An ancestry informative marker set for determining continental origin: validation and extension using human genome diversity panels

Nassir, Rami; Kosoy, Roman; Tian, Chao; White, Phoebe A; Butler, Lesley M; Silva, Gabriel; Kittles, Rick; Alarcon-Riquelme, Marta E; Gregersen, Peter K; Belmont, John W; De La Vega, Francisco M; Seldin, Michael F

doi:10.1186/1471-2156-10-39

Table 1 Paired F_st values using 93 AIMs and random sets of 3500 SNPs^a

From: An ancestry informative marker set for determining continental origin: validation and extension using human genome diversity panels

	CHB	YAK	FIL	AJA	IRISH	SWED	PAL	MAYA	COL	PYG	YRI	BAL	BUR	KAL	UYG	MEL	PAP
CHB ^b		0.040	0.012	0.260	0.311	0.310	0.246	0.223	0.191	0.461	0.470	0.176	0.142	0.221	0.074	0.147	0.186
YAK	0.029		0.040	0.198	0.249	0.247	0.187	0.268	0.224	0.503	0.506	0.118	0.083	0.153	0.041	0.152	0.162
FIL	0.014	0.043		0.234	0.285	0.289	0.219	0.248	0.217	0.440	0.452	0.149	0.110	0.199	0.062	0.124	0.153
AJA	0.108	0.087	0.106		0.014	0.017	0.014	0.459	0.450	0.487	0.504	0.027	0.061	0.035	0.091	0.250	0.234
IRISH	0.112	0.089	0.111	0.011		0.007	0.033	0.492	0.493	0.520	0.539	0.059	0.096	0.069	0.129	0.308	0.294
SWED	0.109	0.087	0.108	0.012	0.002		0.030	0.492	0.492	0.527	0.467	0.069	0.102	0.066	0.129	0.317	0.302
PAL	0.111	0.091	0.108	0.010	0.019	0.020		0.459	0.443	0.467	0.484	0.022	0.051	0.051	0.084	0.240	0.236
MAYA	0.109	0.104	0.119	0.133	0.131	0.128	0.140		0.030	0.598	0.602	0.398	0.380	0.432	0.308	0.408	0.415
COL	0.125	0.120	0.137	0.146	0.143	0.141	0.152	0.035		0.672	0.661	0.373	0.352	0.420	0.268	0.407	0.415
PYG	0.217	0.214	0.221	0.173	0.184	0.182	0.160	0.260	0.276		0.031	0.471	0.503	0.511	0.496	0.481	0.497
YRI	0.191	0.186	0.192	0.146	0.159	0.156	0.133	0.232	0.247	0.048		0.483	0.497	0.522	0.504	0.477	0.495
BAL	0.093	0.074	0.091	0.018	0.021	0.021	0.016	0.125	0.136	0.168	0.138		0.013	0.014	0.040	0.176	0.169
BUR	0.082	0.065	0.083	0.027	0.030	0.029	0.027	0.122	0.136	0.183	0.152	0.008		0.041	0.017	0.170	0.172
KAL	0.116	0.100	0.116	0.047	0.046	0.044	0.049	0.145	0.159	0.201	0.172	0.035	0.040		0.065	0.233	0.226
UYG	0.035	0.028	0.042	0.035	0.035	0.034	0.036	0.095	0.109	0.182	0.152	0.021	0.017	0.049		0.141	0.158
MEL	0.139	0.149	0.140	0.153	0.157	0.155	0.156	0.208	0.232	0.259	0.232	0.146	0.146	0.169	0.130		0.088
PAP	0.170	0.177	0.175	0.169	0.173	0.170	0.172	0.228	0.258	0.271	0.245	0.164	0.168	0.186	0.155	0.105

a. The Paired Fst value were determined using the Weir and Cockerham algorithm [9]. Above the diagonal of identity the F_st values were determined using the 93 SNP AIMs. Below the diagonal is the mean determined from three nonoverlapping sets of 3500 SNPs.
b. Population group abreviations included Chinese from Beijing (CHB) from HapMap data, Yakut (YAK), Filipino (FIL), Ashkenazi American (AJA), Swedish (SWED), Maya (MAYA), Palestinian (PAL), Columbian (COL), Mbuti Pygmy (PYG), YRI (Yorubon, HapMap data), Balochi (BAL), Burusho (BUR), Kalash (KAL), Uygur (UYG), Melanesian (MEL) and Papuan (PAP).

Back to article page

ISSN: 2730-6844

Contact us

General enquiries: journalsubmissions@springernature.com

BMC Genomic Data

Contact us