Skip to main content

Table 1 Paired Fst values using 93 AIMs and random sets of 3500 SNPsa

From: An ancestry informative marker set for determining continental origin: validation and extension using human genome diversity panels

  CHB YAK FIL AJA IRISH SWED PAL MAYA COL PYG YRI BAL BUR KAL UYG MEL PAP
CHB b   0.040 0.012 0.260 0.311 0.310 0.246 0.223 0.191 0.461 0.470 0.176 0.142 0.221 0.074 0.147 0.186
YAK 0.029   0.040 0.198 0.249 0.247 0.187 0.268 0.224 0.503 0.506 0.118 0.083 0.153 0.041 0.152 0.162
FIL 0.014 0.043   0.234 0.285 0.289 0.219 0.248 0.217 0.440 0.452 0.149 0.110 0.199 0.062 0.124 0.153
AJA 0.108 0.087 0.106   0.014 0.017 0.014 0.459 0.450 0.487 0.504 0.027 0.061 0.035 0.091 0.250 0.234
IRISH 0.112 0.089 0.111 0.011   0.007 0.033 0.492 0.493 0.520 0.539 0.059 0.096 0.069 0.129 0.308 0.294
SWED 0.109 0.087 0.108 0.012 0.002   0.030 0.492 0.492 0.527 0.467 0.069 0.102 0.066 0.129 0.317 0.302
PAL 0.111 0.091 0.108 0.010 0.019 0.020   0.459 0.443 0.467 0.484 0.022 0.051 0.051 0.084 0.240 0.236
MAYA 0.109 0.104 0.119 0.133 0.131 0.128 0.140   0.030 0.598 0.602 0.398 0.380 0.432 0.308 0.408 0.415
COL 0.125 0.120 0.137 0.146 0.143 0.141 0.152 0.035   0.672 0.661 0.373 0.352 0.420 0.268 0.407 0.415
PYG 0.217 0.214 0.221 0.173 0.184 0.182 0.160 0.260 0.276   0.031 0.471 0.503 0.511 0.496 0.481 0.497
YRI 0.191 0.186 0.192 0.146 0.159 0.156 0.133 0.232 0.247 0.048   0.483 0.497 0.522 0.504 0.477 0.495
BAL 0.093 0.074 0.091 0.018 0.021 0.021 0.016 0.125 0.136 0.168 0.138   0.013 0.014 0.040 0.176 0.169
BUR 0.082 0.065 0.083 0.027 0.030 0.029 0.027 0.122 0.136 0.183 0.152 0.008   0.041 0.017 0.170 0.172
KAL 0.116 0.100 0.116 0.047 0.046 0.044 0.049 0.145 0.159 0.201 0.172 0.035 0.040   0.065 0.233 0.226
UYG 0.035 0.028 0.042 0.035 0.035 0.034 0.036 0.095 0.109 0.182 0.152 0.021 0.017 0.049   0.141 0.158
MEL 0.139 0.149 0.140 0.153 0.157 0.155 0.156 0.208 0.232 0.259 0.232 0.146 0.146 0.169 0.130   0.088
PAP 0.170 0.177 0.175 0.169 0.173 0.170 0.172 0.228 0.258 0.271 0.245 0.164 0.168 0.186 0.155 0.105  
  1. a. The Paired Fst value were determined using the Weir and Cockerham algorithm [9]. Above the diagonal of identity the Fst values were determined using the 93 SNP AIMs. Below the diagonal is the mean determined from three nonoverlapping sets of 3500 SNPs.
  2. b. Population group abreviations included Chinese from Beijing (CHB) from HapMap data, Yakut (YAK), Filipino (FIL), Ashkenazi American (AJA), Swedish (SWED), Maya (MAYA), Palestinian (PAL), Columbian (COL), Mbuti Pygmy (PYG), YRI (Yorubon, HapMap data), Balochi (BAL), Burusho (BUR), Kalash (KAL), Uygur (UYG), Melanesian (MEL) and Papuan (PAP).