO - 10.1111/j.1365-2052.2008.01783.x ID - Silva2009 ER - TY - JOUR AU - Kanginakudru, S. AU - Metta, M. AU - Jakati, R. D. AU - Nagarju, J. PY - 2008 DA - 2008// TI - Genetic evidence from Indian red jungle fowl corroborates multiple domestication of modern day chicken JO - BMC Evol Biol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2148-8-174 DO - 10.1186/1471-2148-8-174 ID - Kanginakudru2008 ER - TY - JOUR AU - Storey, A. A. AU - Ramírez, J. M. AU - Quiroz, D. AU - Burley, D. V. AU - Addison, D. J. AU - Walter, R. AU - Anderson, A. J. AU - Hunt, T. L. AU - Athens, J. S. AU - Huynen, L. AU - Matisoo-Smith, E. A. PY - 2007 DA - 2007// TI - Radiocarbon and DNA evidence for a pre-Columbian introduction of Polynesian chickens to Chile JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 104 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0703993104 DO - 10.1073/pnas.0703993104 ID - Storey2007 ER - TY - JOUR AU - Gongora, J. AU - Rawlence, J. N. AU - Mobegi, A. V. AU - Jianlin, H. AU - Alcalde, J. A. AU - Matus, J. T. AU - Hanotte, O. AU - Moran, C. AU - Austin, J. J. AU - Ulm, S. AU - Anderson, A. J. AU - Larson, G. AU - Cooper, A. PY - 2008 DA - 2008// TI - Indo-European and Asian origins for Chilean and Pacific chickens revealed by mtDNA JO - Proc Nat Acad Sci USA VL - 105 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0801991105 DO - 10.1073/pnas.0801991105 ID - Gongora2008 ER - TY - JOUR AU - Muchadeyi, F. C. AU - Eding, H. AU - Simianer, H. AU - Wollny, C. B. A. AU - Groneveld, E. AU - Weigend, S. PY - 2008 DA - 2008// TI - Mitochondrial DNA D-loop sequences suggest a Southeast Asian and Indian origin of Zimbabwean village chickens JO - Anim Genet VL - 39 UR - https://doi.org/10.1111/j.1365-2052.2008.01785.x DO - 10.1111/j.1365-2052.2008.01785.x ID - Muchadeyi2008 ER - TY - JOUR AU - Berthouly, C. AU - Leroy, G. AU - Nhu Van, T. AU - Hoang Thanh, H. AU - Bed'Hom, B. AU - Trong Nguyen, B. AU - Vu Ci, C. AU - Monicat, F. AU - Tixier-Boichard, M. AU - Verrier, E. AU - Maillard, J. C. AU - Rognon, X. PY - 2009 DA - 2009// TI - Genetic Analysis of local Vietnamese chickens provides evidence of gene flow from wild to domestic populations JO - BMC Genet VL - 10 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2156-10-1 DO - 10.1186/1471-2156-10-1 ID - Berthouly2009 ER - TY - JOUR AU - Hall, T. A. PY - 1999 DA - 1999// TI - BioEdit: a user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Windows 95/98/NT JO - Nucleic Acids Symp Ser VL - 41 ID - Hall1999 ER - TY - JOUR AU - Rozas, J. AU - Sánchez-DelBarrio, J. C. AU - Messeguer, X. AU - Rozas, R. PY - 2003 DA - 2003// TI - DnaSP, DNA polymorphism analyses by the coalescent and other methods JO - Bioinformatics VL - 19 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btg359 DO - 10.1093/bioinformatics/btg359 ID - Rozas2003 ER - TY - JOUR AU - Kimura, M. PY - 1980 DA - 1980// TI - A simple method for estimating evolutionary rates of base substitutions through comparative studies of nucleotide sequences JO - J Mol Evol VL - 16 UR - https://doi.org/10.1007/BF01731581 DO - 10.1007/BF01731581 ID - Kimura1980 ER - TY - JOUR AU - Excoffier, L. AU - Laval, G. AU - Schneider, S. PY - 2005 DA - 2005// TI - Arlequin (version 3.0): An integrated software package for population genetics data analysis JO - Evol Bioinform Online VL - 1 ID - Excoffier2005 ER - TY - CHAP PY - 2006 DA - 2006// BT - R: A Language and Environment for Statistical Computing PB - R foundation for Statistical Computing CY - Vienna, Austria ID - ref20 ER - TY - JOUR AU - Posada, D. AU - Crandall, K. A. PY - 1998 DA - 1998// TI - MODELTEST: testing the model of DNA substitution JO - Bioinformatics VL - 14 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/14.9.817 DO - 10.1093/bioinformatics/14.9.817 ID - Posada1998 ER - TY - JOUR AU - Akaike, H. PY - 1974 DA - 1974// TI - A new look at the statistical model identification JO - IEEE Trans Automat Contr VL - 19 UR - https://doi.org/10.1109/TAC.1974.1100705 DO - 10.1109/TAC.1974.1100705 ID - Akaike1974 ER - TY - JOUR AU - Guindon, S. AU - Gascuel, O. PY - 2003 DA - 2003// TI - A simple, fast and accurate algorithm to estimate large phylogenies by maximum likekihood JO - Syst Biol VL - 52 UR - https://doi.org/10.1080/10635150390235520 DO - 10.1080/10635150390235520 ID - Guindon2003 ER - TY - CHAP AU - Savina, F. M. PY - 1924 DA - 1924// BT - Histoire des Miao PB - Société des missions étrangères CY - Hong Kong ID - Savina1924 ER - TY - CHAP AU - Osborne, M. E. PY - 1997 DA - 1997// BT - Southeast Asia: an introductory history PB - NY CY - Ullin ID - Osborne1997 ER - TY - JOUR AU - West, B. AU - Zhou, B. X. PY - 1988 DA - 1988// TI - Did chickens go North? New evidence for domestication JO - J Archaeol Sci VL - 15 UR - https://doi.org/10.1016/0305-4403(88)90080-5 DO - 10.1016/0305-4403(88)90080-5 ID - West1988 ER - TY - CHAP AU - De Hoyo, J. AU - Elliot, A. AU - Sargatal, J. AU - Editions, L. y. n. x. PY - 1994 DA - 1994// TI - Handbook of the birds of the World BT - New World Vultures to Guineafowl ID - De Hoyo1994 ER - TY - CHAP AU - Chazara, O. AU - Minvielle, F. AU - Roux, D. AU - Bed'hom, B. AU - Feve, K. AU - Coville, J. L. AU - Kayang, B. B. AU - Lumineau, S. AU - Vignal, A. AU - Boutin, J. M. AU - Rognon, X. PY - 2009 DA - 2009// TI - Evidence for introgressive hybridization of wild common quail (Coturnix coturnix) by domesticated Japanese quail (Coturnix japonica) in France BT - Conserv Genet ID - Chazara2009 ER - TY - JOUR AU - Smith, G. J. D. AU - Vijaykrishna, D. AU - Bahl, J. AU - Samantha, J. AU - Lycett, S. J. AU - Worobey, M. AU - Pybus, O. G. AU - Ma, S. K. AU - Cheung, C. L. AU - Raghwani, J. AU - Bhatt, S. AU - Peiris, J. S. M. AU - Guan, Y. i. AU - Rambaut, A. PY - 2009 DA - 2009// TI - Origins and evolutionary genomics of the 2009 swine-origin H1N1 influenza A epidemic JO - Nature VL - 459 UR - https://doi.org/10.1038/nature08182 DO - 10.1038/nature08182 ID - Smith2009 ER -